Первые три столетия собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы, как и все другие строения монастыря, был деревянным. Каменное здание Рождественского собора, самое раннее сооружение в архитектурном ансамбле обители, было построено в конце XVII в. По традиции собор воздвигнут на месте древнего деревянного. Собор был возведен митрополитом Ростовским Ионой, который в бытность свою Ростовским архиереем, построил не только знаменитый Архиерейский дом, ныне называемый Ростовским кремлем, но и заменил деревянные соборы ростовских монастырей каменными. Рождественский собор , один из наиболее стройных и живописных храмов Ростова. Основное здание в плане представляет собой четверик, увенчанный главой луковичной формы. С северной стороны к четверику примыкает придельный храм с одной главой. Он ниже основного здания и меньших размеров. От западной стены собора идет горизонтально вытянутое здание трапезы. Особую пространственную пластичность всему комплексу придают разные уровни крыш самого храма, придела, апсид и трапезы. Стены основного здания храма завершаются декоративной аркатурой с килевидной закомарой. Ряд килевидных кокошников украшает барабаны глав четверика и придела. Высокие дымники над алтарем придела и трапезы естественно входят в общий живописный образ Рождественского собора. Сегодня купола собора и его придела покрыты белой жестью. Глава собора украшена в виде чешуи благодаря особому креплению листов железа, а также звездами, покрашенными охрой. Тонкие цветовые соотношения белых стен собора, светлых жестяных крыш, охры крестов, звезд и подзоров внизу куполов, флюгеров на дымниках придают дополнительные оттенки убранству храма. В середине XIX века купол собора был покрашен медянкой, ярким зеленым цветом, купол придела был покрыт белой жестью. В конце XIX века купола перекрасили в синий цвет, после реставрации 1960-х годов главный купол собора украсили золотыми звёздами. В XIX веке в соборе Рождества Пресвятой Богородицы было четыре престола. Два на первом этаже и два на втором. Главный престол находился на втором этаже храма. С северной стороны к главному храму примыкал придел во имя Живоначальной Троицы. Со времени построения храма этот придел был освящен во имя мучеников Космы и Дамиана. Уже в середине XVIII века Космо-Дамиановский придел пришел в запустение. Монахиня Надежда, в миру Наталия, дочь стольника Ивана Андреевича Дашкова, при своей кончине завещала 1012 рубля на возобновление придела Космы и Дамиана с условием переосвящения его во имя Живоначальной Троицы. Завещание монахини Надежды с благословения Преосвященного Афанасия было исполнено. Троицкий придел освятили в 1772 году. Иконостас в Троицком приделе был столярной работы, золоченый. У западной стены Рождественской храма и Троицкого придела располагалась трапезная, своды которой поддерживались одним большим круглым столпом. Главный храм был расписан в технике фрески, а Троицкий придел, трапезная и паперти украшены живописными панно, выполненными масляными красками. К росписи Рождественского собора приступили в 1715 года В храме Рождества Пресвятой Богородицы алтарь отделен от помещения церкви каменной преградой, как в храмах Ростовского архиерейского дома и в храме Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы в Спасо-Иаковлевском монастыре. Резьба иконостаса, устроенного в 1825 году, позолочена, а гладкие места покрыты краской бирюзового цвета. По левую сторону Царских врат была поставлена чудотворная Тихвинская икона Пресвятой Богородицы. Иконы для нового иконостаса написал в 1825 году масляной живописью крестьянин из этого же села Илья Егорович Сокуров. Позолота иконостаса выполнена московским золотарем Павлом Савельевичем Волковым. В конце XIX века в Рождественском храме был сделан деревянный потолок, который был расписан в 1883 году. В стене, разделяющей Рождественский храм и Троицкий придел, была дверь, ведущая на своды Троицкого храма, где в конце XIX века хранился архив монастыря. Из трапезы был вход в монастырскую ризницу. На первом этаже Рождественского собора в XIX веке было два престола, во имя преподобного Алексия, человека Божия, и святителя Димитрия Ростовского. Планировка храма, придела и трапезы на первом этаже такая же, как и на втором. Храм во имя преподобного Алексия, человека Божия, был теплым и впервые назван в монастырских документах в 1743 году. Очевидно, теплым храмом прежде был Космо-Дамиановский придел, который запустел после обустройства Алексиевского придела. Первоначально Алексиевский храм был небольшим. В 1743 году по просьбе и на средства девицы Анисьи Чекиной, проживавшей в монастыре, по благословению святителя Арсения Мацеевича, митрополита Ростовского, площадь храма была увеличена в соответствии с планом Рождественского храма на втором этаже здания. Освящение перестроенного храма состоялось в 1744 году. Алексиевский храм имел резной, деревянный, покрытый позолотой иконостас, выполненный в 1809 году. Придел во имя святителя Димитрия находится с северной стороны от Алексиевского храма. Придел был устроен в 1794 году, в 1849 году в нем провели большие ремонтные работы, после чего придел вновь освятили. Трапеза на первом этаже аналогична трапезе второго этажа. Расположена с западной стороны храма, в центре четырехугольный столб. На первом этаже перед трапезой находилась кухня, где в обед и вечером трапезничали все проживавшие в обители. В 1810 году было построено крыльцо, ведущее в собор. Над папертью, примыкающей к трапезе, возвышалась двухъярусная колокольня. Она была построена в 1817 гожу в стиле классицизма. Верхний ярус обставлен по углам колоннами, над куполом расположен фонарь с небольшой главкой. Прежняя колокольня на этом месте была шатровая, очевидно, похожая на сохранившиеся до наших дней колокольни при Воскресенском и Иоанно-Богословском храмах Ростовского кремля, построенных во второй половине XVII века митрополитом Ионой. В начале XX века на колокольне Рождественского монастыря было шесть колоколов, 112 пудов, колокол был куплен вместо разбитого в 1795 году, 30 пудов, 15 пудов, 6 пудов, 2,5 пуда, 2 пуда. В 1889 году на средства купеческой вдовы Елизаветы Дмитриевны Мальгиной на колокольне были поставлены часы с боем каждую четверть часа. Циферблат часов был виден с северной, западной и восточной сторон. Каменный Рождественский собор был преемником прежних деревянных соборов, поэтому в нем находились древние иконы и церковная утварь. Уже в конце XVIII века в стенах Рождественского собора стали появляться трещины. Их заделали, но это не решило всех проблем. Со временем возникла необходимость укрепить стены собора. В 1798 году к стене были пристроены три мощных контрофорса. На протяжении всего XIX века появлялись все новые трещины в сводах и стенах собора. Это было связано, по всей вероятности, с деформацией грунта под основанием собора. В середине XIX века около соборного храма стояли восемь деревянных домов-келлий, в которых жили на своем иждивении послушницы из дворян. За собором, в юго-восточном углу монастыря, были расположены хозяйственные постройки, каретный сарай, конюшня, хлев для коров, погреб, амбар, баня.
