Каменная церковь Преображения Господня была построена иждивением Петрозаводского купца 1 гильдии потомственного почетного гражданина Марка Пименова в 1853-1855 годах. 10 июня 1855 года состоялось ее освящение. На строительство ушло 15000 серебром. Над мощами преподобного, почивающего в церкви Преображения Господня в 1856 году, купеческою женою Матреною Тимофеевной и купцом Марком Пименовым была устроена вызолоченная резная рака. На верхней доске изображение преподобного Ионы Яшезерского в ризе серебряной 84 пробы чеканной, венец серебряный позолоченный. Весу в ризе 14 фунтов 44 золотника, обнесена чугунной решеткой.
12 сентября 1857 года указом Святейшего Синода Яшезерская пустынь получила самостоятельность с учреждением строителя и назначения штата монашествующих из 7 человек. От пожертвований и доходов монастырских земель был выстроен новый комплекс зданий, характерный прежде всего каменными постройками. Сооружена новая ограда с башнями по углам, два двухэтажных келейных корпуса. За пределами ограды возведены гостиница для паломников и хозяйственные постройки: скотный двор, сенник, конюшня, четыре хлева, кузница, баня, смолоплавильня, рига, каретник, прачечная и проч. С этого времени обитель переживает свое второе рождение.
Непосредственный очевидец этих событий иеромонах Нафанаил в своем рапорте епископу Аркадию пишет так: «Исполнение всей постройки церкви по плану и фасаду — превосходно. Церковь эта еще не оштукатурена снаружи, но будет удивительно как хороша. Эта теплая каменная церковь великое украшение обители Яшезерской, истинное утешение ея и радость для окрестных жителей, толико усердствующих и благоговеющих к святости места сего, ради почивающего в оном не тленными своими останками святого основателя пустыни преподобного Ионы — радость для всех истинных поклонников дивного во Святых Бога нашего». В сентябре того же года были доставлены в пустынь вее иконы для трехъярусного иконостаса Преображенской церкви, выполненные по заказу и на счет благотворителя из Санкт-Петербурга. «Иконы эти я видел, — продолжает описание иеромонах Нафанаил, — но, не будучи сведом в иконописании и живописи, не беру на себя обязанность оценивать их по художеству, а скажу только, что такие иконы — редкость в здешнем краю. При мне, — пишет Нафанаил, — как бы на счастье, привели корову в подарок обители и еще двух привести обещались из Ладвы и Шокши».
В советское время монастырь был упразднен и закрыт. Имущество «национализировано». На территории монастыря располагались пенитенциарные учреждения, летние лагеря, лесхозпредприятия и лесозаготовители и проч. Вследствие такого использования монастырь стал быстро приходить в упадок и к началу 80-х годов ХХ века большей частью разрушился.
