Сведений о точном времени основания Ржищевского Спасо-Преображенского монастыря нет. Известно лишь о том, что он был разорен во время татарского нашествия. В XV веке он уже был действующим мужским монастырем.
В XV-XVI веках Ржищивский Преображенский монастырь упоминается рядом со знаменитыми киевскими обителями, основанными еще в эпоху Крещения Руси.
Набеги крымских татар на Киевскую конце XVI — начале XVII века имели трагические последствия: монастырь был опустошен и разрушен. Долгое время Ржищивский Преображенский монастырь стоял пустым.
В 1649 году Вороничи, владельцы Ржищевa с округой, в связи с началом возрождения Ржищевского монастыря, подтверждают его владения, состоявшие из села Балыки со всеми угодьями, полями, лесами, лугами, пасеками. В грамоте 1649 говорится также, что учредителями Ржищевского Преображенского монастыря были предки Воронич.
В период Руины Ржищивский монастырь был во второй раз разорен. Поэтому Его Преосвященство Гедеон-Святополк Четвертинский, митрополит Киевский и Галицкий, гетман Иван Мазепа и гетман Иван Скоропадский, желая способствовать возрождению Ржищевской обители, подтверждают владения этого монастыря.
По возвращении Киевщины полякам, Ржищивский монастырь претерпел много скорбей. Основатели монастыря Вороничи, перешедшие в католичество, основали в XVIII веке в Ржищеве католический тринидатский монастырь, в пользу которого отобрали у православного Преображенского монастыря все его владения. Это стало причиной его постепенного упадка.
В XIX веке Ржищивский Преображенский монастырь был самым бедным в Киевской епархии. В 1852 году он был преобразован из мужского в женский. Это произошло благодаря первой игуменьи Юлии Янохтовий, происходившей из рода московских дворян. Она пожертвовала на обустройство монастыря все свое имение, и Ржищивский Преображенский монастырь начал возрождаться.
В 1920-е годы монастырь был разорен, хотя, как вспоминают местные старожилы, монахини и послушницы еще в 30-е годы жили в нем. Последним сохраненным документом монастыря, датированным 1924 годом, является список принятых в монастырь послушниц.
Сначала в Ржищевском монастыре была только одна церковь с престолом в честь Преображения Господня. В XVIII веке храм был настолько беден, что имел соломенную крышу. Заново построен был храм благодаря ходатайству ктитора этого монастыря стольника Симеона Головинского.
Во время путешествия по Днепру, императрица Екатерина II посетила Преображенский монастырь и пожертвовала ему 50 червонцев. Игумен обители Гервасий на это пожертвование 2 сентября 1787 начал строительство церкви во имя святой великомученицы Варвары и Екатерины, и 24 ноября 1788 эта церковь была освящена.
Около 1910 года при покоях игуменьи была построена домовая церковь во имя Всех Святых.
Перед отменой Ржищевского мужского монастыря в нем было около 30-ти монахов. В женском монастыре при игумене Юлии насчитывалось 60 насельниц. В 1908 году — 70 монахинь и 213 послушниц.
При игумене Юлии был введен строгий порядок монашеской жизни, который неукоснительно соблюдался вплоть до разрушения монастыря в советское время.
До 1917 года монастырь владел 34 десятинами пахотной земли, были в монастырском владении также участки леса.
Расположен на живописной холмистой местности над Днепром, Ржищивский Преображенский монастырь в начале ХХ века привлекал многочисленных паломников. Особенно популярным было богомолье в монастыре среди киевлян, которые посещали его в выходные дни.
В 1995 году монастырь возрожден, хотя от него осталось лишь несколько чудом уцелевших икон, фрагмент трапезной и монастырского управления.