Миссия России в Мюнхене, столице Баварского королевства, открылась в 1798, но так как домовой церкви при ней не было, то православные дипломаты молились в греческой Троицкой церкви на Сальваторплатц, которая окормляла всех православных в городе. В ней в великие праздники «некоторые молитвы всегда читались на русском языке». За окормление своих подданных Император Николай I предоставлял причту щедрую денежную помощь.
Русский приход появился только после большевистской революции, когда в Мюнхене поселилось 200–300 эмигрантов из России. В 1921 начались нерегулярные богослужения в наемных помещениях, где ставили иконостас, переданный из Никольской церкви на вилле графов Адлерберг на Тегернзее. В следующем году была создана община, которую в 1923–1927 возглавлял священник Николай фон Бер. В эти годы она проводила богослужения в зале «Матильденштифт» и именовалась Никольской.
С конца 1920-х приход, подчинявшийся РПЦЗ, испытывал большие трудности. Поскольку он не имел постоянного священника, то службы свершались лишь по большим праздникам приглашаемыми со стороны батюшками. Только в 1937 положение улучшилось, ибо «разъездным священником для Баварии» был назначен о. Андрей Ловчий, будущий архиепископ Берлинский и Германский. Он окормлял общину до самой своей смерти в 1971 году.
Начиная с 1940 число прихожан стало быстро расти за счет новых беженцев и «остарбайтеров», т. е. угнанных из России на работу в Германию. После Пасхи 1941 община переехала из наемного зала «Матильденштифт» во временный барачный храм на Деннингерштрасе, 5, открыв при нем приходскую школу и катехизический кружок. Во время войны у верующих возникли новые осложнения — недоставало свечей, церковного вина и муки для просфор. Несмотря на эти трудности игумен Александр (Ловчий) осенью 1941 приступил к изданию приходского «Воскресного листка». Вскоре при храме был учрежден миссионерский комитет для работы с военнопленными и «остарбайтерами».
Сохраняя за собой до 1949 барачный храм, приход двумя годами ранее переместился в большой зал на первом этаже музыкальной школы на Сальваторплатц, где до войны находились американская часовня и библиотека. Школа соседствовала с Троицкой греческой церковью, которой с мая 1943 по февраль 1946 временно пользовался русский причт, так как немецкие власти после оккупации Греции церковь для греков закрыли. В 1945 в пасхальном крестном ходе вокруг нее участвовали 2000 человек.
В послевоенные годы Мюнхен стал центром русской церковной эмиграции — в нем до переезда в США проходили архиерейские соборы РПЦЗ и обосновалось управление Германской епархии, в связи с чем Никольская церковь в 1952 получила статус кафедрального собора. До начала 1950-х в Мюнхене и окрестностях насчитывалось 30–40 тысяч перемещенных лиц из России, которые создали 25 приходов, обслуживаемые 30–40 священниками-эмигрантами. Однако в 1950–1960-е многие лагерные церкви закрылись из-за отъезда прихожан и духовенства, отчего Свято-Николаевский собор приобрел в Баварии особое значение, ибо верующие в крае окормлялись в основном священниками из Мюнхена.
Храм на Сальваторплатц был освящен 22 мая 1947, в престольный праздник, митрополитами Анастасием и Серафимом (Ляде), епископом Александром (Ловчим) в сослужении 10 священников. Иконостас и утварь были перевезены из предшествующей церкви. Храм считался временным — городские власти с 1957 постоянно требовали его переезда в другое место, но все предлагаемые варианты оказывались неподходящими.
В 1980-е архитектором Георгием А. Реммихом был создан проект однопрестольной церкви, выдержанный в новгородско-псковском стиле. Ее макет выставили в соборе и стали собирать средства на покупку земельного участка. Здание намеревались возвести в пригороде Мюнхена Лайм, но немецкие власти постоянно тормозили дело, то придираясь к высоте храма, то ссылаясь на местных жителей, не желавших слышать колокольный звон. Кроме того, сбор средств шел медленно. В эти годы в приходе состояло около трех тысяч верующих, но это были главным образом пожилые люди, ассимилированные русские или обращенные немцы, не понимавшие богослужебный язык.
Однако после 1991 резко усилился приток новых российских эмигрантов в Мюнхен; многие из них принимали Православие. Действующий храм стал тесным. Так как часть оккупационных войск была из Баварии выведена, то русской общине в конце 1992 передали американский молитвенный дом, расположенный на окраине, в бывшем военном городке, в окружении опустевших многоэтажных казарм. Переезд в новое здание в районе Перлахер Форст, после его приспособления, состоялся через два года, перед Троицей. С Сальваторплатц перенесли престол и иконостас. Изменилось название собора — он стал называться во имя свв. Новомучеников и Исповедников Российских.
После переезда началась переделка поместительного здания в православном стиле под руководством старосты В. А. Есиковского, награжденного за свои труды благословенной грамотой. В 1995 был устроен левый придел свт. Николая, увенчанный главкой. Небольшой дубовый иконостас для него вырезали в Прибалтике. Освящение храма состоялось 3 марта 1997, придела — 19 мая 2005. Служат в нем зимой, по будням и недвунадесятым праздникам.
Переделка коснулась всех частей здания. Боковые фасады были оформлены глухой аркатурой с сохранением прежних узких полуциркульных окон с цветными узорчатыми стеклами. Пристроенная с востока апсида тоже декорирована арками с двумя оконными проемами и рельефным крестом. С юга пристроили одноэтажный приходской зал с отдельным входом.
27 апреля 2000 в западной части храма началось сооружение звонницы в псковском стиле. В ее стену 1 мая того же года был вложен камень, привезенный из Иерусалима, и сосуд с храмоздательной грамотой. В праздник Воздвижения над входом был водружен постоянный крест. 1 декабря 2002 на звонницу подняты колокола, отлитые в мастерской братьев Шуваловых в Тутаеве. Стройная и высокая двухъярусная звонница — самая русская часть экстерьера. Она высится над крыльцом, которое увенчано небольшой главкой.
Внутри вытянутое в плане здание имеет двускатное перекрытие. Над входом размещены вместительные хоры. Интерьер освещают большие трехъярусные хрустальные паникадила. На побеленных стенах развешаны отдельные иконы. Скромный двухъярусный иконостас тоже исполнен в России, но иконы взяты из старого иконостаса. Дополнительные образа написала местная иконописица Тамара Сикоева. Новому храму пока не хватает намоленности и православной атмосферы — он подавляет своими размерами и печалит скудостью убранства.
