Нынешний архитектурный облик собора сложился в первой половине XIX века, когда были выполнены основные строительные работы. В это время сам Минусинск был селом. 21 декабря 1779 года Варлаам, Епископ Тобольский и Сибирский, разрешил заложить деревянную церковь, которая была освящена в 1781 году. 12 сентября 1803 года закладывается новая каменная церковь вместо деревянной. Неизвестен ни автор проекта, ни главный строитель церкви. Основные средства на строительство передал Иван Тимофеевич Масленников. Известно и имя человека, на средства которого построен каменный домик рядом с храмом, предназначенный для богадельни, приюта для бедных и инвалидов, ставший первым каменным домом села Минусинского. Это местный крестьянин Федот Кузьмич Самков. В 1813 году строительство было закончено. Освящение новой церкви во имя Христа Спасителя с приделом Покрова Пресвятой Богородицы состоялось 11 октября 1814 года.
Вначале Спасская церковь числилась сельской, с открытием города — городской. Силуэт церкви напоминал корабль, а вся ее композиция подчинялась идее устремленности вверх. Церковь венчали 5 главок, покрытых медью, с позолоченными железными крестами. Жестяная крыша выкрашена в зеленый цвет. На колокольне висело 7 колоколов, самый большой весил 912 кг.
В 1853 году на средства купца Масленникова пристроили с левой стороны придел в честь Святителя Николая, Архиепископа Мирликийского. Придел был освящен 7 мая 1854 года. Минусинская Спасская церковь стала трехпрестольной. С 17 сентября 1854 года переименована в Соборную. В 1855 году был поднят восьмой колокол весом более двух тонн. Красноярский архитектор В.А.Соколовский в 1902-1904 годы перестраивает собор. В результате храм стал вместительнее почти в три раза. Десять крестов расположены симметрично относительно оси из четырех крестов – над входом, над колокольней, над главным храмом и главным алтарем. Каждый из крестов неповторим по форме и рисунку.
В начале 1930-х годов служба в Спасском соборе прекратилась. В 1933 году были сброшены колокола, церковная утварь и ценности изъяты, здание использовалось под зерносклад.
В 1943 году собору возвращены ценности, восстановилась церковная православная община, возобновилась служба. Спасский собор стал единственной действующей церковью в городе. В 1989 году на звонницу собора подняли 8 колоколов весом от 45 до 320 кг.
