Основание Николаевского монастыря неразрывно связано с воспоминанием об основателе его Феофилакте Яковлеве. Н. М. Щегольков сообщает, что «около 1580 года один из жителей Арзамаса Феофилакт Яковлев, по своему усердию и на собственный счет построил деревянную церковь во имя Николая Чудотворца». Об этом свидетельствовала грамота царя Алексея Михайловича, данная 28 марта 1670 года стольнику князю Леонтию Шайсупову и написанная на семи склеях со скрепом дьяка Ивана Степанова, как «де тот Никольский девич монастырь построен тому лет с девяносто и больше» . В те времена священники обычно избирались прихожанами, а не назначались епархиальным начальством, поэтому в настоятели, вероятно, по выбору прихожан, был посвящен сам храмоздатель. Вскоре известный уже нам игумен Спасского монастыря Сергий принес в дар этому храму резной образ святителя Николая, именуемого Можайским, и предложил Феофилакту обустроить при этом храме девичий монастырь. Идея создания женского монастыря, какового еще не было в городе, была поддержана Феофилактом. И он строит неподалеку еще одну деревянную теплую церковь во имя Богоявления с приделом Св. Георгия Победоносца, с жилыми подклетами и деревянной папертью, а также колокольню и 30 отдельно стоящих келий. Всю территорию огородили забором. Очевидно, благословение на учреждение монастыря было получено ранее, перед строительством всех этих сооружений. В 1612 году второе народное ополчение под руководством К. Минина и князя Д. М. Пожарского освобождает Москву от польско-литовских захватчиков. А в 1613 году, уже в более спокойной обстановке в стране, на соборе избирают на царство 16-летнего Михаила Федоровича Романова. На собор собрание от всех слоев населения были выбраны пять человек арзамасцев, игумен Спасского монастыря Иов, служилые дворяне Иван Путятин, Федор Дементьев, Иван Нармацкий и Федор Чемезов. Молодой царь Михаил Федорович, опекуном которого являлся его отец, российский патриарх Филарет, был благосклонен к Арзамасу, в том числе и к Николаевскому монастырю. Своими грамотами 1614, 1615 и 1632 годов государь подтверждает прежнее право Николаевского монастыря на владение своими поместьями. Кроме того, он устанавливает хлебную и денежную ругу, государственную дотацию Николаевскому женскому монастырю. А в 1634 году в честь рождения сына учреждает вторую по счету в Арзамасе женскую обитель Алексеевскую. В начале XVII века Арзамас, как и многие другие русские города, был застроен деревянными зданиями, а потому очень часто страдал от опустошительных пожаров. Так, в 1643 году сгорел Воскресенский собор в кремле. А в 1650 году в результате сильного пожара, произошедшего от молнии, огнем были уничтожены обе церкви, все кельи и ограда Николаевского женского монастыря, а также находящиеся рядом башни кремля и часть крепостной стены. Прекрасные деревянные храмы, древние иконы, резные иконостасы и многие церковные вещи, все это превратилось в пепел и прах. Куда разошлись бедные погорелицы, монахини Николаевского монастыря, неизвестно. Можно предположить, что их приютила под своей крышей Алексеевская обитель.
В 1913 году монастырь был вполне благоустроен. Здания его и постройки были покрашены и чисто выбелены, аккуратные дорожки и клумбы с цветами радовали глаз. Внутреннее пространство храмов со старинными резными иконостасами и многочисленными иконами, ценными церковными вещами были плодами трудов и гордостью монахинь, число которых достигло 325 человек. Сестры ни в чем, необходимом для иноческой жизни, не нуждались и могли спокойно заботиться о своем духовном спасении. Не имея богатых и постоянных жертвователей, они жили в основном своим трудом, работая на земельных угодьях, принадлежащих монастырю, в монастырской иконописной мастерской, шили церковные облачения, искусно украшая их золотой вышивкой, изготовляли обувь, вязали ботинки, чулки и пуховые платки, стегали одеяла и т.д. Монастырь был украшением всего города. Пластика архитектурных форм его зданий, ярко-синие главки храмов с золочеными звездами и крестами восхищали гостей города и были гордостью арзамасцев. Голос колоколов Николаевского монастыря, вплетаясь в гармонию звука еще почти 200 арзамасских колоколов, создавал удивительное чувство праздника или печали, благотворно действуя на духовное и физическое здоровье людей. Не раз Арзамас переживал жестокие пожары, которые уничтожали половину города, однако город возрождался вновь, еще краше и лучше. Но случился пожар пострашнее всех, пожар революции, который «выжег» в умах и душах людей многовековую память предков, и люди сами превратили свои храмы в развалины и пепел. Но всё-таки сохранились «живые зёрна» духовности, не запустело намоленное место. В настоящее время трудно и медленно, но возрождается Арзамасский Николаевский женский общежительный монастырь. Упорным трудом монахинь Николаевского монастыря благоустроена Богоявленская церковь, восстановлен из руин главный соборный храм и колокольня. Засверкали золотые звёзды на синих главках монастыря.
