После смерти последнего русского царя из рода Рюриковичей на престол взошел боярин Борис Годунов. Он смог построить блестящую карьеру и еще при Иване Грозном приблизился к государевой власти.
В собственности новоиспеченного царя числилось немало усадеб, одна из которых располагалась близ Костромы и называлась «Красное-на-Волге». Именно в этом имении была построена великолепная шатровая Богоявленская церковь.
С тех пор прошло много веков, но, благодаря записям в клировых книгах, мы знаем дату основания храма — 1592 год. К сожалению, никакой информации о строителях и жертвователях не сохранилось. По архитектурному стилю можно предположить, что над храмом работали московские зодчие.
Согласно утверждениям искусствоведов, Богоявленская церковь считается классическим образцом зодчества времен правления Бориса Годунова. Церковь, установленная на массивном подклете, украшена декоративными кокошниками и небольшой главкой. Колокольня располагается на западной стороне храма и пристроена к нему вместо крыльца. Симметрично пониженные пределы напоминают знаменитую церковь в царском селе Остров. К сожалению, все старые росписи внутри не сохранились, нет и описания дореволюционных фресок, так что в наше время интерьеры пришлось оформлять заново.
В XIX веке Богоявленский приход приютил представителей самых разных сословий. Знатные и состоятельные люди щедро жертвовали на содержание храма. В конце позапрошлого столетия на средства верующих рядом была построена церковь Петра и Павла, а также установлен памятник императору-освободителю Александру Второму.
После захвата власти большевиками оба храма были закрыты, памятник царю снесли, а Петропавловскую церковь взорвали. Не сохранилось до нашего времени и старинное кладбище, которое советская власть сравняла с землей.
В 1990-е Богоявленский храм вернулся Православной Церкви. После капитальной реставрации он получил новый иконостас.