Каменная церковь во имя Рождества Христова была заложена в 1795 году, достроена и освящена в 1810 году. Она располагалась на Юрточной горе, рядом с мужским монастырём, на том месте, где начиная с 1-й трети XVII века стояли её деревянные предшественницы – Никольский и Христорождественский храмы. Эта территория входила в состав первого Томского женского монастыря (1671–1776). Каменная колокольня построена в 1856–1857 годах купцом Г.И. Елисеевым. Тогда же было решено вместо обветшавшей и тесной церкви строить новую, что и было сделано в 1900 году.
Безруких Олег, протоиерей. Храмы города Томска. Опыт церковного историко-археологического исследования: дис. на соискание ученой степени кандидата богословия по кафедре церковной археологии Сергиев Посад, Троице-Сергиева Лавра. 2003. С. 105-109. http://старинныехрамы.рф/temples/rozhdestva-hristova-g-tomsk-1810/
Никольская (Христорождественская) церковь
Первоначально деревянная Христорождественская церковь упоминается в исторических документах с 1634 года. С 1671 по 1776 год церковь с приделом святителя Николая Чудотворца входила в состав Христорождественского женского монастыря. Наиболее почитаемыми святынями храма являлись древние скульптурные образы Св. Николая и Св. Параскевы Пятницы.
Каменный трёхпрестольный Христорождественский (Никольский) храм был построен в 1898 г. на Аптекарском переулке, д. 1 и освящён 8 июня 1900 года преосвященным Макарием (Невским). Храм создан в архитектурном стиле «сибирское барокко». Прихожане Никольской церкви были знамениты своей активной благотворительной деятельностью. 30 декабря 1901 года при церкви было открыто общество трезвости. На 1912 г. настоятелем Никольской церкви был протоиерей Симеон Сосунов, священник Василий Окороков и псаломщик Ф. И. Пилиглотов.
В 1920 г. Никольская церковь была национализирована и по договору передана в пользование верующим. В июне 1922 г. в Никольской церкви состоялось общегородское собрание сторонников обновленческого движения. Обновленческая община занимала храм в течение восьми лет. В августе 1936 г. Никольская церковь была закрыта. В начале 1950-х годов остатки стен и фундамента Никольского храма послужили для постройки жилого («лигачёвского») дома по улице Крылова, 6а.
«Томск. Исчезнувшие храмы»
С 1671 года в течение более 100 лет в Томске существовал первый в Томске женский Никольский Девичий монастырь, который имел однопрестольную деревянную Никольскую церковь, построенную усердием городского казачьего головы Зиновия Литосова. В 1711 году вместо однопрестольной церкви, была выстроена новая, деревянная же двухпрестольная церковь с приделами в воспоминание Рождества Господа нашего Иисуса Христа и Св. Чудотворца Николая. С 1752 года церковь стала приходской и получила название Христорождественская церковь Томского Девичьего монастыря.
В 1766 году на месте Христорождественской церкви была заложена новая, третья, двухпрестольная церковь, которая в 1769 году по благословению Варлаама, епископа Тобольского освящена игуменом Нафанаилом. В 1792 году церковь была заменена новою каменной с каменной колокольней. Главный предел — во имя Рождества Христова, а с северной стороны — во имя Николая Чудотворца. Северный придел был освящен игуменом Палладием по благословению архиепископа Антония Тобольского и Сибирского в 1806 году. В 1836 году был пристроен третий придел.
В 1856 году была выстроена новая, каменная, иждивением Томского 1 гильдии купца Гавриила Игнатьевича Елисеева. Но и эта церковь была мала. Построить новый храм согласились братья купцы Евграф и Всеволод Королевы. Христорождественский храм был разобран, а вместо него был воздвигнут в 1900 году великолепный по виду каменный трехпрестольный храм с приделами во имя Св. и Чудотворца Николая, Св. мученика Евграфа и во имя Св. Пророчицы Анны.
http://nkvd.tomsk.ru/projects/ruinedtemplesoftomsk/nikolskaya/
