Главным сооружением ансамбля является Богоявленский собор, состоящий из “старой” и “новой” частей. В 1982 году в соборе произошел пожар, практически полностью уничтоживший сохранявшуюся в нем стенопись. В 1985-1991 годах здание реставрировано КСНРПМ. “Старый” собор — прекрасный образец монастырского строительства середины XVI века, созданный руками ростовских мастеров и отличающийся монументальностью и внушительностью своих форм. Это характерное для того времени крестовокупольное здание, четырехстолпное, пятиглавое и трехапсидное, поставленное на высокий подклет. Его крупный двусветный четверик, первоначально с позакомарным покрытием, венчают луковичные главы на больших цилиндрических световых барабанах. Мощь форм собора особенно наглядно ощущается с востока, где выступают могучие полукружия апсид, разделенные прямоугольными колонками. Широкие лопатки членят фасады собора на три прясла, видимые из-за пристроек лишь в своей верхней части и завершенные килевидными закомарами. Антаблемент, раскрепованный на лопатках, отделяет закомары от стен. В их средних пряслах, внутри пристроек с юга и севера, сохранились перспективные порталы с белокаменными деталями; прежние окна заложены или растесаны. Барабаны глав украшены аркатурой на колонках и поясом городков под карнизом. В интерьере собора мощные крестообразные столбы широко расставлены и поддерживают при помощи подпружных арок между ними и стенами коробовые своды рукавов креста. Паруса обеспечивают переход к барабанам над средней и угловыми ячейками с восемью окнами у среднего и четырьмя, у боковых, основные подпружные арки повышены по отношению к сводам. Полностью открытые в храм апсиды, в южной из которых помещался придел Успения, перекрыты коробовыми сводами с конхами. Внутристенная лестница в южной стене ведет на своды. В сводчатом подклете находилась усыпальница с надгробиями XVI-XVIII веков, в которой похоронены бояре Салтыковы, князь И. Хованский с семейством, боярин А. Кафтырев, игумены Исайя и Герасим и др.
До пожара 1982 года в интерьере собора сохранялись росписи, выполненные в 1667-1672 годах “радением и старанием игумена Герасима”. Это было одно из ранних произведений костромских иконописцев под руководством Гурия Никитина. В 1865 году росписи были полностью переписаны палехскими художниками артели Сафонова с использованием старой графьи. Стенописи собора до пожара были исследованы В.Г. Брюсовой, их иконографический состав подробно описан ею в монографии “Гурий Никитин”, в которой автор выдвигает предположение о том, что роспись верхних частей собора выполнена в XVI веке. Однако полная идентичность штукатурного основания “верхов” и стен четверика, установленная в результате химического анализа, проведенного в процессе реставрации здания, не подтверждает справедливость этого предположения. После пожара в четверике оставались отдельные фрагменты штукатурного основания, просматривалась графья, но красочный слой выгорел и был смыт напором воды. В ходе реставрации собора на местах утрат была подведена новая штукатурка и весь интерьер побелен. В подклете собора, где находилась усыпальница, несмотря на проникавшую воду частично сохранились росписи 1672 года.
