Храм является кафедральным собором Японской автономной православной церкви.Имеет официальный статус важного памятника культуры Японского государства (с марта 1962 года).
Первый храм в предместье Суругадай был построен в 1871 году, когда Японская православная миссия во главе с архимандритом Николаем (Касаткиным) переселилась в Токио. Никольская церковь была домовой в здании Миссии.
Сразу после хиротонии во епископа Николай (Касаткин) стал собирать средства на строительство собора в Токио, произнося проповеди в различных городах России. Им было собрано более 130000 рублей.
В марте 1884 года на холме Суругадай рядом с Православной миссией была совершена закладка соборного храма. В связи недостатком места для возведения храма холм был искусственно расширен земляными насыпями. Храм строился по проекту М. А. Щурупова.
24 февраля (8 марта) 1891 года собор Воскресения Христова был освящён. На освящение пускали только по билетам одних христиан и их близких; не-христиане находились в ограде[2]. 28 февраля (12 марта) состоялось освящение правого придела во имя Введения во Храм Пресвятой Богородицы, 2 (14) марта — левого, во имя святых апостолов Петра и Павла. К освящению собора был приурочен визит в Японию наследника российского престола цесаревича Николая Александровича. Однако, вследствие покушения, произошедшего в Оцу, цесаревич до Токио не доехал.
В 1917 году Воскресенский собор, как и вся Японская миссия, утратил финансовую поддержку из России. Были закрыты семинария и женская школа.
Великое землетрясение Канто, произошедшее 1 сентября 1923 года нанесло огромный урон храму. В результате землетрясения колокольня переломилась и упала шпилем на купол собора. Падая, она разрушила ризницу и завалила кирпичами западный вход в собор. Затем начался пожар, в результате которого сгорели все деревянные части храма: балки, полы, обшивки сводов потолка и купола, полы и лестницы на колокольню, трехъярусный иконостас. Металлический каркас купола обвалился. Колокола и утварь расплавились. На экстренном соборе, состоявшемся 20 октября 1923 года, было постановлено, несмотря на резко сократившееся количество прихожан, возродить Воскресенский храм. Освящение возобновлённого собора состоялось 15 декабря 1929 года.
В 1941 году Японскую православную церковь возглавил епископ Николай (Оно). Однако приход Воскресенского собора первоначально не пожелал принять архиерея, получившего хиротонию в Русской православной церкви заграницей. Впоследствии конфликт был улажен.
В условиях военного времени из-за нехватки продовольствия богослужения стали нерегулярными. Во избежание разрушений при бомбардировках здание собора было выкрашено в чёрный цвет.
5 апреля 1946 года в Воскресенском соборе состоялся чрезвычайный Собор Японской Православной Церкви, ознаменовавшим начало сближения с Американской православной церковью.
В 1946 году состояние храма характеризовалось как запущенное; металлическая ограда и медные листы с крыши были проданы. Богослужения практически прекратились.
Возобновление служб относится к 1949 году.
В декабре 1950 года при храме был создан «Тройственный комитет», имевший целью сбор средств на ремонт собора. Впоследствии, в связи с резким уменьшением числа русских прихожан, Комитет был распущен в феврале 1960 года. Его преемником стал Комитет поддержки собора.
В 1950 году при Воскресенском соборе была открыта Никольская школа («Никорай гакуин»); 13 февраля того же года было основано Общество утренней зари; в 1951 году при храме начало свою деятельность сестричество; а 7 октября 1954 года вновь открылась Духовная семинария.
27 мая 1954 года в соборе состоялось примирительное собрание прихожан. В его результате в приход вернулась часть прихожан во главе с епископом Николаем (Оно).
Статус кафедрального собора Японской автономной православной церкви храм получил 22 марта 1972 года.
В ноябре 1974 года у храма появилось ежемесячный печатный орган — «Новости „Никорай-до»».
19 марта 1978 года была освящена часовня святителя Николая Японского, выстроенная с южной стороны собора. В это же время возобновилась практика открытого доступа в собор всех желающих осмотреть его.
В 1990 году началась кампания по сбору средств на реставрацию и ремонт собора. В феврале 1991 года начался ремонт. Реставрация длилась шесть лет: четыре года проводились внешние работы; остальные два — внутренние. 10 мая 1998 года состоялось освящение отреставрированного собора.
Источник: palomniki.suсайт geocities.jp/ynicojp2/english