Михаило-Архангельская церковь, возведенная, скорее всего, в 1854 г. на Михайловской площади — деревянная, тесная, не отличавшаяся красотой. Свое название получила в честь небесного покровителя основателя города М.С. Воронцова. В июне 1860 г. началось строительство каменного городского собора во имя святого Архистратига Михаила по проекту князя Гагарина. Подряд на строительство взяли Камышов и Дубенский. Постройкой собора заведовал созданный для этих целей комитет под председательством начальника города полковника Э. Сальстета. Строительством храма ейчане почтили память основателя города светлейшего князя М.С. Воронцова.
Строительство собора завершилось осенью 1865 г., в декабре он был освящен. Пятиглавый собор в византийском стиле с тремя алтарями имел приделы во имя Успения Пресвятой Богородицы и апостола Иоанна Богослова, длину 20 сажень, в ширину 13,5 сажень, высота составляла 20 сажень. Свято-Михаило-Архангельский собор был самым величественным на севере Кубанской области. В 1890 г. достроили колокольню, самый большой колокол весил 508 пудов.
При соборе с 1867 г. была приходская школа. В 1878 г. на средства ейского купца Афанасия Болгова было возведено основательное здание церковно-приходской школы. Благодетелями собора были ейские купцы: Афанасий Болгов, Алексей и Афанасий Пишковы, Роман Салогуб, Федот Лопата и другие.
В 1922 г. во время изъятия церковных ценностей епископ Ейский Евсевий (впоследствии причисленный к лику святых новомучеников) отдал распоряжение бить в набат, произошли столкновения верующих с представителями власти, часть верующих, в т.ч. и епископ Евсевий, были осуждены. В 1932 г. с собора снесли купола, на крыше устроили танцплощадку. В 1938 г. собор снесен до основания, сохранилась лишь сторожка, в которой располагалась библиотека.
В 1990-е гг. началось восстановление Свято-Михаило-Архангельского храма на месте библиотеки. Первые богослужения прошли в 1997 г., а в начале XXI века неподалеку возведены храм во имя святой блаженной Ксении Петербургской, часовня во имя святой блаженной Матроны Московской, Дом Милосердия для престарелых.
