Не подлежит сомнению, что к XV веку Спасо-Преображенский монастырь уже существовал, поддерживаемый благочестивыми стараниями великого князя Рязанского Ивана Васильевича. Несколько веков монастырь стоял деревянным. Он перенес несколько пожаров и разрушений, одно из которых пришлось на время нападения отрядов гетмана Петра Сагайдачного и войск королевича Владислава на Переяславль Рязанский. В 1647 году сильный пожар уничтожил все деревянные постройки кремля и весь монастырь. В 1640-х годах была возведена первая каменная церковь Богоявления Господня, у которой было два придела во имя Покрова Божией Матери и во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова. Вместе с ней была возведена колокольня на шесть колоколов. О древних временах существования этого монастыря сохранилось не так много свидетельств. Известно, что настоятельская власть в первые столетия существования монастырей была очень большой. В «Дополнительных о Рязанской епархии сведениях» архимандрит Иероним, говоря о Спасском монастыре г. Рязани, пишет, что «настоятели издревле архимандриты», хотя «сей монастырь был не знаменит», из них 1653 года сентября Боголеп и Солотчинский Сергий по указу государеву и патриаршей грамоте благословлены от Преосвященного Мисаила служить в белой шапке, а от преосвященного Димитрия позволено употреблять Спасским при служении ковер». О размерах настоятельской власти, а значит и о значимости монастыря, говорит и тот факт, приглашались ли они на Соборы в стольный град Москву. Так, на Соборе 1589 года, на котором решался вопрос о четвертом браке царя Иоанна Васильевича, представлены были архимандриты и игумены многих монастырей, в том числе архимандрит Солотчинского из Рязани. Через три года уже среди прочих упомянут Спасский архимандрит из Рязани. С 25 декабря 1742 года по указу Святого Синода от преосвященного Алексия, «для отличия от игуменов, возложены на архимандритов наперсные для ношения кресты на здешнего Спасского Давида и Духовского Ефрема, а в 1743 году на Солотчинского Алимпия, Богословского Аарона и Радовицкого Иосафа». С 1868 года Рязанский Спасский мужской монастырь стал управляться викарием, что продолжалось до 1902 года. А в 1902 году кафедра викарных епископов Михайловских была переведена в Троицкий монастырь. 21 мая 1907 года кафедра викарных епископов была вновь перенесена в Спасский монастырь. Среди Викарных епископов следует упомянуть епископа Исидора, бывшего на епископской Михайловской кафедре с 1906 года по 1911 год, замученного в Самаре в 1918 году. Штатная численность Спасского монастыря хотя и менялась на протяжении всего времени его существования, но незначительно. Так по рапортам настоятелей монастырей за 1746 год, по Спасскому монастырю «определено быти архимандриту и братии двадцати человек, им жалования положено в год денег по пети рублев, хлеба по пети четвертей, и того денег сто рублев и хлеба сто четвертей». Там, где при монастырях были кладбища, обитель получала средства «за места для могил, за катафалк», как например при Спасском. К 1917 году в Спасском второклассном монастыре числилось 16 монахов, что практически равно 1746 году. В 1757 году епископ Рязанский своим указом определил монастырь в первостепенные, и с этого времени в монастыре появились наместники. Со второй половины XVIII века архимандриты Спасского монастыря стали возглавлять Епаршую семинарию, что повышало престиж как монастыря, так и духовного учебного заведения.
В 1920 году монастырь был закрыт.
Передача монастырских зданий началась в 1996 году. Вначале был возвращен настоятельский и братский корпус, но в нем было размещено Духовное училище. 6 октября 2005 года решением Священного Синода во главе со Святейшим Патриархом Московским и Всея Руси Алексием II было принято решение об открытии Спасо-Преображенского мужского монастыря в городе Рязани и возобновлении в нем монашеской жизни. Наместником вновь открытого монастыря был назначен иеромонах Игнатий Депутатов. В настоящий момент монастырская жизнь протекает в историческом здании настоятельского и братского корпуса совместно с Духовной семинарией. Были переданы храмы монастыря.
