В 1821 году было начато строительство нового Богоявленского собора по проекту И.И. Шарлеманя, закончившееся вчерне к 1833 году. Собирая документы для реставрации Богоявленсого собора, М.Г. Карпова установила весьма любопытный факт. И.И. Шарлемань вначале предложил свой проект на конкурс для Исаакиевского собора, но его замысел не удовлетворил петербургские власти, и проект почти без всякого изменения осуществили в Ниловой пустыни. И.И. Шарлемань был только автором проекта, возводилось же здание под наблюдением каменных дел мастера А.Д. Боттани. Строительство велось очень интенсивно: в течение одного года старый собор сломали и заложили фундаменты для нового, «чтоб скласть в оной пустыни по одобренному плану и фасаду Соборную каменную церковь с колокольнею… особым смотрением каменных дел мастера, в четыре, а по крайней мере в пять лет…» подрядились каменщики с артелями — Стрельцов Василий Семёнов из города Подольска и Малинин Агафон Косьмин, уроженец деревни Старково Судогдольского уезда Владимирской губернии. Окончательная отделка интерьера затянулась на долгие годы. По своей пышности он превосходил многие дворцовые и культовые позднеклассические сооружения столичной архитектуры. Над его убранством трудились не только осташковские, но и привлечённые из других мест мастера. Некоторые проекты по отделке интерьера выполнялись тверским губернским архитектором Иваном Фёдоровичем Львовым (1797 — после 1864 гг.).
По своему типу Богоявленский собор близок к трёхнефным базиликальным постройкам, увенчан пятью куполами (шестой, надалтарный, купол — поздний), с запада в его объём вкомпонована четырёхярусная колокольня, а фасады украшают мощные шестиколонные тосканкие портики. Центральный высокий световой барабан оформлен полуколонками с ионическими капителями и опирается внутри на огромные пилоны сложной конфигурации. Остальные четыре барабана — низкие, глухие, почти без всякого декора и широко расставлены по углам. Вместе с центральным они пирамидой завершают здание. Надо сразу заметить, что основной объём здания рассчитан больше на восприятие его с озера. Находясь же на парадном дворе, трудно охватить взором всё грандиозное сооружение. Своими тяжёлыми массивными портиками и большими плоскостями стен, расчленённых лишь световыми проёмами, собор, стоящий на высоком гранитном цоколе, подавляет зрителя — хочется отойти подальше, чтобы лучше рассмотреть его. И только попав внутрь, по-настоящему начинаешь понимать, как он огромен. Сквозь яркие потоки света центрального барабана и окон противоположная стена кажется тонущей в дымке. Вероятно, желанием как можно больше осветить интерьер центрального нефа и можно объяснить устройство шестого, надапсидного купола во второй половине 19 века. Все стены, столбы и пилястры были отделаны искусственным разноцветным мрамором. По верху шёл широкий лепной карниз с золочёными деталями пышного орнамента. Столбы завершались лепными капителями, своды и купола покрывала светлая темперная роспись с архитектурным орнаментом, выполненным в технике гризайль, в нишах стояли серебряная и золочёная раки со «святыми мощами». Источник: Галашевич А.А. «Художественные памятники Селигерского края». 1983 г.
В начале XX века Нилова пустынь была вторым в мире по посещаемости местом паломничества после Гроба Господня. Однако после Октябрьской революции 1917 г. ее жизнь быстро пошла на спад. В 1919 г. большевики вскрыли раку с мощами преподобного Нила Столобенского, изъяли из монастыря более 33 пудов серебра, два фунта драгоценностей. В 1927 г. монастырь был упразднён, в советское время здесь последовательно находились детская трудовая колония, лагерь для пленных поляков, военный госпиталь, дом престарелых и база отдыха «Рассвет».
В 1990 году Нилова пустынь была передана Тверской епархии. 20 декабря 1991 г., в день памяти преподобного Нила, епископом Тверским и Кашинским Виктором была совершена в Благовешенском приделе Богоявленского собора первая после стольких лет запустения Божественная литургия. Через пять лет мощи преподобного Нила торжественно перенесли в обитель. Торжества возглавлял Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Вот как живёт обитель сегодня: «В Ниловой пустыни встают рано, в пять утра. Когда честной народ ещё спит, здесь уже молятся за него. А потом, как и в большой семье, начинаются хозяйственные заботы… В обители есть огород. В здешних водах ловится рыба. Мяса монахи не едят, а три дня в неделю и вовсе постные. Спиртное для здешней братии исключено. На стене в рамочке висят заповеди святого Нектария о трезвости и общении, датированные 2 апреля 1666 года. Пока мы осматривали обитель, приехал из Осташкова отец Вассиан. И сразу все к нему потянулись, чувствовалось, как здесь любят своего настоятеля. В России ныне это единственный священник, прослуживший на одном месте почти пятьдесят лет! В самые тяжёлые безбожные годы он охранял мощи преподобного Нила в Вознесенской церкви Осташкова, не дал при Хрущёве перенести их в музей…»
В 2003 г. были обретены мощи святителя Нектария. Произошло это во время раскопок в подвальном помещении Богоявленского собора, где ныне и хранятся мощи. Собор реставрируется довольно давно, однако предстоит ещё немало восстановительных работ. Росписи сохранились только под самым куполом. Оказывается, их уничтожали целенаправленно. В те годы, когда в монастыре размещалась детская трудовая колония, для провинившихся было придумано наказание: сбить фрески на нескольких квадратныхметрах стены.
http://obl-tver.ru/khramy-i-monastyri/34-khramy-i-monastyri-ostashkova/46-monastyr-nilo-stolobenskaya-pustyn.html
Занимая центральное место в архитектурном комплексе Ниловой пустыни, своими архитектурными формами и размерами грандиозный Богоявленский собор определяет общий стиль всех построек Нило-Столобенского монастыря. В 1821 году, на месте старого собора 1671 года постройки, по благословению архиепископа Тверского Симеона был заложен каменный храм с тремя престолами. Собор строился на благотворительные пожертвования Царского дома, Осташковского купечества, многочисленных паломников и др. Разработку проекта будущего собора в стиле позднего классицизма было поручено выдающемуся петербургскому архитектору Иосифу Шарлеманю. Проект был подготовлен для конкурса по строительству Исаакиевского собора в Петербурге. План Богоявленского собора Ниловой пустыни, подписанный Шарлеманем, ныне хранится в Российской Национальной библиотеке в Санкт-Петербурге.
Согласно архивным данным, подготовка к строительству шла на протяжении нескольких лет; предлагались также проекты по реконструкции старого собора. Строительство собора велось под надзором архитектора Анжело Ботани, уроженца Лозанны, и епархиальных зодчих из губернского города Твери. Настоятель и попечительский совет монастыря очень тщательно изучали все предложенные проекты, выбирали рабочих и сами закупали стройматериалы. Собор был освящён 10 сентября 1833 года Тверским архиепископом Григорием.
Храм построен на фундаменте из шлифованного гранита, цоколь также гранитный. В строительных работах принимали участие мастера из Осташкова, Подольска, Владимирской губернии. Все кузнечные работы и резьба по дереву были выполнены осташами, золочение — московским мастером, печи — мастером из Можайска, отапливаемый пол, покрытый чугунными плитами, изготовили мастера из Мышкина. По своей пышности храм превосходил многие подобные позднеклассические сооружения столичной архитектуры. Собор увенчан пятью куполами. Есть и шестой, над алтарём, но он появился в 1850-е годы. Фасады украшены мощными шестиколонными портиками тосканского ордера. На центральном световом барабане — полуколонки с ионическими капителями. Четыре других барабана гораздо ниже и расставлены по углам центрального четверика собора. Чеканные прорезные серебряные Царские врата (не сохр.) главного иконостаса весили 10 пудов и создавались по эскизам осташковского живописца Якова Колокольникова-Воронина.
Внутреннее пространство собора огромно. Прежде все стены, столбы и пилястры были отделаны под искусственный разноцветный мрамор. Интерьеры, внутренний и внешний декор были выполнены в 1833 году тверским губернским архитектором — Иваном Фёдоровичем Львовым. Роспись выполнялась в технике гризайль. Серебряный позолоченный престол алтаря весил 3 пуда. Пространство храма освещалось бронзовым позолоченным паникадилом в 120 свечей, украшенным искуссно вылитыми барельефами с изображением Святой Троицы, двунадесятых праздников, ангелов, пророков и апостолов. На всех стенах висели вкладные иконы в серебряных позолоченных киотах и ризах, с такими же богато украшенными лампадами. Почётное место в храме занимала серебряная рака с мощами преподобного Нила Столобенского. До 1928 года в этой раке и находились мощи прп. Нила. 25 февраля 1919 года они были вскрыты, а позже, в 1928 году, после закрытия монастыря были перенесены в Вознесенский собор Осташкова, позже их перенесли в собор Осташковского Знаменского монастыря. 9 июля 1995 года святые мощи были возвращены в обитель, в отреставрированный к тому времени Богоявленский собор.
Президент России В. В. Путин присутствовал на литургии в Богоявленском соборе по случаю праздника Крещения Господня 19 января 2018 года. У Богоявленского собора три престола: центральный — в честь Богоявления Господня, правый — в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, левый — в честь свт. Николая Чудотворца. С запада к храму пристроена четырёхъярусная колокольня с великолепными башенными часами и открытой в настоящее время для посетителей смотровой площадкой, с которой, с 36 метровой высоты, можно полюбоваться незабываемыми видами на монастырские храмы и строения, бескрайние дали Селигерского края.
Из путеводителя Н. М. Бодрова «Нилова пустынь». Изд-во: И. П. Верхов С. И. , 2017 г.