Один из многих монастырей, возникших в результате подвижнической деятельности Сергия Радонежского. Первым настоятелем считается ученик Сергия, Григорий Голутвинский. Он был поставлен игуменом новообразованной обители коломенским епископом Герасимом. В источниках имеется упоминание о коломенском епископе Григории, относящееся к этому времени. Возможно, этим епископом и был преподобный Григорий Голутвинский. Монастырские легенды утверждают, что под руководством преподобного Сергия было выбрано не только место обители, но и заложен первый храм, в честь Богоявления. Сегодня в подклете Богоявленского храма монастыря можно видеть остатки первоначального фундамента храма, называемые «камушки преподобного». По преданию, когда возникла нужда в колодце, преподобный Сергий указал братии место на территории монастыря, где вскоре забил источник. Он действовал вплоть до первой половины XX века, когда после закрытия монастыря источник был засыпан, а впоследствии забетонирован властями. До закрытия монастыря в 1929 году в монастыре хранились святыни, связанные с именем святого, его посох, наперсный крест, ризы. В связи с набегами татар устроение монастыря на реке Оке имело и значение укрепляющего звена в оборонительном поясе монастырей. Это в свою очередь послужило будущему развитию и упрочению обители.
В XV веке монастырь всё более возвышался, росло его благосостояние, укреплялась монашеская жизнь. Заложен зимний храм преподобного Сергия Радонежского. Он имел высокий подклет, различные подсобные помещения, одностолпная братская трапезная, поварня и хлебодарня. Возведена колокольня между Сергиевским и Богоявленским храмами, разобрана в конце XVIII века. Монастырь имел владения в Москве, Голутвинская слобода, в 1472 году князь Юрий Васильевич передал в дар монастырю сёла Рожек и Маливку. В 1480 году посетил обитель великий князь Иван III, перед выступлением против татарского хана Ахмата, стояние на реке Угре.
«Когда мы вошли в монастырь, нас встретили по обыкновению и ввели в большую церковь Богоявления… Вход в эту церковь чудный высокий, с трёх сторон, кругом – галерея с тремя дверями. Церковь весьма древняя. Мы отстояли в ней вечерню и пошли помолиться в другую церковь, которая находится в трапезе отцов. Она весьма древняя и красивая, в честь одного из новых святых, по имени Сергия… Между этими двумя церквами высокая колокольня с приподнятым высоким куполом наподобие куполов церковных.»
Значительно растёт благосостояние обители. Монастырь посещает царь Иван Грозный. Содержится богатая библиотека.
В апреле 1912 настоятелем монастыря, за год до своей кончины, был назначен почитаемый старец Варсонофий Оптинский. Монастырь был закрыт в 1929 году. Передан в ведение Московской епархии в 1994 году, с декабря 1994 года возобновлены регулярные богослужения. В 1995 году в монастырь переведено Московское епархиальное духовное училище, впоследствии преобразованное в Коломенскую православную духовную семинарию.
В октябре 2012 года здания исторических восточного братского, западного гостиничного корпуса и ряд других были переданы Коломенской семинарией в ведение монастыря.
