Начало свое, как архитектурно-обустроенное строение, монастырь берет с построения церкви. В 1987 году архимандрит Георгий (Савва) по благословению правящего архипастыря, в то время епископа, ныне митрополита, владыки Исидора, возглавил приход Свято-Вознесенского молитвенного дома города Тимашевска. После принятия прихода отец Георгий стал беспокоиться о строительстве настоящего красивого каменного храма. Множество препятствий, притеснений, оскорблений и других тягот пришлось понести отцу Георгию — труженику дела Божиего: во-первых от безбожных властей, препятствовавших выделению земли под строительство новой церкви, практически загнавших её в болото, запрещавших строить храм с колокольней, куполом и алтарной апсидой (властями разрешено было строить лишь обычное здание и оборудовать его как молитвенный дом); а во-вторых, от членов церковного совета, вредивших делу возрождения Православия на Кубани, выбранных по указанию уполномоченного по делам религии, а не голосом верующих.
Участок под храм пришлось приобрести, только купив на окраине города хату с пятнадцатью сотками болотистой земли. Архимандрит Георгий рассудил так: «Один из красивейших городов мира Санкт-Петербург построен на болоте. Если нет другой возможности и если есть произволение Божие на то, значит надо строить там, где Бог благоволит. Не взирая на суждения людей. Ин суд человеческий, ин суд Божий.»
Некоторые сетовали, что место под строительство храма выбрано на окраине города вдали от центра. На что батюшка отвечал: «Со временем это место будет центром».
И сегодня это уже сбылось. Выросли два жилых микрорайона «Южный» и «Восточный». В этом действительно была воля Божия. Батюшка Георгий с того времени, как приехал в Тимашевск, очень часто ходил пешком на эту окраину, его влекло сюда необъяснимо. Впоследствии, когда место уже выбрали и начали строить храм, старожилы поведали, что в пятидесятых годах, теперь уже прошедшего двадцатого века, жила недалеко от этого места немощная болящая юродивая девица, которая всем говорила, что в этой низине будет строиться церковь и монастырь. Видимо, Господом было уготовано это место, чтобы показать неверующим людям, что для верующего сердца нет никаких препятствий. И как униженная и раздавленная Церковь Русская воскресла из праха и тлена, насадив «крины сельные» веры истинной в сердцах заблудших и покинутых людей народа российского, так и на этом убогом презираемом болоте вырос прекрасный храм, освятивший и украсивший город.
После окончания строительства храма, осенью 1991 года, архимандрит Георгий, откликаясь на просьбы духовных чад всего северного края России, осиротевших после отъезда их духовного отца в Краснодарский край, хотел уехать с Кубани в один из монастырей Архангельской Епархии. Но когда уже всё было готово для возвращения на север, батюшка заболел.
В это время владыка Исидор предложил открыть мужской монастырь в Тимашевске. Видя, что болезнь не позволяет ему уехать, отец Георгий согласился с решением владыки основать мужской монастырь на Кубани. Вскоре и болезнь, случившаяся по промыслу Божию, прошла. В июне 1992 года, по ходатайству правящего архиепископа Исидора Краснодарского и Кубанского решением Священного Синода Русской Православной Церкви был открыт в городе Тимашевске Свято-Духов мужской монастырь. Наместником монастыря был назначен архимандрит Георгий.
Открытие монастыря совпало с трудным, переломным периодом жизни России. Проводимые реформы, введение так называемой «рыночной экономики», не обошли стороной ни одного жителя нашей страны. Все знают, как отразились эти преобразования на простом народе — многие голодали, многие остались без крова и средств к существованию, старики умирали, молодежь спивалась и впадала в наркозависимость, много было случаев самоубийств. В этот период монастырь тоже испытывал трудности. Для братии необходимо было жилье. Отец Георгий не решился, бы тогда строить, но Господь послал отзывчивых, добрых, русских людей в лице Ломач Михаила Михайловича, Кочетова Владимира Кирилловича и Охват Николая Михайловича. В качестве благотворительной помощи от кондитерской фабрики были выделены строительные материалы для постройки ограды. Наместник решил построить не просто ограду, а ограду-корпус; благо, после строительства церкви оставался кирпич. С огромными усилиями были построены два корпуса с аркой, соединяющей их, и въездными воротами.
Первоначально, братии было двенадцать человек. В древних монастырях и монашеских общинах было правило — кормиться от трудов рук своих. Оно основано на словах св. ап. Павла, говорившего: «…нуждам моим и нуждам бывших при мне послужили руки мои сии.» (Деян. 20,34); «…в труде и в изнурении, часто в бдении, в голоде и жажде, часто в посте…» (2 Кор. 11,27); «…если кто не хочет трудиться, тот и не ешь; …некоторые у вас поступают бесчинно, ничего не делают, а суетятся. Таковых увещеваем и убеждаем Господом нашим Иисусом Христом, чтобы они, работая в безмолвии, ели свой хлеб.» (2 Фес. 3,10-12).
Поэтому, монастырь ходатайствовал перед светскими властями о выделении на хозяйственные нужды земельных наделов. Благодаря помощи главы администрации Краснодарского края Николая Игнатовича Кондратенко и главы Тимашевского района Чернышенко Александра Александровича, монастырю были выделены почти триста гектаров пахотных земель.
В настоящее время у монастыря около четырехсот гектаров. Имеется два хозяйственных подворья, на которых братия трудится, выращивая для нужд монастыря необходимые сельскохозяйственные культуры. Монастырь занимается зерновыми культурами, выращивает овощи, картофель, многолетние травы для кормов животным, имеются молодые насаждения плодовых деревьев. Кроме этого, имеется небольшое поголовье коров, свиней, птицы. Есть свое молоко, яйца; мясо же поступает на реализацию. Много и других трудов и послушаний несет братия: совершение и участие в богослужениях, работы в просфорне, в свечной мастерской, вождение автомобилей, приготовление трапезы, столярные, плотницкие, слесарные, строительные и т.д.
В монастыре богослужение начинается рано, в четыре часа утра. Сначала служится полуношница, затем читаются утренние молитвы, совершается утреня. После нее читаются первый, третий и шестой часы. Завершается утреннее богослужение Божественной Литургией. Вечером в восемнадцать часов служится вечерня, предваряемая чтением девятого часа. Вечерние молитвы читаются после ужина. В течение дня братия выполняет келейное правило, читает Псалтирь, Евангелие, Апостол. Во все время бдений и трудов упражняется в Иисусовой молитве, следуя словам Господа: «…когда молишься, войди в комнату (в уединенную душу) твою и, затворив дверь твою, помолись Отцу твоему, Который втайне; и Отец твой, видящий тайное, воздаст тебе явно.» (Мф. 6,6).
В настоящее время в монастыре проживает и несёт послушание около восьмидесяти человек.
На территории монастыря находятся два храма: церковь Преображения Господня и церковь Сошествия Святого Духа.
