В 1989 году был разработан проект частичной реставрации церкви. Предусматривалось отопление притвора между основным объемом и колокольней, устройство выгородки с помещением для персонала, были разработаны для восстановления два крылечка и навесы над ними. Решение проблем поднятия грунтовой влаги по стенам из-за высокого уровня культурного слоя и деформационных трещин оставлено «на потом» ввиду значительной дороговизны работ. Архитектор Шерстобитова Л.Е., инженер Щелоков О.О. (управление Владимирреставрация). По церкви также имеются архивные фотоматериалы, вполне исчерпывающе раскрывающие её облик в период кон. XIX — нач. XX в.в.
При выходе с владимирской дороги, с левой стороны, почти над древним рвом кремля, на месте старого деревянного шатрового храма стоит церковь Иоанна Предтечи, построенная одновременно с кремлевской Никольской церковью в 1720 году. Но эти сверстники имеют совершенно различные лица. Предтеченская церковь следует той же схеме: колокольня с запада, притвор-трапеза, храм. Но разработка этой схемы предельно монументальна, почти сурова. Куб храма с лопатками на углах, как бы имитирующими обшитые тесом концы бревен сруба, несет явное напоминание о простых «клетских» рубленых храмах XVII века. Фасады, лишенные карнизов, обрезает горизонталь четырехскатной кровли, сдержанны и формы оконных наличников. Чем-то новгородско-псковским веет от этой постройки. Это впечатление усиливает столь же строгая колокольня. Ее низ с двумя могучими столбами служит крыльцом храма (подобное крыльцо мы видели под колокольней Никологалейской церкви во Владимире). Верхняя часть четверика, как и храм, обработана угловыми лопатками, ее простоту подчеркивают теневые пятна маленьких окон. Выше идет сравнительно короткий восьмерик со звоном, оформленный контрастирующими с общим суровым строем форм тонкими полуколонками. Прямой, без прогиба граней шатер с оконцами-слухами имеет строгие пропорции 1:2. Строитель этого храма вовсе не был чужд любви к богатому декору, но он предпочитал лаконичный язык самих архитектурных форм. Лишь великолепный портал из лекального кирпича, особенно хорошо играющий светом и тенью под сводами крыльца, обнаруживает руку выдающегося декоратора, который подчеркнул пятном узорочья портала красоту излюбленной им мудрой простоты.
По книге Н.Н. Воронина «Владимир, Боголюбово, Суздаль, Юрьев-Польской Книга-спутник по древним городам Владимирской земли»
Предтеченская церковь в описи Суздаля 1617 г. записана так: «за городомъ въ остроге у торгу на площади… церковь всемилостиваго Спаса нерукотвореннаго образа древяна вверхъ, церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи клецкой, а въ церквахъ образы и свечи и книги и всякое строение приходныхъ людей, а у церкви служитъ попъ Яковъ Якимовъ». Обе деревянные церкви существовали до конца XVII в. и в конце этого столетия, попечением Митрополита Суздальского Иллариона, построена была каменная Предтеченская церковь. но эта церковь стояла недолго: в 1719 г., во время бывшего в Суздале пожара, она сгорела и разрушилась; целой и невредимой осталась одна южная стена. В 1720 г. Предтеченская церковь вновь построена каменной. В ней один престол.
Построена почти одновременно с Никольской церковью в Кремле но, несмотря на одинаковую трёхчастно-осевую композицию, заметно отличается от своей ровесницы лаконичностью декора. Лопатки на углах основного объёма-четверика имитируют обшитые тёсом концы брёвен сруба, напоминая о рубленых храмах XVII в. Лишённые карнизов фасады украшены лишь оконными наличниками и небольшим порталом. Четырёхскатная крыша церкви увенчана небольшой луковичной главкой на тонком барабане, а над порталом возведена невысокая шатровая колокольня с оконцами-слухами. Четверик колокольни поставлен вровень с мощным четвериком основного объёма, форма которого скрадывает массивность колокольни.
В Предтеченской церкви под южной стеной погребен Трофим юродивый, местно чтимый, Суздальский уроженец, живший в царствование Иоанна Грозного. О нём Анания Федоров передает следующее: «Приходская церковь святаго Иоанна Предтечи каменная, которая по бывшемъ пожаре 1719 года повредилась, и въ 1720 году три стены церковныхъ: восточная, западная и полунощная падеся, а полуденная во удивление цела осталась, понеже подъ той полуденной стеною имеется гробъ подъ спудомъ блаженнаго Трофима Христа ради юродиваго, который бысть въ царство благочестивейшаго Великаго Государя и Великаго Князя Иоанна Васильевича, Самодержца Всероссийскаго, проходя во граде Суждале юродственное житие, и въ оной Предтеченской церкви и образъ его въ печуре имелся написанный на дске, и не токмо въ той церкви, но и въ церкви Воскресения Христова что за рядами, на образе Пресвятыя Богородицы честнаго Ея явления Казанския, во святомъ алтаре за жертвенникомъ, на другой стороне того образа, и предъ левымъ крылосомъ въ иконостасе на местномъ между Суздальскими святыми и оный блаженный Трофимъ написалъ; а когда и отъ кого той блаженный Трофимъ на святыхъ иконахъ писати начася, неизвестно; и въ помянутой церкви у гроба того блаженнаго Трофима ни панихидъ, ни молебновъ не отправляются, и въ церковныхъ молитвахъ не воспоминаютъ; а прежде сего воспоминали».
9 декабря 1884 г. город Суздаль отмечал пятидесятилетие священства Леонида Афанасиевича Федоровского, священника Предтеченской церкви.
В конце XIX века церковь имела землю в количестве 425 кв. сажень. Причт при церкви: священник и псаломщик. Годовой доход причта 325 руб. Приход 23 двора, душ мужского пола 60, а женского пола 62 души.
В Суздале в мае 2016 г. приступили к реставрации надглавного креста с церкви Иоанна Предтечи. Восстановительные работы стали возможны благодаря совместному проекту депутата Госдумы Григория Аникеева и Суздальского филиала Санкт-Петербургского государственного института культуры, ранее известного как реставрационное училище. Эта объединенная деятельность продолжает и развивает проект депутата «Туристическая инициатива». В реставрационное училище поступил редкий памятник — надглавный крест с Суздальской церкви Усекновения главы Иоанна Предтечи. Специалисты оценили состояние архитектурной ценности начала XVIII века как неудовлетворительное: крест был сильно загрязнен, покрыт коррозией, подвергся деформации и утратил часть своих декоративных элементов. Над реставрацией и реконструкцией трудились студенты четвертого (выпускного) и второго курсов. После чего крест вновь занял своё место на куполе церкви.
Храмы и монастыри города Суздаля
