На месте подвигов преподобного Нила в 1777-1781 гг. был построен храм с двумя престолами — в честь Иоанна Предтечи (второй этаж) и Покрова Пресвятой Богородицы (первый этаж) с пещерой преподобного Нила. Пещера святого Нила являлась особо почитаемым местом среди паломников. В этой пещере хранился первый скульптурный образ преподобного Нила, изготовленный в конце ХVIII века местными мастерами-резчиками. Сейчас этот скульптурный образ хранится в музее Ниловой пустыни.
При советской власти храм был взорван. Руины и фундамент храма летом 2007 г. были раскопаны и расчищены. Планируется восстановление храма, а древний образ Нила Столобенского перенести в пещеру нижней церкви Покрова Божией Матери.
На западном возвышенном берегу острова Столобный, на том самом месте, где была пещера Преподобного Нила, ископанная им в первые дни по пришествии на остров для приюта на первую зиму и где в 1766 году было от Тверского епископа Гавриила, было благословение строить каменную часовню; находилась каменная двухэтажная четырехугольная пятиглавая церковь во имя Св. Пророка Предтечи и Крестителя Иоанна, построенная в 1777-1781 годах по благословению Тверского Архиепископа Платона, иждивением помещика Ивана Сергеевича Челищева и освященная в 1781 году 27 декабря архимандритом обители Иоанникием.
В нижнем этаже этой церкви находился храм во имя Покрова Пресвятой Богородицы, устроенный и освященный в 1798 году. В северо-западном углу этого нижнего храма – на месте, где была вышеупомянутая пещера Преподобного – было оставлено углубление, представляющее саму пещеру. Место пещеры, известное прежде по преданию, было открыто в 1777 году, при копании рвов под фундамент этого храма. Пещера Святого являлась особо почитаемым местом среди паломников. Именно в этом углублении был установлен первый скульптурный образ Преподобного Нила «в совершенный Его образ и возраст»; и многие, обращаясь к Святому, через него получали помощь и исцеление. Под этой церковью погребен и ктитор этого храма И.С.Челищев, немногим не доживший до освящения построенного им храма. При этой церкви находилось монастырское братское кладбище.
При советской власти храм был разрушен до основания. Уже в наши дни усилиями волонтеров из молодежного православного движения руины храма и фундамент были раскопаны и расчищены.
http://nilostolobenskaja-pustyn.ru/index.php/o-monastyre-2/khramy
