Известна церковь с 1620 г. Нынешний храм типа восьмерик на четверике построен в 1700-02 гг. Главный престол — Знамения Богородицы, придел Петра и Павла. Второй придел Казанской Божией Матери (1731). Храм сильно пострадал от московского пожара 1748 года, но на средства прихожан был быстро восстановлен. Трехъярусная колокольня была построена в 1771. Архитектурный стиль храма — московское барокко». В советское время церковь не закрывалась.
В 1948 году по благословению святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия I при храме было открыто подворье Сербской Православной Церкви, которое фактически не начало действовать по политическим причинам. Указом Святейшего Патриаха Московского и всея Руси Алексия II от 31 декабря 1999 года храм св. ап. Петра и Павла был преобразован в Патриаршее подворье, при котором было возобновлено представительство Сербской Православной Церкви.
Церковь Петра и Павла, что у Яузских ворот, на горе, называлась также «что на Кулишках, что у Старых конюшен, что в Малой Крутицкой певчей». Указание на эту церковь есть в переписной книге 1620 г. В 1632 г. построена каменная церковь, разобранная в 1700 г.
Нынешняя главная освящена в январе 1702 г. в честь Знамения Пресвятой Богородицы, а Петра и Павла выстроен левый придел. В октябре 1731 г. освящен правый придел Казанской Божией Матери, построенный на средства А.Н. Колычевой. Колокольня сооружена в 1771 г.
Александровский М.И. «Указатель древних церквей в местности Ивановского сорока». Москва, «Русская Печатня», Б. Садовая, дом 14, 1917 г.
На небольшом возвышении, плавно спускающемся к реке Яузе склона Сретенского холма, высится величественный, окрашенный в красный цвет с белыми архитектурными деталями, храм Петра и Павла. Первое упоминание о стоящей здесь церкви относится к 1625 году. В книге церковных земель за 1686 год отмечено: «Церковь каменная Петра и Павла у Яузских ворот на горе». В 1716 году в приходе был двор вице-губернатора С. А. Колычева, кн. Ф. И. Юсупова, вдовы В. П. Еропкиной и ещё тринадцать дворов прихожан.
В книге первой ревизии за 1722 год сказано: «Церковь Петра и Павла, что у Яузских ворот в «Малой Крутицкой певчей», «на горке у старых конюшен» теплая, как по строельным и писцовым книгам известно, вместе с колокольней построена каменная в 1631 году (по другим источникам, упоминание о постройке относится к 1629 году). Потом, когда пришла в ветхость, вновь перестроена в 1700 годъ.». По имеющимся уточнённым сведениям, храм построен в 1700-1702 гг. с благословения патриарха Адриана во времена Петра I в стиле московского барокко. Не исключено, что в современное строение были фрагментарно включены стены более древней церкви.
Северный придел в честь Казанской иконы Божией Матери построен в 1731 году на средства вдовы майорши А. Ф. Колычёвой по данному обету. Первоначальная колокольня, решённая в формах раннего классицизма, была возведена в 1771 году и перестроена вместе с трапезной во 2-й пол. ХIХ века. Южный придел Святых Апостолов Петра и Павла построен в 1882 году. В 1748 году Петропавловский храм пострадал от пожара, но был восстановлен на средства прихожан. В Строельной книге за 1657 год сказано, что на церковной земле кроме погоста размещались дворы причта (священника, дьякона, пономаря, просвирни). Храму также принадлежала земля, расположенная напротив, через Петропавловский переулок. К 1763 году по периметру церковного участка вокруг погоста размещались дворы причетников. Окончательно границы церковного владения сложились в кон. ХIХ века и уже не изменялись до 1917 года.
Во время мародёрства французов и пожара Москвы храм пострадал незначительно, нежели ближайшие церкви. После повторного освящения храма к нему были временно приписаны две приходские церкви — Святителя Николая в Подкопаях и Трёх Святителей на Кулишках. Церковные же постройки и собственные дома священнослужителей были сожжены. Доходных домов у храма никогда не было, но на церковной земле жили клирики в церковных строениях. На плане 1830 года изображена церковь, стоящая на рельефном пригорке, окружённая дворами причта. Через Петропавловский переулок располагался каменный с антресолями двухэтажный дом священника, перестроенный в 1888 году по проекту архитектора В. Н. Карнеева (Петропавловский пер., д. 5).
В 1853 году по проекту архитектора Н. Н. Елагина в северо-восточном углу построен двухэтажный каменный дом для дьякона в стиле позднего классицизма. В 1879 году в юго-восточном углу владения, в том же Петропавловском переулке был выстроен двухэтажный корпус для просвирни и дьякона по проекту архитектора С. Сонина. До настоящего времени постройка дошла без существенных изменений.
В 1876-1877 гг. было подано прошение в Московскую Духовную консисторию о перестройке придела церкви и постройке каменной с железной решёткой ограды. Этот проект был реализован только в 1882 году. Была проведена реконструкция церкви, частично разобрана старая трапезная, возведён новый Петропавловский придел по проекту архитектора Александра Попова и палатка при колокольне. Тогда же устроили подпорную стенку храма и спуск к переулку.
В 1900-х годах в двух домах причта жили дьякон и просвирня. Остальные помещения сдавались внаём. Сад, размещённый рядом с погостом, сдавался в аренду действительному статскому советнику Харитоненко. После 1917 года часть сада была отчуждена от храма и присоединена к смежному участку. Очень важно отметить, что прихожанам удалось сохранить интерьеры храма, созданные в ХVIII — нач. ХХ вв.
В отличие от большинства церквей, расположенных в урочище «Старые Сады» близ Иоанновского монастыря, храм Святых Апостолов Петра и Павла не закрывался. После революции предпринимались неоднократные попытки закрыть эту церковь. В частности, передать им здание храма требовали местные пионеры. В этот тяжёлый период безбожничества в храме собирали святыни закрытых церквей, коих в округе было огромное множество. В 1948 году, а именно 17 июля, по благословению святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия I при Петропавловском храме было открыто подворье Сербской православной церкви, которое фактически так и не начало действовать по политическим причинам (из-за конфликта между Сталиным и Тито). Только в кон. ХХ века Указом святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II от 31 декабря 1999 года храм Святых Апостолов Петра и Павла был преобразован в Патриаршее подворье, при котором было возобновлено представительство Сербской православной церкви. В церкви сегодня много находится сербских икон.
В настоящее время причтовые постройки возвращены храму и в них проведена реконструкция. Бывшее владение священника, расположенное через Петропавловский переулок, храму не принадлежит.
С сайта: www.hse.ru/hitrovka/apostles/Храм Святых Апостолов Петра и Павла у Яузских ворот
