Храм был построен при железнодорожном депо на средства служащих при станции Томск-2 Сибирской железной дороги по инициативе инженера Аркадия Николаевича Матвеева и с помощью субсидии в 3000 рублей от фонда имени Императора Александра II. Средства на возведение церкви были выделены фондом Александра III. Николаевской её назвали в благодарность Николаю II, который во время визита в 1891 году пообещал помочь в ускорении строительства дороги к Томску и впоследствии подписал указ о ее сооружении.
В обустройстве церкви участвовали томские купцы: Дмитрий Малышев пожертвовал 18-пудовый колокол, на другой деньги выделили Кухтерины.
Церковный приход при ней открыт по указу Синода 27 октября 1907 года. При храме имелось церковно-приходское попечительство. В 1912 году прихожан обоего пола насчитывалось до 1943 человека, в том числе раскольников 20 человек.
К храму были приписаны две часовни: при Томской Железнодорожной больнице и при Томском Материальном железнодорожном складе.
В 1925 году (в январе) церковь была закрыта, церковное здание было использовано под клуб для рабочих станции, затем под столовую, а позже снесено.
Пятиглавое одноэтажное церковное здание с шатровой колокольней в связи было деревянным, поставленным на каменный фундамент. Объемно-пространственная компоновка являлась традиционной для деревянных церквей в Сибири: по оси (восток-запад) располагались вместительный храм с апсидой, трапезная, колокольня с притвором, крытая паперть. Церковь внешне была похожа на старообрядческий храм (ул. Яковлева). Вероятно, обе церкви были возведены по одному «образцовому» проекту.
Источник: Справочная книга по Томской епархии. Томск, 1914. С. 112. Безруких Олег, протоиерей. Храмы города Томска. Опыт церковного историко-археологического исследования: дис. на соискание ученой степени кандидата богословия по кафедре церковной археологии Сергиев Посад, Троице-Сергиева Лавра. 2003. С. 109-110. История названий томских улиц. Томск, 2012. С. 264-265. http://старинныехрамы.рф/temples/nikolaya-chudotvorca-g-tomsk-1906/
Церковь во имя святителя Николая Чудотворца построена и освящена 12 ноября 1906 года. Пятиглавое одноэтажное церковное здание с шатровой колокольней было деревянным, поставленным на каменный фундамент. К храму были приписаны две часовни: при Томской железнодорожной больнице и при Томском материальном железнодорожном складе. При храме имелось церковно-приходское попечительство. На станции Томск-2 было двухклассное железнодорожное училище и приходское училище Министерства народного просвещения. В церковной библиотеке насчитывалось 150 книг. В 1925 году церковь была закрыта, церковное здание использовалось как клуб для работников станции, а позже снесено. В настоящее время церковь полностью утрачена, на ее месте стоит здание столовой.
Источник: http://tkk1014.blogspot.ru/p/blog-page_4556.html
Существовавшая ранее церковь на станции «Томск II» Сибирской ж. дороги деревянная, однопрестольная, во имя святителя и чудотворца Николая, построена в 1906 г. Земли при ней нет.
Причта по штату: один священник и один псаломщик. Содержание причта при готовых причтовых домах: от железной дороги 1680 руб. и доходы от треб 1050 руб. Прихожан обоего пола 1 810 человек. В приходе две часовни: при ж/дорожной больнице и при ж/д складе. На станции «Томск II» двухклассное железнодорожное училище и приходское Министерства Народного Просвещения. В церковной библиотеке 15 домов.
Священник Илья Евгеньевич Коровин, окончивший курс в Томской духовной семинарии, на настоящем месте с 1906 г. Псаломщик Порфирий Николаевич Комаров, окончивший курс в духовной семинарии, на настоящем месте с 1913 г.
«Справочная книга по Томской епархии» составлена служащими консистории под руководством секретаря оной В. А. Карташева, 1914 г. Товарищество «Печатня С. П. Яковлева», Томск, 1914 г.
