В начале XX века в деревне работали две раскольнические моленные. Административно Малый Красный Яр входил в Николевскую волость Николаевского уезда Самарской губернии.
Помимо православия в селе традиционно был распространён раскол. В 1906 году в Красном Яре насчитывалось православных 776 мужчин и 822 женщины, беспоповцев 41 мужчина и 39 женщин, беглопоповцев 129 мужчин и 143 женщины. Община последних в том же году построила молитвенный дом на собственной усадебной земле. В 1910 году в селе в 510 домохозяйствах проживали 1097 мужчин и 1126 женщин. Беглопоповская моленная закрылась в 1930-х годах.
В 1911 году тщанием епископа Уральского Тихона и других жертвователей в Малом Красном Яре построили единоверческую церковь во имя Казанской иконы Божией Матери. Её здание было деревянным на каменном фундаменте, имело колокольню, железную крышу и один престол. В штат причта входили священник и псаломщик. Единоверческий приход на тот момент насчитывал 28 дворов, 70 мужчин и 71 женщину. Раскольников австрийского толка в селе проживало 78 мужчин и 90 женщин, беспоповцев 170 мужчин и 180 женщин, беглопоповцев 150 мужчин и 155 женщин. Последние в 1912 году успешно ходатайствовали о постройке своего деревянного молитвенного дома, который через год был возведён и открыт.
При Советской власти село стало центром Мало-Красноярского сельсовета Николевской волости Пугачёвского уезда. В 1926 году в Малом Красном Яре насчитывалось 210 домохозяйств, 504 мужчины и 571 женщина. Вместо приходской открылась новая начальная школа, богослужения в молитвенных домах и единоверческой церкви прекратились.
