Темрюкский историко-археологический музей – один из старейших музеев на территории Краснодарского края – был создан в 1920 году, 25 августа. Инициаторами его создания были учителя города во главе с учёным-самоучкой, краеведом и исследователем Таманского полуострова Сергеем Францевичем Войцеховским. Именовался он естественно-педагогическим, а с 1924 года стал краеведческим, и очень скоро занял ведущее место среди культурно-просветительных учреждений в городе и районе.
Музей собрал вокруг себя любителей истории, краеведения, людей, интересующихся природой Тамани, её прошлым и настоящим. Кроме открытых экспозиционных залов, при музее работали кружки по интересам: геологический, археологический, а также астрономический, участники которого могли даже рассматривать звездное небо в телескоп, установленный в специальной башенке музея. Коллекции музея пополнялись в процессе экспедиций по станицам и полям Таманского полуострова: этнографических, геологических, археологических. Возглавлял эти экспедиции С.Ф.Войцеховский, который интересовался всеми сторонами жизни Тамани и увлекал посетителей музея в походы по сбору материала по своей малой Родине. Уже в начале 30-х годов фонды музея насчитывали около 15 тысяч экспонатов, а среди коллекций самыми богатыми были археологическая и коллекция живописи, в которой были представлены даже картины художников-передвижников. После трагической гибели в 1931 году С.Ф.Войцеховского музей возглавил его ученик, энтузиаст краеведения Б.Л.Касьянов, который руководил музеем до начала 50-х годов.
Музей и его коллекции сильно пострадали во время оккупации города и района в годы Великой Отечественной войны немецко-фашистскими захватчиками. Была практически разграблена коллекция черно-лаковой греческой посуды, бронзы, уничтожена научная библиотека и картинная галерея стоимостью 78500 рублей. Общий ущерб, нанесенный музею за годы оккупации, составил около 9 млн. рублей, но некоторые экспонаты жители города, и особенно, старейший учитель В.А.Шмелев, смогли уберечь, спрятав их в своих домах. И поэтому, сразу же после освобождения города от захватчиков осенью 1943 года началось восстановление музея, который распахнул свои двери для посетителей уже в мае 1945 года. Постепенно пополнялись коллекции музея, восстанавливались библиотека и документальный фонд, в процессе археологических раскопок на Тамани складывались и археологические коллекции Темрюкского музея.
В 60-е годы в музее был открыт зал природы и истории кубанского казачества, а в начале 80-х годов была проведена реэкспозиция всех залов музея.
В 1979 году Темрюкский историко-археологический музей вошел на правах филиала в Краснодарский государственный историко-археологический музей-заповедник им.Фелицына, а в 1983 году Темрюкскому музею было передано одно из старейших зданий в городе – бывшая аптека, построенная в конце XIX века. В этом здании музей располагается и по настоящее время, сохраняя его как памятник архитектуры, не меняя во время ремонтов его внутренней планировки и основных элементов внешнего вида.
Экспозиция музея находится в четырех залах, пятый зал — выставочный, позволяющий познакомиться с экспозицией «Темрюк — город-порт».
