Согласно житию Макария, после разорения Желтоводской обители татарами новое место было найдено на высоком правом берегу реки Унжи, где Макарий поставил крест, небольшую хижину, а также вырыл колодец, вода в котором считалась целебной. На берег Унжи он удалился, согласно «Описанию Макариева Унженского Костромской епархии третьеклассного мужского монастыря», с позволения хана Улу-Махмета. В 1444 году Макарий скончался, тогда же над его могилой была построена деревянная Макарьевская церковь, а позже рядом появилась церковь Флора и Лавра. Первоначально вновь организованное монашеское общежитие называлось «Макарьева новая пустыня Желтоводский монастырь». В 1596 году царем Федором Иоанновичем в монастырь был назначен строитель, монах Давид Хвостов, чьим иждивением была сооружена в 1601 году новая каменная церковь Флора и Лавра на месте обветшавшей деревянной, а также деревянная восьмистенная шатровая колокольня. В это время в монастыре проживало порядка 20 насельников, а в 1607 году к было приписано несколько рек и озер с угодьями. В XVII веке монастырь дважды переживал сильные пожары, в 1650 и 1669 годах. Третий настоятель монастыря, игумен Зосима, в 1625 году заменил пришедшую в негодность Макарьевскую церковь новой, десятистенной и пятиглавой, с приделами во имя Благовещения Пресвятой Богородицы и святых Бориса и Глеба. Тогда же монастырь был обнесен новой деревянной стеной, а также была устроена надвратная церковь во имя Николая Угодника и соловецких чудотворцев Зосимы и Савватия. П. Г. Инягин на основе археологического разведочного обследования в 1994 году утверждал о наличии здесь селища XIV—XVI веков. Близ трапезной в культурном слое монастыря были выявлены старинные погребения, деревянные срубы, датированные XVII веком. Особый интерес представляет коллекция фрагментов изразцов, в большей части связанных со временем начала активного каменного строительства во второй половине XVII века. Архитектурный ансамбль сложился в XVII—XIX веках. Монументальное строительство в монастыре началось во второй половине XVII века, когда была выстроена основная часть его сооружений, Троицкий собор, тёплая Макарьевская церковь, церковь Благовещения с трапезной и колокольней, Никольская церковь над Святыми воротами и здание келий, включавшее в себя два корпуса, трапезный и братский с настоятельскими кельями и казённой палатой. Макарьевская и Никольская церкви были выстроены солигаличскими каменщиками Гавриилом Антипьевым и Давыдом Гаврииловым Антоновскими. В 1732—1735 годах на месте, где до 1629 года находились деревянные кельи, в которых останавливался в 1619 году, царь Михаил Фёдорович, пожертвовавший монастырю образы священномученика Феодора Скрибона и Михаила Малеина, выстроена каменная Успенская церковь с больничными кельями при ней. В 1754—1764 годах в два приёма была построена каменная ограда с четырьмя башнями. В XIX веке многие постройки монастыря неоднократно подвергались ремонтам и перестройкам, не внёсшим, однако, больших изменений в их первоначальный облик. Исключение составляют больничные кельи, к которым в 1-й четверти и середине XIX века был пристроен двухэтажный кирпичный корпус, который впоследствии также перестраивался. В нём размещались духовное правление и духовное училище. В 1849—1854 годах к трапезной Макарьевской церкви была пристроена паперть.
В 1919 году монастырь был упразднён, братия изгнана. В 1926 году закрыли первый из монастырских храмов, а в декабре 1929 года состоялось закрытие и остальных храмов. Мощи преподобного Макария были вскрыты и переданы в краеведческий музей, а в самой обители разместились машинно-тракторная станция и склады зерна. В 1930-х годах, за исключением небольшого участка и двух башен, была разобрана ограда. В 1970 году Костромской реставрационной мастерской были начаты работы по реставрации монастыря, которые велись до начала 1990-х годов под руководством архитекторов Л. С. Васильева и А. П. Чернова. Была воссоздана часть утраченных стен, реставрировались церковные здания.
16 июля 1993 года определением Священного синода Русской православной церкви Макариево-Унженская обитель была возрождена как женский монастырь, а в январе 1994 года Костромской епархии передали весь ансамбль монастырских зданий. В августе 1994 года архиепископ Костромской и Галичский Александр освятил первый возрождённый монастырский храм, Макарьевскую церковь. В 1995 году в обитель из городского приходского храма перенесли мощи преподобного Макария.
В монастыре продолжаются ремонтные и восстановительные работы. В 1999 году было воссоздано восточное прясло стены с воротами. В 2001—2002 годах в связи с ухудшением состояния фундаментов Благовещенской церкви были проведены срочные противоаварийные работы под руководством Евгения Пашкина и Ю. А. Коваля по укреплению фундаментов и стен здания, однако колокольню этой церкви спасти не удалось. Под руководством архитектора Центральных научно-реставрационных проектных мастерских С. В. Демидова разработан проект воссоздания обвалившейся колокольни. Первый за сто лет после закрытия монастыря монашеский постриг состоялся в обители 5 апреля 2019 года.
