Осенью 1900 года оренбуржцы готовились отметить 150-летие со дня освящения Преображенской церкви, бывшего собора, известного под именем «Золотого» собора, так как «раньше оба фонаря на соборе под куполом и колокольней были позолочены». Фонарь это башенка, венчавшая купол. По инициативе Оренбургской ученой архивной комиссии еще в 1899 году был поднят «вопрос об обращении Преображенской церкви в соборную. Главным мотивом служило историческое значение Преображенской церкви – этого первого каменного храма в нынешней Оренбургской епархии, – которое определяется тем, что храм этот в продолжение почти 150 лет был главным в городе Оренбурге, кроме того, во второй половине XVIII века считался главным храмом во всем Оренбургском крае. Затем до устройства нового Казанского собора Преображенский храм был кафедральным в течение 37 лет. Вторым мотивом было желание тем самым воздать благодарную признательность устроителю Оренбургского края И.И. Неплюеву, заботами которого город Оренбург и многие линейные крепости были украшены православными храмами на казенный кошт, так что число храмов в Оренбурге и на линии при И.И.Неплюеве было более, чем, например, в последней четверти XVIII — первой четверти XIX веков, а это, конечно, способствовало укреплению православия в юной русской окраине». Но «епархиальное начальство не признало возможным присвоить Преображенскому храму значение собора».
Основание храма положено было весной 1746 года, а в 1750 году храм был построен и освящен 12 ноября. Своим устройством Спасо-Преображенский храм обязан был основателю города Оренбурга на новом, настоящем его месте, и знаменитому организатору Оренбургского края, первому губернатору И.И. Неплюеву, о чем свидетельствует и надпись на стене, налево от входа в храм. Надпись эта, раньше находящаяся наверху прежнего иконостаса, гласит именно: «совершися же и освятися по благословению преосвященного Луки, епископа казанского и свияжского, тщанием высокопревосходительного господина действительного тайного советника и кавалера Ивана Ивановича Неплюева. Ноембрия во 12 день на память, иже святых отца нашего Иоанна Милостивого». Надо думать, что этот день был днем ангела Неплюева, родившегося 5 ноября, и самое торжество освящения нарочито приурочено к этому дню. На освящение храма Неплюев пригласил самого епископа казанского Луку, отказавшегося, однако, приехать и вместо себя приславшего из Казани кафедрального протопопа Благовещенского собора. Неплюев так оценил это благочестивое настроение души Кириллова, что, переводя Оренбург на теперешнее его место, первую оренбургскую церковь назвал тоже «Преображенскою», также как вторую церковь назвал «Введенскою» в честь праздника и в память дня прибытия первого переселенческого эшелона, 21 ноября 1735 года.
Первые капитально построенные исторические храмы Оренбурга украшали силуэт города на берегу Яика-Урала до начала 1930 годов. В марте 1931 года местные власти приняли решение о ликвидации Преображенской церкви, она была хоть и с трудом, но разобрана на кирпич. Теперь на месте, где красовался первый капитально построенный в Оренбурге храм, находится трансформаторная подстанция невдалеке от музея города Оренбурга.
