Занимала небольшое помещение внутри главного корпуса университетских клиник. В советское время ликвидирована, сейчас здание принадлежит наследнику медицинского факультета — Сибирскому государственному медицинскому университету.
https://svyatsy.org/churches/tomskaya_oblast/tomsk/cerkov_panteleimona_celitelya_pri_klinikah_imperatorskogo_tomskogo_universiteta/
Императорский Томский университет имел в составе своего комплекса, помимо здания университета, ещё 39 построек, возведённых в период с 1880 по 1892 г.г. В их числе было несколько клинических корпусов и главное здание Университетских Клиник (главный клинический корпус или медицинский факультет) с павилионами. Длина его — 63 саж., ширина — 11 саж.; на павилионы — 6 саж. и 6 саж. Стоимость постройки 210165 рублей. Постройка здания клиник осуществлена на строительный кредит, по смете исчисленный в 242967 рублей. Именно в этом здании и была устроена домовая церковь Пантелеимона целителя.
Церковь утрачена в советское время.
