Летом 1619 года присланные из Тобольска казаки во главе с Максимом Трубчаниновым «пошли за волок в тынгусы и Тынгуской острог ставили». Этот построенный казаками Трубчанинова первый русский городок на Енисее вначале называли Тунгусским, потом Кузнецким и только позднее за ним закрепилось имя Енисейского острога.
Городок был поставлен на левобережье Енисея, на холме неподалеку от устья речки Кеми. Уже в 1620-е годы город, в который устремились на жительство «промысловые и гулящие люди», начал расширяться, постепенно «сползая» с холма. Поразительно быстро Енисейск превратился в торговый и административный центр огромного края, откуда «встречь солнцу» уходили все новые и новые партии землепроходцев. Енисейские казаки основали Красноярск, Якутск, Иркутск, Нерчинск. Енисейским казаком был Семен Дежнев. Город стал не только политическим, но и духовным центром края. В 1642 году здесь, на высоком зеленом холме в полукилометре от города, был основан Спасо-Преображенский монастырь.
Предание рассказывает, что еще в 1592 году в этих местах поселился пустынножитель, некий монах Тимофей Иванов, вокруг которого собралась небольшая монашеская община, и в 1642 году монастырь был не основан, а только получил «утверждение от высших властей» — от Тобольского архиепископа Герасима.
Енисейский монастырь долгое время был малолюдным и бедным — ни пожалованные ему земельные угодья, ни мельницы и рыбные ловли, ни соляные варницы не приносили большого дохода. Все здания монастыря более ста лет оставались деревянными, и только в 1730-х годах здесь началось каменное строительство.
Первым каменным сооружением монастыря стал нарядный и величественный Спасский собор, построенный в традициях сибирского барокко. Он был освящен в 1750-х годах Позднее к главному храму были пристроены Ильинский придел, теплая Покровская церковь и колокольня. В строительстве собора принимал участие уставщик Успенского Далматова монастыря Иоакинф Денисов, присланный тобольским митрополитом в Енисейск для обучения «тамошних монастырских» строительному ремеслу. Спасский собор невелик и рассчитан на немногочисленную монастырскую братию. Его резные позолоченные иконостасы не сохранились. К собору примыкает массивная восьмигранная колокольня. Некогда в Спасском соборе хранилась главная святыня монастыря — местночтимая икона «Спас Нерукотворный».
В 1780-1800 годах в монастыре были возведены каменные Святые ворота с надвратной церковью Захария и Елизаветы, часть ограды и настоятельский корпус. Изящная церковь Захария и Елизаветы, построена в 1785-1790 годах, освящена в 1822 году, была одной из главных вертикалей Енисейска. В 1859-1860 годах в церкви были установлены новые иконостасы, изготовленные на средства енисейского купца А.С. Баландина. Монастырь окружала частью каменная, частью деревянная ограда протяженностью 590 метров. В одной из келий Спасо-Преображенского монастыря, а затем в местной больнице три года провел в заточении декабрист Н.С. Бобрищев-Пушкин.
Спасский монастырь на протяжении многих лет играл роль важного миссионерского и просветительского центра. Еще с 1780 года при нем существовало «училище для всех сословий», позже преобразованное в церковно-приходскую школу.
Монастырь очень сильно пострадал в советское время. Было уничтожено все внутреннее убранство церквей, разрушена часть зданий, а уцелевшие здания сильно повреждены.
Возрождение монастыря началось в 1990 году. Несмотря на нежелание тогдашних местных властей содействовать полной передаче и скорейшему восстановлению монастырских зданий, в день памяти святого благоверного князя Александра Невского, 6 декабря 1990 года, епископ Красноярский и Енисейский Антоний совершил во вновь открытой обители первое архиерейское богослужение.
Об условиях, в которых возрождалась жизнь монастыря, о препонах, чинившихся насельникам и наместнику, могут свидетельствовать строки одного из многих документов, направленных тогда епископом Антонием в адрес светских инстанций, «контролирующих» восстановление обители: «Указанное здание, десятилетиями не привлекающее вашего внимания и фактически на ваших же глазах все более и более теряющее свой архитектурный облик, получено монастырем в таком варварски изуродованном состоянии, что налагать штрафы за все это варварство просто не имеет смысла, как тем более не имеет смысла препятствовать монастырю мало-мальски приспособить его помещения для жизни в нем, что и делается».
С 1990 года обязанности наместника исполнял иеромонах Мефодий Есин. Указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия от 3 августа 1992 года иеромонах Мефодий был утвержден наместником возраждаемого Спасо-Преображенского монастыря в Енисейске с возведением в сан игумена. Скончался отец Наместник 3 октября 2005 года, накануне отдания праздника Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня, после тяжелой болезни, на сорок шестом году жизни.
Решением Священного Синода от 6 октября 2008 года наместником Спасо-Преображенского мужского монастыря г. Енисейска назначен игумен Никанор Анфилатов. Решением Священного Синода от 13 июля 2015 года Епископ Енисейский и Лесосибирский Никанор утвержден священноархимандритом монастыря.
До 2009 года богослужения совершались в Преображенском приделе, пристроенном к Спасскому собору с северо-западной стороны. К настоящему времени, по окончании восстановления главного монастырского храма, освящены три отреставрированных престола Спасо-Преображенской обители — во имя Всемилостивого Спаса, в честь Усекновения главы св. Иоанна Предтечи и во имя Пророка Илии.
