Церковь была построена по типовому проекту военных храмов, утверждённому Строительной комиссией в 1901г. (арх.Фёдор Михайлович Вержбицкий). Всего в Российской Империи к 1917г. было выстроено не менее 64-х таких церквей.
Согласно архивным документам, первоначально, для расквартированных в начале ХХ в. в Термезе 13-го, 14-го, 15-го и 16-го Туркестанских стрелковых полков, в помещении казармы 2-й роты 15-го Туркестанского стрелкового полка была устроена временная церковь, освящённая 10 Февраля 1901 г. во имя св. благ. Князя Александра Невского. Спустя три года, ввиду того, что этот храм стал для чинов полка маловместительным, Военным министерством были выделены средства на постройку новой каменной церкви, по ранее утверждённому образцу (см. выше).
Новая церковь была выстроена из светло-серого жжёного кирпича и торжественно освящена 19 Ноября 1905 г. с новым посвящением престола — во имя преп. Алексия, человека Божия. Утварь и ризница прежней временной церкви были перенесены в новый храм. До 1910 г. храм официально состоял при Управлении 4-й Туркестанской стрелковой бригады, а его священником являлся Василий Павлович Благовещенский.
В 1910 г. церковь перешла к перемещённому в Термез 9-му Туркестанскому стрелковому полку, священником которого с 3 Сентября 1910 г. состоял Василий Никифорович Орлинский. Её прихожанами с этого времени помимо чинов вышеназванного полка, также являлись чины Термезской крепостной артиллерийской роты и Туркестанской понтонной роты (расквартированной в 3-х верстах от церкви). Церковь была закрыта после 1927 г. и вскоре обезглавлена. Первоначально в ней разместился склад вооружения, а впоследствии — госпиталь. В 1960-е годы в здании был устроен спортзал. В 1990 г. здание было возвращено РПЦ и вскоре церковь была заново освящена с новым посвящением престола — во имя св. благ. Князя Александра Невского. В начале 2000-х годов была восстановлена глава над алтарной частью и заменена кровля. В настоящее время в храме продолжаются реставрационные работы.РГИА, ф.806, оп.8, д.462. Клировая ведомость церкви за 1905 г., ф.806, оп.10, д.447 Клировая ведомость церкви за 1912 г., Цитовичъ Г.А. Храмы Армiи и Флота, Пятигорскъ, 1913, с. 464
Первая временная бригадная церковь, построена в 1897 году и освящена во имя Алексия, человека Божия. Через несколько лет Военное ведомство выделило деньги на возведение капитального здания из туркестанского светло-серого жжёного кирпича по типовому проекту военных храмов, утварь и ризница с временной церкви были перенесены в новый храм. 19 ноября 1905 года храм торжественно освятили с новым посвящением престола во имя Святого благоверного князя Александра Невского. Является первым типовым храмом образцовых воинских церквей, построенных в Туркестане.
До 1910 года храм официально состоял при Управлении 4-й Туркестанской стрелковой бригады. В 1910 году церковь перешла к 9 Туркестанскому стрелковому полку. После установления Советской власти, в 1927 году, службу в храме запретили, устроили в нем склад оружия, потом госпиталь.
Здание храма с куполом и колокольней просуществовало до 1930 года, а потом колокольню и купол храма снесли, потолки выпрямили и подбили досками, внутренние росписи уничтожили, а церковную утварь вывезли. Здание переделали в спортивный зал.
В 1990 году по решению совета народных депутатов городского президиума храм вернули на баланс Среднеазиатской епархии.
Книга «К истории христианства в Средней Азии»
