Возведен собор на месте сгоревшей деревянной соборной церкви. Строительство каменного собора начато в 1731 году, освещены теплые церкви в 1750 году. Последним построен южный Ильинский придел в 1808 году. В конце XVIII-XIX веков появились западные пристройки — палатки. После ликвидации монастыря в 1930 годах в соборе долгое время размещался склад. Спасский собор Спасо-Преображенского мужского монастыря в Енисейске — типичное произведение культовой архитектуры Сибири середины XVIII века, сохраняющее архаичные черты русского зодчества XVII века и формы «уральского барокко», своеобразно освоенные местными мастерами. Это одно из ранних сооружений времени становления енисейской школы.
Собор размещается в центре восточной передней половины монастырской территории, является главным сооружением и композиционным центром ансамбля. Монастырский ансамбль состоит из: Спасского собора, надвратной церкви, корпуса келий, ограды. Спасский Собор продольной трехчастной структуры храм с глубокой полукруглой абсидой, широтно скомпонованной трапезной и трехярусной колокольней, размещенных на одной оси.
Трапезную фланкируют два повышенных придела. Нарушающий осевую симметрию крайний южный придел т западные палатки построены позже. Храм — «восьмерик на четверике» перекрыт восьмилотковым куполом с высоким световым барабаном, одноглавый. Диагональные стены восьмерика опираются на тромпы. Двухсветные приделы перекрыты сомкнутыми сводами.
Двухстолпная трапезная перекрыта коробовыми сводами. Центральная часть собора отличается несколько грубоватыми, разнообразных форм, крупными деталями. Боковые приделы декорированы значительно скромнее. Восьмерик и главная алтарная абсида завершены профилированными карнизами на крупных кубических консолях, очень характерных для уральской и сибирской школы. Такой же карниз — под ярусом звона колокольни. Четверик храма завершается арктурным поясом и карнизом. Ребра колокольни и восьмерика подчеркнуты узкими переломленными пилястрами.
Широкие лотки с ритмичным членением: глубокими горизонтальными рядами оформляют часть главных объемов. Световой барабан храма оформлен по ребрам полуколоннами, а глухой барабан колокольни — узкими волютами. Завершает колокольню высокий шпиль. Арочные окна храма и алтаря обрамлены мелкопрофилированными разнообразными завитками и фронтончиками на тонких полуколоннах. Над окнами восьмерика — наличники с встречными завитками.
Прямоугольные окна приделов обрамляют простые ленточные наличники. Несколько перегружен декором западный портал: полуколонны, капители которых, волюты и фриз украшены мелкими треугольниками, зубчиками, как и элементы наличников храма. Уступы перспективных арок оформлены разнообразными наборами из балясин и бусин. Интерьер собора строг и несколько суров. Эффектен значительный контраст пространства холодного храма и довольно низких теплых приделов.
Своды укреплены стальными растяжками. Большая часть поверхностей стен и сводов обнажена до кирпича, но в алтаре и на своде восьмерика сохранилась часть поздних, начала XX века росписей маслом. Фундамент бутовый. Стены и своды кирпичные. Кирпич различных типоразмеров, в сводах и стенах колокольни, где размещена лестница встречаются кирпичи до 32 х 17 х 9 см. Длина собора по центральной оси 37 м. Высота храма до барабана 16 м, колокольни до шпиля 24 м. Площадь 750 м2, объем 4400 м3.
В интерьерах здания, за исключением фрагментов масляной живописи в алтаре холодного храма, элементов прежнего убранства не сохранилось.
Памятник не перестраивался. После пожара 1869 года произведены ремонтные работы по восстановлению лавок и крыш.
В 1976-1978 годы институтом «Спецпроектреставрация» в г.Москва выполнен проект реставрации. В настоящее время ведутся реставрационные работы.
Главное сооружение ансамбля Спасо-Преображенского монастыря, размещается в его центре. Благодаря хорошей сохранности и размещению на высокой точке рельефа собор сохраняет роль основной центральной доминанты городской панорамы города Енисейска. Одно из первых каменных сооружений Восточной Сибири, главное здание единственного сохранившегося в Красноярском крае монастырского комплекса. Сибирская ветвь русского барокко. Памятник архитектуры XVIII века.
