13 марта 1719 года церковь во имя Преображения Господня была освящена архимандритом Кирилло-Белозерского монастыря Иринархом. Все монастырские строения и сам собор в это время были деревянными. В обители часто случались пожары, уничтожавшие монашеские кельи и хозяйственные постройки. 3 апреля 1754 года, после литургии в Пасхальную ночь, в монастыре в очередной раз начался пожар. Огнем были уничтожены церковь и колокольня. Собор был вновь отстроен к 1756 году благодаря богатым вкладам, сделанным Императрицей Елизаветой Петровной. Храм имел пять престолов. Основной – в честь Преображения Господня, и четыре в приделах: апостолов Петра и Павла, апостола Андрея Первозванного, праведных Захария и Елизаветы, апостола и евангелиста Иоанна Богослова. В то время постройки обители представляли весьма печальную картину. «Местоположение монастыря красиво и, можно сказать величественно, – писал академик Николай Озерецковский, посетивший обитель в 1787 году, – но монастырское строение ни мало ему не соответствует. Оно состоит из деревянной ограды, в которой церковь с колокольнею и монашеские хижинки также деревянныя, нынешние пустынники заслуживают иметь лучшую обитель».
Для возобновления монашеской жизни в обители митрополит Новгородский и Санкт-Петербургский Гавриил Петров вызвал из Саровской пустыни известного своей подвижнической жизнью иеромонаха Назария Кондратьева. Указом Консистории от 7 марта 1782 года отца Назария назначают строителем Валаамского монастыря с возведением в сан игумена. Трудами и попечением игумена Назария обитель Валаамская возродилась из запустения. Игумен Назарий составил план и проект каменных монастырских строений: Спасо-Преображенского собора и корпусов внутреннего каре. План был утвержден митрополитом Гавриилом 10 февраля 1785 года и в течение восьми лет, с помощью благотворителей, все монастырские постройки были возведены. Определенное в нем расположение частей монастырского комплекса сохранилось до сих пор: на восточной стороне возвышался каменный двухэтажный собор, по обеим сторонам которого, над кровлей келейных корпусов, появились главы Успенской и Никольской церквей. Собор возводился вновь пятиглавым, с куполами в форме луковиц. Несмотря на то что колокольня теперь вплотную примыкала к собору, в основных ее формах проявились черты прежнего деревянного здания: средняя часть звонницы представляла собой восьмерик, поставленный на четверике, много общего сохранилось в абрисе кровли – это создавало впечатление строгости и монументальности устремленного ввысь силуэта.
Двухэтажный в плане Спасо-Преображенский собор представлял собой вытянутый прямоугольник, разделенный шестью столбами на три нефа, но в нижнем этаже боковые части храма были заняты подсобными помещениями. Таким образом, пространство в нижней церкви имело очертания греческого креста с полукруглой алтарной апсидой на востоке. Нижняя церковь собора, во имя преподобных Сергия и Германа Валаамских, была освящена в 1789 году, верхняя, в честь Преображения Господня, – в 1794-м году. Впервые на Валааме появился храм с посвящением в честь основателей монастыря, преподобных Сергия и Германа, церковная служба которым была официально утверждена Святейшим Синодом только в 1819 году. Есть основание считать, что одной из причин этого посвящения стал чудесный случай, произошедший до начала строительства храма с помощником игумена Назария, казначеем отцом Иннокентием. Ему приснился сон: он увидел множество людей, ожидавших прибытия митрополита Гавриила для начала закладки фундамента собора. Преосвященный владыка явился в мантии с архиерейским жезлом в руках. Его сопровождали два светолепных схимника. Приблизившись к месту, где пребывали мощи преподобных Сергия и Германа, они остановились, осенили крестным знамением могилу и все пространство, предназначенное под строение, и стали невидимы. Отец Иннокентий рассказал игумену Назарию о своем видении. Мудрый старец увидел в этом благоволение Валаамских чудотворцев к возобновлению древней обители, а в сновидении познал преемника и деятельного продолжателя своего великого подвига.
Возведение каменного собора стало венцом деятельности игумена Назария. Он принял монастырь в крайнем запустении — не хватало даже священников для совершения службы. За время его правления монастырь возрос и духовно, и материально. В своих наставлениях братии отец Назарий писал: «Храм Божий никогда не может быть пуст. В нем находятся блюститель Престола Господь и Ангелы. А далее, если прихожане ваши не пришли к Богослужению, отправляемому вами, то он всегда наполнен будет Ангелами, хранителями душ их. Ибо при всяком славословии Божием, по пламенеющей любви к Господу своему, Ангелы Божии первые бывают и сослужители, и сославители. Они наполнили бы церковь святую в ваше служение». Дело игумена Назария по благоукрашению обители и Спасо-Преображенского собора продолжил его преемник – иеромонах Иннокентий. Так, в 1809-1810 годах над мощами основателей монастыря преподобных Сергия и Германа, в нижней церкви собора была установлена рака, «расписанная живописной работой».
Контракт на выполнение этой работы, а также на роспись алтаря и стен соборной церкви был заключен монастырем с живописцем Алексеем Козьминым в 1808 году, а несколько ранее, в 1805-м году, в соборе установлен деревянный резной пятиярусный иконостас, изготовленный и вызолоченный мастером Иваном Сиверсом. В 1823 году деревянная рака на средства «доброхотных дателей» была заменена на серебряную.
Сохранились немногочисленные воспоминания паломников о старом, назарьевском соборе. В 1828 году монастырь посетил создатель карело-финского эпоса «Калевала» Элиас Леннорт. Особое впечатление произвел на него Спасо-Преображенский собор со звонницей: «Войдя в церковь, я был немало удивлен предстоящим вдруг передо мной великолепием. Стены сплошь покрыты картинами в позолоченных и посеребренных рамах. Позолочены и посеребрены были колонны и сводчатый потолок. То тут, то там поблескивали драгоценные камни, вправленные в серебро и золото окладов. Куда ни бросишь взгляд, везде лишь золото, серебро и упомянутые картины, на которых изображены сцены из Ветхого и Нового Завета, а также лики святых и прочее. Особенно много картин из жизни основателей монастыря преподобных Сергия и Германа, которые обрели спасение на Валааме. На одной изображено, как они плывут по волнам на каменной плите, на других – как они основывают монастырь, либо ведут службу и благословляют молящихся».
Наибольшего расцвета монастырь достиг в XIX веке. Именно в это время, особенно при игумене Дамаскине, проводились основные строительные работы. На Валааме существовало полтора десятка скитов и множество пустынек, устроенных в разных частях острова. В обители действовали небольшие заводы – смоляной, кирпичный, свечной и кожевенный, несколько мастерских, была своя ферма, насельники занимались рыбоводством и сельским хозяйством. Валаамский монастырь своей строгой монашеской жизнью и благодатными старцами был известен по всей России. С открытием регулярного пароходного сообщения с Петербургом в летнее время значительно возросло количество паломников. При стечении большого числа богомольцев, приезжавших сюда на праздник преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, помещения нижнего и верхнего храмов собора XVIII века уже не могли вмещать всех желающих.
Идея строительства нового большого собора принадлежит святителю Игнатию Брянчанинову. Будучи в 1840-е годы настоятелем Троице-Сергиевой пустыни под Петербургом и благочинным монастырей Санкт-Петербургской епархии, архимандрит Игнатий при посещении монастыря в 1846 году высказал пожелание, что «вместо такого числа храмов гораздо было бы лучше, если б одно обширное здание вмещало в себе теплую и холодную церкви».
Замечание благочинного не осталось без внимания. При игумене Дамаскине начинается заготовка кирпича, извести и прочего строительного материала для нового храма. Он поручает архитектору А.М. Горностаеву подготовить план реконструкции нижнего храма во имя преподобных Сергия и Германа, которая была выполнена в 1858 году. Возможно, в дальнейшем игумен предполагал поручить архитектору А.М. Горностаеву также и проект нового соборного храма, но в 1862 году талантливый зодчий неожиданно умер, и воплощение идеи полной перестройки собора отодвинулось еще на много лет.
Первый детально разработанный проект был подготовлен профессором архитектуры М.А. Щуруповым в 1874 году. Здание задумывалось грандиозным по объему – новый собор должен был превышать старый более чем вдвое. Но осуществить заветное желание игумена Дамаскина смог только его ученик и преемник игумен Ионафан II. Он отказался от разработанного Щуруповым проекта и заказал новый неизвестному ранее зодчему А.Я. Силину. В 1885 году он разработал проект Спасо-Преображенского собора, подписанный также епархиальным архитектором Г.И. Карповым, который был утвержден техническо-строительным комитетом Духовной консистории в 1886 году. В течение двух месяцев старый собор был разобран, на этих работах трудилась вся братия монастыря во главе с игуменом Ионафаном.
Освящение закладного камня нового соборного храма на Валааме состоялась 30 июня 1887 года. На торжества прибыл президент Императорской Академии Художеств, великий князь Владимир Александрович с супругой – великой княгиней Марией Павловной. По окончании Божественной литургии в Успенской церкви, куда временно была перенесена рака преподобных Сергия и Германа, августейшие гости Валаамской обители направились к месту закладки собора. В монастырской хронике посещений монастыря лицами Императорской фамилии так описывается этот торжественный момент: «Из церкви шествие направилось к месту закладки храма, к которой приступили по совершении молебствия. Настоятель положил в приготовленное в камне место святые мощи, а их высочества вылили освященный елей и положили монеты того года; иеродиакон прочитал надпись на металлической доске о времени закладки, совершенной в присутствии их высочеств. Первый кирпич положен был великим князем».
Строительство храма, однако, шло не совсем гладко: некоторые изгнанные из монастыря послушники стали распространять в Петербурге слухи об ошибках, допущенных в работе. В Святейший Синод был направлен письменный донос о беспорядках при постройке нового собора на Валааме и о хищении крупной суммы денег, собранных для его строительства. Для расследования обстоятельств дела в монастырь была прислана комиссия во главе с ректором Петербургской Духовной Академии епископом Выборгским Антонием Вадковским. По возвращении в Петербург Преосвященный владыка рапортовал митрополиту Новгородскому и Санкт-Петербургскому Исидору о полном несоответствии действительности слухов, подчеркнув при этом, что строительные работы на Валааме могли бы быть образцом для соответствующих работ в Петербурге. Прерванные на время работы по строительству собора успешно продолжались под наблюдением архитекторов Г.И. Карпова и начинающего зодчего Н.Д. Прокофьева. Студент архитектурного класса Академии Художеств Н.Д. Прокофьев внес значительные коррективы в первоначальный проект – заново выполнил расчеты сводов и куполов и самостоятельно произвел внутреннюю отделку храма: нижнего – в византийском стиле, с одноярусным иконостасом, верхнего – в русском стиле, с пятиярусным – в центре, и двумя трехъярусными иконостасами в боковых приделах.
При возведении Спасо-Преображенского собора каждый из трех зодчих внес нечто свое в его архитектурное решение: прямоугольный в плане, разделенный на 3 нефа восемью несущими столбами, с полукруглой апсидой на востоке и четырехугольным притвором на западе, с трехъярусной восьмигранной колокольней над ним, двухэтажный Спасо-Преображенский собор приобретает особую нарядность благодаря тому, что фасады его решены по принципу противопоставления оштукатуренной верхней части и открытой кирпичной кладки в четверике и притворе.
Колокольня собора, возведенная над притвором, завершается стройным шатром с главкой на барабане и золоченым шаром с крестом. Вход в собор оформлен крестовым кирпичным сводом, опирающимся на две колонны сложного профиля и две полуколонны из красного полированного гранита. Контрастные по цвету нижние объемы храма завершаются сияющими белизной барабанами и небесно-голубым колером куполов с золотыми крестами. Образ храма, названного во имя Преображения Господня, поставленного на самой высокой точке острова, символизировал собой преображение страстной человеческой природы при постепенном восхождении к Богу.
На возведении Спасо-Преображенского собора трудились не только вольнонаемные рабочие, но и вся монастырская братия. В течение трех лет, каждый день после трудового дня, они на своих плечах носили кирпичи на леса для строителей, а старцы и схимники в то время вычитывали монашеское правило за братию. Строительство собора закончил преемник игумена Ионафана II игумен Гавриил Гаврилов. При нем в течение 1891-1893 годов была завершена отделка интерьеров нижней церкви. 26 июня 1892 года Преосвященным Антонием, епископом Выборгским, первым викарием Санкт-Петербургской епархии в присутствии великого князя Владимира Александровича, супруги его, великой княгини Марии Павловны и их детей — Бориса и Андрея, был освящен главный престол нижней церкви собора в честь преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев; через год – 14 июня 1893 года освящен боковой придел нижней церкви во имя Благовещения Пресвятой Богородицы.
«Вся нижняя церковь украшена стенною живописью. На потолке, где спускается паникадило, изображены четыре Евангелиста, включенные в красивые рамки. На колоннах помещены картины из земной жизни Спасителя и Богородицы, в узких местах колонн – лики преподобных, на сводах же соединения сих последних написаны херувимы. Потолок этой церкви выкрашен в синий небесный цвет, где раскиданы звезды. Фон стен и колонн желтый, приятного колорита. Над окнами тоже изображены херувимы. Иконостас резной, золоченный по светло-синему и розовому фону; иконы в нем древние, находившиеся в прежнем соборе, все в массивных серебряных ризах. Алтарь очень обширен и светел. Главный престол – бронзовый посеребренный, красивой отделки с барельефами страдальческой жизни Богочеловека. По правую сторону главного алтаря пристроен придел Благовещения Богоматери, где и совершается ранняя литургия, после которой бывает ежедневно молебствие у раки преподобных Сергия и Германа. В алтаре и на солее – пол паркетный, в самой же церкви и паперти из путиловской плиты шашками. Церковь отапливается шестью железными печами. Слева, у церковных дверей входа – ведет витая чугунная лестница на хоры», – таким запомнился паломникам, посещавшим Валаамский монастырь, нижний храм.
Но гордостью Валаама по праву считалась верхняя церковь, освященная во имя Преображения Господня 19 июня 1896 года архиепископом Выборгским Антонием Вадковским в присутствии членов Императорской семьи – великого князя Владимира Александровича с супругой – великой княгиней Марией Павловной, великого князя Кирилла Владимировича с великой княгиней Марией Александровной, герцогиней Саксен-Кобург-Готской. Паломники поднимались в храм по двум каменным лестницам, соединяющимся затем в одну. На стенах лестницы они видели изображение чинного шествия всех святых, в земле Российской просиявших, начиная с X века. С правой стороны оно завершалось изображением Спасителя, с левой – образом Пресвятой Богородицы, смиренно склонившей голову. Выше, на стенах колокольни, располагались сюжеты из Ветхозаветной истории. Пройдя через тамбур с резными деревянными дверями, паломники попадали в просторный, залитый светом четверик храма, с возносящимся над ним огромным куполом. Вокруг барабана купола был выстроен балкончик с коваными чугунными перилами. На перилах балкончика в большие праздники выставлялись высокие свечи, огни от которых трепетали на позолоченной поверхности купола. Весь храм – стены четверика и алтаря, столбы и своды – заполняла яркая, светоносная живопись на сюжеты из евангельской истории. Богомольцев поражали также и мастерски выполненные золоченые резные киоты и четырехъярусный, резной, золоченый по белому фону иконостас. Иконы в иконостасе полностью были выполнены трудами валаамских иноков во главе с иеромонахом Алипием Константиновым. Тыльная сторона иконостаса была выкрашена под желтый мрамор, проемы затянуты холстом и расписаны иконной живописью. В алтаре находился серебряный престол с позолотой и рельефными изображениями крестных страданий и смерти Спасителя, украшенный драгоценными камнями и огражденный с четырех сторон толстыми зеркальными стеклами.
Храм освещался пятью паникадилами: центральное в куполе – трехъярусное, бронзовое с золочением, в стиле XVII века, и четыре небольших паникадила – в глухих куполах. Возле клиросов находились два резных золоченых киота. В правом – живописное Распятие Господне, в левом – Казанская икона Божией Матери, внизу под ней – рака с 122 частицами святых мощей. Возле второй центральной колонны с правой стороны стояло игуменское кресло, украшенное резьбой. Полы храма были выложены гранитом и кафелем.
Отделка Спаса-Преображенского собора была завершена накануне XX века. Вскоре начались драматические события в жизни обители. С 1811 года по 1917 год Валаамский архипелаг входил в состав Финляндского княжества Российской империи. После октябрьской революции и вплоть до 1940 года Валаам территориально принадлежал Финляндии, но мирная монашеская жизнь здесь продолжалась. В 1922-м и 1934-м годах в соборе был проведен косметический ремонт – часть росписей была подновлена масляными красками, на отдельных композициях золоченый фон перекрыт бронзой. На колокольне собора были осуществлены штукатурные работы и ремонт кровли. Монастырь, особенно в 1930-х годах, посещали многочисленные группы туристов из Эстонии и Финляндии.
В декабре 1939 года началась советско-финская война. Первый советский самолет сбросил бомбы на Валаам 8 декабря 1939 года. Бомбили позиции укрепрайона, но сами здания монастыря не пострадали. В январе советская авиация перенесла удары с позиций укрепрайона на монастырь. Каждый раз, когда дозор на колокольне ударом в колокол сообщал о приближении самолетов, братия укрывались в соборе, служившим бомбоубежищем. Летчики неизменно метили в колокольню Спасо-Преображенского собора, откуда велась корректировка стрельбы финских зениток по самолетам. Но несмотря на ожесточенные бомбардировки, собор оставался невредим. «Наибольшему разрушению монастырь подвергся во время бомбардировок 2 и 4 февраля. К вечеру 4 февраля, когда бомбардировка завершилась, монастырь был объят огнем, – пишет в своих воспоминаниях архиепископ Финляндский Павел Гусев. – Охваченный огнем верхний этаж помещения ризницы соединялся сводчатой галереей с собором. Думали уже, что придется ее взорвать. Этого все же не успели сделать, а огонь не перебросился на галерею, и таким образом не угрожал непосредственно собору. Во время бомбардировки несколько зажигательных бомб попало в собор, но пожар удалось предотвратить. Упавшая всего в нескольких метрах от главного входа в собор бомба не взорвалась. Ее попадание в цель имело бы роковые последствия».
Пройдет пятьдесят лет. Прогулочный теплоход доставит на Валаам очередную группу российских туристов, среди которых окажутся ветераны авиационного полка, сражавшегося с финнами в небе над Валаамом. Музейный экскурсовод узнает от ветеранов, что зимой 1940 года участникам операции по уничтожению колокольни сильно «перепало» от начальства, и на следующие боевые задания их напутствовали словами: «Чтобы не получилось так, как с валаамским собором!»
Война завершилась 12 марта 1940 года подписанием мирного договора, по которому Советскому Союзу отходила вся территория Карельского перешейка, северная Ладога и соответственно Валаамский архипелаг. В марте 1940 года в очень короткий срок по уже тающему льду Ладожского озера на машинах и лошадях удалось эвакуировать в глубь территории Финляндии монастырскую ризницу, библиотеку, архив. В Спасо-Преображенском соборе разобрали и затем вывезли серебряную раку над мощами преподобных Сергия и Германа, серебропозлащенный престол верхнего храма, чудотворные иконы в ризах, церковную утварь. Из 50 икон резного четырехъярусного иконостаса в Ново-Валаамском монастыре в Финляндии сохранились 29 икон, две иконы чудом сохранились на Валааме до наших дней.
В 1940 году народный комиссар Военно-Морского флота СССР адмирал Н.Г. Кузнецов подписал приказ о создании единой школы боцманов ВМФ на базе двух существующих с дислокацией на острове Валаам. В августе на остров прибыли первые курсанты. Школа разместилась в монастырской гостинице, а кельи и гостиничные номера сразу же были переоборудованы под учебные классы, жилые кубрики и служебные помещения. В нижнем храме Спасо-Преображенского собора устроили клуб. Разобрали иконостас, сценой был алтарь. Лики угодников Божиих на стенах храма замазали синей краской. Мишенями для стрельбы служили иконы, которые братия не смогли эвакуировать. С началом войны 1941 года рота юнг и курсантов-боцманов вошли в состав четвертой морской бригады под командованием генерал-майора Б.П. Ненашева. Части морской бригады, в которую входила рота юнг, была дислоцирована на Невский плацдарм.
Несколько раз в течение 1941-1944 годов валаамские иноки посещали свою родную обитель. 22 октября 1941 года оставшийся на соборной колокольне «Воскресный» колокол 12 ударами возвестил о возвращении в монастырь нескольких валаамских иноков. В своих воспоминаниях о поездке на освобожденный Валаам игумен Харитон Дунаев позже записал: «Утро. 22 октября 1941 года. Первым долгом мы пришли в собор, отслужили молебен Преподобным и Божией Матери. Иконостас удален, и стенная живопись закрашена масляной краской. Начиная с солеи, во всем алтаре сделан помост для представления. На месте иконостаса стоят позолоченные арки из колонн, принесенных из церкви святых Апостолов Петра и Павла.
При входе в собор – надпись: “Клуб базы”. Все стекла в храме выбиты. Поднимаемся в верхний храм по лестнице, на стенах которой картины, изображающие Святых с предстоящими Спасителем и Божией Матерью. Лик последней изрезан ножом, также проколоты и лики некоторых святых. В верхнем соборном храме заметных кощунств не видно, исключая выбитых стекол. Иконостасы, как в монастырских, так и в скитских храмах многие повреждены, другие поломаны и уничтожены; часть образов кощунственно испорчена, а также и картины.
В первом ярусе колокольни висит Андреевский колокол, третья часть его отбита и отсутствует, а язык сброшен на землю. Во втором ярусе висит воскресный колокол; все прочие колокола увезены большевиками».
В 1943 году, после посещения Валаамского монастыря, которое окажется последним, игумен Харитон оставил в своем дневнике запись: «Грустно и больно видеть разрушения войны и сознательно-кощунственное надругательство над святынями, однако целость святости и чистоты обители осталась неприкосновенной. Дух чистоты и святости не побеждается ничем, лишь человек сам сквернит свою душу и томит дух безобразием греха, проявляемого в действительности, следы которого мы встречали после ухода с Валаама неприятеля». Валаамские иноки надеялись снова вернуться в ставшую для них родной обитель, но Бог судил иначе.
В середине сентября 1944 годы между Советским Союзом и правительством Финляндии было подписано мирное соглашение, по которому вся территория Карелии отходила Советскому Союзу до границы 1940 года. Осенью 1944 года на опустевший Валаам прибыли несколько девушек – бойцов тылового подразделения для обеспечения фронта продуктами. Они ухаживали за коровами, отправляли на материк готовые молочные продукты, позже, в 1949 году, на острове был организован совхоз, а с 1952 года по 1984 год – дом-интернат для инвалидов войны и престарелых. Началось разрушение Валаамского монастыря. Нижняя церковь Спасо-Преображенского собора была превращена в овощехранилище. В 1970-х годах свою лепту в разрушение святынь обители внесли туристы, отдыхавшие на турбазе в районе Воскресенского скита, оставив многочисленные «граффити» на стенах и живописи собора.
В 1971 году Спасо-Преображенский собор был включен в список памятников культуры и истории и взят под охрану государства. Но к этому времени храм уже значительно пострадал: протекающая кровля, отсутствие стекол в оконных рамах, нарушенные инженерные системы и промерзание стен в зимнее время привели к тому, что начала разрушаться не только живопись, но также штукатурный слой и даже кирпичная кладка.
В 1979 году образован Валаамский музей-заповедник и начаты первые исследовательские и общестроительные работы. В Спасо-Преображенском соборе были вставлены стекла, но кровля по-прежнему протекала и в зимнее время происходило промерзание стен. В результате процесс разрушения живописи значительно усугубился и приобрел лавинообразный характер: со стен и сводов стали опадать не только отдельные чешуйки красочного слоя, но целые фрагменты композиций вместе со штукатуркой, обнажая разрушающуюся кирпичную кладку и прогнившие деревянные балки под хорами. Аварийная консервация настенных росписей в Спасо-Преображенском соборе была начата только в 1985 году Ленинградским филиалом объединения «Росреставрация». В 1985 – 1987 годах проводились в основном пробные работы по определению методики реставрации живописи, затем до 1991 года выполнена консервация на общей площади до 2000 м2. Это стало началом восстановительных работ в храме, но недалеко уже было время, когда вернется сюда и молитвенная жизнь.
14 декабря 1989 года первые шесть иноков прибыли на остров для возрождения монашеской жизни. В начале 1990-х годов Русской Православной Церкви были возвращены Спасо-Преображенский собор, келейные корпуса, скиты и хозяйственные постройки монастыря. В нижнем храме вновь стали совершаться богослужения. 25 мая 1990 года Валаамский монастырь посетил митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий Ридигер. Высокопреосвященнейший Владыка совершил освящение нижнего храма Спасо-Преображенского собора в честь преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев. 11 июля 1996 года, во время очередного посещения Валаамской обители, Святейший Патриарх Алексий II освятил новую бронзовую раку над мощами преподобных Сергия и Германа, украшенную художественным литьем, а также новый иконостас нижнего храма.
11 июля 2000 года, в праздник основателей Валаамской обители, в монастыре произошло историческое событие. В верхнем храме Спасо-Преображенского собора Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II был отслужен молебен на начало восстановления былого великолепия верхнего храма. По окончании ремонтно-реставрационных работ на фасадах собора в 2001 году были разобраны деревянные леса, простоявшие с 1981 года. Спасо-Преображенский собор предстал в своей первозданной красе. При реставрации кирпичной кладки стен и столбов верхнего храма применялся специально изготовленный по заказу Валаамского монастыря большемерный кирпич, аналогичный старым образцам старого валаамского кирпича. Гранитной брусчаткой был вымощен двор внутреннего каре, озеленена и благоукрашена территория, прилегающая к собору.
Совершая паломничество на Валаам, 11 июля 2002 года, в день памяти преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II особо отметил успешное завершение работ по возрождению внешнего облика Спасо-Преображенского собора и выразил надежду на то, что внутреннее убранство этого храма также будет воссоздано в прежнем виде: «Будем надеяться, что и изнутри собор приобретет былое благолепие, столь поражавшее паломников, посещавших его после реставрации 1938-1939 годов».
Для возрождения уникального историко-культурного комплекса Валаамской обители и ее главной жемчужины – Спасо-Преображенского собора, в 2002 году был образован Патриарший Попечительский Совет по восстановлению Спасо-Преображенского Валаамского монастыря. Совет объединил усилия многих видных российских политиков и предпринимателей, которые, понимая историческую и духовную значимость Северного Афона, деятельно содействуют восстановлению и реставрации храмов, скитов и святынь Валаама, участвуют в реализации социальных и благотворительных программ.
Государством и членами Попечительского Совета были выделены значительные средства на проведение огромных по своим масштабам ремонтно-реставрационных работ в верхнем храме Спасо-Преображенского собора. По сохранившимся фрагментам и архивным фотографиям предстояло восстановить утраченную золоченную резьбу, восстановить Царские врата, установить главки с крестами, венчающими последний ярус иконостаса, восстановить паркетный пол в алтаре и на хорах, воссоздать иконы для иконостаса. По сохранившимся иконам и архивным фотоматериалам были точно воспроизведены иконы для иконостаса. Предстояло восстановить и убранство интерьеров собора — два резных киота для иконы Божией Матери и Спасителя; центральное паникадило, 4 малых паникадила, подсвечники, кандила, престол, жертвенник, хоругви.
Особую же сложность представляло воссоздание живописи верхнего храма. Первоначально нужно было провести восстановительные работы по реставрации штукатурного слоя под живопись на площади около 2500 кв.м. Трудность воссоздания живописных работ заключалась в том, что во многих частях храма из-за протечек кровли было утрачено около 50 % росписей, а сохранившиеся росписи требовали тщательной реставрации. Была проделана большая работа по сбору архивного фотоматериала для восстановления полностью утраченных композиций. По сохранившимся на Новом Валааме картонам и архивным фотографиям росписи храма Христа Спасителя реставраторами были полностью восстановлены композиции «Сретение Господне», «Успение Пресвятой Богородицы», изображения святителей и патриархов и живописные орнаменты на колоннах.
Освящение главной святыни монастыря было совершено Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II 19 августа 2005 года, в день Преображения Господня – престольный праздник обители.