Родился 11 апреля 1870 года в селе Ключи Керенского уезда Пензенской губернии в семье священника.
По окончании в 1890 году Пензенской Духовной семинарии со званием студента, был назначен псаломщиком и учителем церковно-приходской школы. Женился (жена Юлия Яковлевна), имел трех дочерей.
В 1891 году был рукоположен во священника к Богоявленскому храму в селе Ильмино Городищенского уезда Пензенской губернии.
В 1895 году был назначен военным священником в укрепление Чикишляр Закаспийской области, с 1897 года — военный священник в Красноводске. С 1898 года — служил при штабе Варшавского округа с прикреплением к 8-му и 19-му саперным батальонам.
В 1900 году назначен к церкви Воронежского дисциплинарного батальона. С 1902 года — благочинный 1-й бригады кавалерийского запаса.
C 1903 года — священник 221-го пехотного Троицко-Сергиевского резервного батальона, с 1904 года — 221-го пехотного резервного Троицко-Сергиевского полка и благочинный 55-й и 56-й пехотных резервных бригад.
С 1910 года — за штатом с прикомандированием к лагерной церкви 221-го пехотного Троицко-Сергиевского полка.
В 1911 году назначен настоятелем собора в крепости Свеаборг (ныне Суоменлинна, в черте Хельсинки) Нюландской губернии, и в том же году митрополитом Московским Владимиром был возведен в сан протоиерея.
В 1918 году община храма преподобного Харитона Исповедника в Москве обратилась к священноначалию с просьбой назначить в этот храм протоиерея Василия, и просьба была удовлетворена.
Арестован 16 апреля 1931 году по обвинению в антисоветской деятельности, заключен в Бутырскую тюрьму. Обвинение основывалось на том, что Харитоновскую церковь, которая находилась напротив Чехословацкой миссии, посещала православная жена председателя миссии. Проходил по групповому делу «Алексинского Ф.Н. и др. Москва. 1931г.» Через три дня протоиерея Василия освободили за недоказанностью обвинения.
Весной 1937 года назначен настоятелем московского Богоявленского кафедрального собора в Дорогомилове вместо арестованного протоиерея Александра Лебедева.
11 декабря 1937 года был арестован весь причт московского кафедрального Богоявленского собора в Дорогомилове, в том числе настоятель собора протоиерей Василий Ягодин и священник Александр Буравцев. О. Василий был взят прямо из храма после ранней обедни.
На допросах протоиерей Василий виновным себя не признал. Один из допрошенных лжесвидетелей показал, будто священник был тесно связан с высшим офицерским составом царской армии и проводил большую работу по привлечению советской молодежи к церкви, что ему лично протоиерей Василий говорил: «Мы — старики, нам жить осталось мало, нужно молодежь воспитывать в духе христианской истины, молодежи необходимо рассказывать о великом прошлом русского народа, который снова возродится как великая национальная держава…»
— Вы обвиняетесь в том, что были участником контрреволюционной группы церковников, — заявил следователь.
— В контрреволюционной группе я никогда не состоял, — ответил священник.
— Вы обвиняетесь в том, что распространяли контрреволюционные слухи о якобы имеющемся гонении на религию и духовенство в Советском Союзе. Подтверждаете вы это?
— Контрреволюционных слухов я никогда не распространял.
— Вы обвиняетесь в том, что восхваляли старый монархический строй и распространяли ложные слухи о плохой жизни в Советском Союзе. Признаете вы себя в этом виновным?
— Повторяю, что я никогда не занимался агитацией и распространением слухов.
— Вы обвиняетесь в том, что среди верующих говорили, что если советская власть закроет все церкви, то мы откроем свои нелегальные церкви. Подтверждаете вы это?
— Разговор о тайных церквях я отрицаю.
— Вы обвиняетесь в том, что во время выборной кампании вели агитацию, направленную на срыв этой кампании. Дайте показания по этому вопросу.
— Агитации, направленной против выборной кампании, я никогда не вел. Больше к своим показаниям добавить ничего не могу.
20 декабря 1937 года тройка НКВД по Московской области приговорен за «руководство контрреволюционной фашистской группой церковников» по статье 58-10 УК РСФСР к расстрелу.
22 декабря 1937 года протоиерей Василий Ягодин и священник Александр Буравцев были расстреляны и погребены в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.
Оба причислены к лику святых в августе 2000 года Архиерейским Собором Русской Православной Церкви.
Использованные материалы
1. БД ПСТГУ Новомученики и исповедники Русской Православной Церкви XX века:
http://kuz1.pstbi.ccas.ru/cgi-bin/code.exe/martyrs.htm?ans/
2. Дамаскин (Орловский), игум., Жития новомучеников и исповедников Российских ХХ века Московской епархии. Декабрь, Тверь, 2004, 65-68:
http://www.fond.ru/index.php?menu_id=370&menu_parent_id=0&pe…463
3. Капков К.Г. Памятная книга Российского военного и морского духовенства XIX — начала XX веков. Справочные материалы. — М.: «Летопись», 2008, с.157
4. Синодик пострадавших за веру и Церковь Христову в Бутово. М.:ПСТБИ, Братство во Имя Всемилостивого Спаса, Община Храма свв. новомучеников и исповедников российских в Бутово, 1995. 19с.