Возрождение монастыря началось в 90-е годы прошлого столетия. Священники и прихожане храмов региона Кавказских Минеральных Вод, а также казачество приняли активное участие в расчистке местности и строительстве Георгиевского храма, который был освящён 28 августа 2001 года митрополитом Ставропольским и Владикавказским Гедеоном. С этого события начинается новая история Второафонского монастыря.
С апреля 2014 года в византийском стиле строится величественный главный собор обители в честь Успения Пресвятой Богородицы. Общая площадь собора составляет 500 кв. метров. Стены храма облицованы ракушечником и терракотовым туфом, высота которых составляет 28 метров.
