К концу XIX века городу стало мало двух приходских храмов. В августе 1891 года Преосвященный Юстин, обозревая свою епархию, заехал в Курган и после бесед с прихожанами и благочинным записал в своих путевых записках: «Курганцы изъявили мне желание выстроить кладбищенскую церковь, чтобы к ней приписать деревни, ныне причисленные к Собору и Троицкой церкви, которая в настоящее время капитально ремонтируется».
Проведение железной дороги ускорило рост населения Кургана. Действующие церкви во время службы не вмещали всех желающих, причт не успевал совершать необходимые обряды крещения, венчания, отпевания и другие. Курганский исправник И.Я. Трофимов, человек деятельный и образованный, целью своей поставил добиться строительства новой церкви. Во время посещения Кургана архиепископом Агафангелом в январе 1895 года он доложил ему историю проблемы, и архипастырь предложил составить подписку на сооружение храма и первым пожертвовал 100 рублей. Дело происходило в доме Д.И. Смолина, и он как хозяин сразу же подписался на 10000 рублей, присутствующие купцы внесли свою лепту — братья Бакиновы по 2000 руб., Ф.С. Березин — 1000 руб. Были и более мелкие вклады. За каких-нибудь полчаса собрали 18 тысяч.
То, что новая церковь будет на кладбище, подразумевалось само собой, потому что в 1860 г., когда кладбище закрывали, предполагали превратить его со временем в сад и выстроить здесь приходскую церковь. Теперь требовалось указать конкретное место под строительство. В июле 1895 года городская Дума постановила место под постройку храма избрать на Конной площади, посредине, с задней стороны ограды кладбища с тем, чтобы алтарь выходил на кладбище, а корпус церкви — на площадь. Был избран комитет по постройке церкви. Проектирование церкви комитет поручил городскому архитектору Николаю Александровичу Юшкову, которого для консультаций по составлению проекта отправили в Петербург и Москву. 2 января 1896 года проект был готов и отправлен на утверждение архиепископу, которое и последовало 6 марта.
Торжественная закладка храма состоялась 2 июня 1896 года. Все жители Кургана и окружающих деревень были заранее оповещены об этом, и народу собралось поглазеть на это редкое зрелище несколько тысяч. После крестного хода от Богородице-Рождественского собора во главе с протоиереем Иоанном Волковым были произведены служение и закладка. Заранее были выкопаны рвы под фундамент, приготовлены крест под престол и мраморный краеугольный камень с надлежащими надписями. После молебна приступили к освящению воды и елея и окроплению святой водою места закладки и всех предметов. Под тем местом, где предполагалось стоять престолу в алтаре, водрузили крест, прочитавши положенную молитву, возлили елей и еще раз окропили крест. Под восточной стеной заложили камень краеугольный, обложив его кирпичами и замазав известью, в которую, по принятому обычаю, клали золотые и серебряные монеты. Затем обошли рвы по всем углам и сторонам и, вернувшись на место, начали священнослужение, после которого духовенство и желающие прикладывались к святому кресту и были окроплены святой водою. Звонили колокола Троицкой и Богородице-Рождественской церквей, и под этот слитный гул и пение хоров обоих храмов крестный ход двинулся в обратный путь к собору.
Обязанности попечителя по строительству храма взял на себя Д.И. Смолин, щедро субсидировавший необходимые затраты. Но жить ему оставалось уже немного, и в своем завещании, составленном незадолго до смерти в 1898 году, он оговорил окончание постройки храма: «Постройку храма в г. Кургане во имя Св. Александра Невского, принятую мною на себя, с участием граждан, в случае, если на окончательную отделку и достройку его не будет достаточно сумм собранных, то завещаю моим наследникам из сумм моего капитала, что будет недоставать, кроме уже выданных мною 30 тысяч рублей, пожертвовать и означенную постройку по своему усмотрению довести до конца». После смерти Дмитрия Ивановича заботу о строительстве храма взял на себя один из его сыновей Федор Дмитриевич Смолин. При его активном содействии к середине 1901 года здание храма было выстроено, оставались только внутренние работы — устройство пола и установка иконостаса, который еще изготовлялся. Федор Дмитриевич содержал на собственные средства хор певчих, который обходился ему до трех тысяч рублей в год. При церкви была открыта церковно-приходская школа, в которой обучались 130 мальчиков.
30 августа 1901 года с одиннадцати часов до часу дня происходило поднятие крестов на Александро-Невскую церковь. Внутренние работы велись почти год. 22 июня 1902 года, ровно через 6 лет и 20 дней после закладки храм освятили, при этом присутствовал прибывший из Тобольска епископ Антоний. На строительство церкви было потрачено около 30000 рублей, а на его внутреннюю отделку еще около 70000 рублей.
Как выглядела церковь, можно узнать из документов страховой оценки церкви, составленных 20 августа 1910 года «Александро-Невская церковь каменная, внутри оштукатурена, выкрашена и расписана живописью. Крыта железом, на куполе и колокольне — цинкованным. В одной связи с колокольней. Церковь решена по трехчастной схеме дополненной примыкающей с запада папертью с двумя боковыми помещениями. Имеется подвал, повторяющий в целом планировку основного этажа. Стены храмового объема завершаются двухскатными щипцами с парапетом поверху; под карнизом — пояс мелких арочек — мотив, примененный и на трапезной. Весь фасадный декор выполнен в кирпиче». В решении общего стиля храма, построенного из красного кирпича, сочетаются романские и древнерусские черты, однако значительно измененные творческими поисками архитектора в характерном для того времени «кирпичном стиле». Наиболее подробно архитектурный облик церкви был описан в работах Б.Н. Карсонова. Автор отмечает, что от русской средневековой архитектуры Н.А. Юшков взял такие приемы, как луковичное пятиглавие и восьмигранную композицию колокольни, которую венчает высокая и крутая пирамида, схожая с древнерусским шатром. Не менее интересной была оковка храма, выполненная курганским мастером Максимом Ивановичем Рихтером, от работ которого сохранились некоторые оконные решетки церкви.
После окончания строительства храма Ф.Д. Смолин принял на себя обязанности церковного старосты, которые усердно исполнял до 1911 года. Федор Дмитриевич на собственные деньги содержал церковный хор певчих, выделяя ежегодно на этого до 3000 рублей. В сентябре 1909 года за свою деятельность он получили орден Святой Анны III степени. После него эту должность принял коллежский советник Иван Яковлевич Трофимов, бывший земский исправник. Поскольку самостоятельного причта в Александро-Невской церкви долгое время не было, староста приглашал священнослужителей из Богородице-Рождественского собора на воскресные и праздничные службы, составил хор певчих и неустанно хлопотал об открытии самостоятельного Александро-Невского прихода. С 25 декабря 1903 года службу в храме стал отправлять священник Тобольского кафедрального собора Николай Богословский, который был командирован в Курган епархией для строительства здешнего духовного училища, и одновременно ему было поручено заведование Александро-Невской церковью на правах приходского священника. Указом Св. Синода от 16 ноября 1905 года самостоятельный приход был наконец-то открыт с причтом из священника, диакона и псаломщика. Священник Богословский был перемещен окончательно из Тобольска в Курган и стал первым настоятелем Александро-Невской церкви.
К этому времени Ф.Д. Смолин уже построил два деревянных дома для священника и диакона, а также для церковно-приходской школы. Псаломщики снимали частную квартиру или жили в церковном флигеле, который примыкал к ограде духовного училища. Чаще в этом флигеле жили сторожа. Дома эти проектировал Н. А. Юшков. Он же в 1911 году сделал проект пристройки к сеням церкви сторожки — справа и архива — слева. Указом Тобольской Духовной Консистории от 28 апреля 1912 года работы были разрешены и в 1913 году закончены.
При церкви находилось закрытое городское кладбище, вокруг которого уже возникли городские кварталы, и захоронения были запрещены. Исключение было сделано для Дм. Ив. Смолина, скончавшегося 3 октября 1898 года, и для его супруги Елизаветы Федоровны, скончавшейся 2 июля 1908 года. Их погребли за алтарем Александро-Невской церкви, с правой стороны. К приходу были приписаны пять деревень, железнодорожный поселок при станции Курган и ближайшие к храму жители г. Кургана, пожелавшие войти в состав нового прихода. Количество дворов в приходе колебалось в 1910-1916 годах от 582 до 749, а число прихожан в тот же период от 3600 до 4600 человек. От числа прихожан зависело число пожертвований, что было очень важно. Ведь священнослужители не получали казенного жалованья, а пользовались добровольными пожертвованиями.
Александровскую церковь постигла участь Богородице-Рождественского Собора и Троицкой церкви. Еще в августе 1924 года рабочие консервного завода просили предоставить им помещения церкви для жилья и планировали разбить вокруг парк. В то же время служащие станции Курган предлагали церковь закрыть и передать под культурно-просветительское училище. Окружной исполком отказал в этих просьбах, считая закрытие церкви преждевременным. Однако 23 октября 1929 года постановлением ВЦИК за подписью М.И. Калинина церковь все же была закрыта. Весной 1930 года с церкви были сброшены кресты и колокола, а летом того же года разобрали купол и колокольню. Полученный кирпич был в том числе использован для строительства Народного дома им. В.И. Ленина.
В здании бывшей церкви в 1930 и затем вновь в 1940 году попытались разместить музей местного края, однако помещения были не приспособлены и эта попытка не удалась, поскольку началась война. Хотя отдельные коллекции продолжали храниться здесь вплоть до октября 1941 года. Затем здание было сдано в аренду Челябторгу для размещения столовой, а также здесь до февраля 1943 года был вещевой склад курганского 32 лыжного полка. Кроме того, в разное время в бывшем храме располагались спортивный клуб и факультет механизации Высшей партийной сельскохозяйственной школы. В 1951 году здесь была открыта экспозиция Курганского областного краеведческого музея. Одним из наиболее популярных отделов в нем был планетарий, расположенный в алтарной части.
В конце 1980-х годов начались активные хлопоты верующих о возвращении храма и возрождении в нем службы. Областной музей, понимая всю значимость Александровской церкви как памятника храмовой архитектуры, поддержал требования. В результате музей получил другое здание, а церковь вернулась к своим первоначальным функциям. Летом 1989 года здание было передано Русской православной церкви «для реставрации и отправления культовых обрядов». 6 декабря 1991 года было проведено первое богослужение в возвращенной церкви.
С историей единственной сохранившейся в Кургане церкви тесно связана расположенная рядом площадь. Первоначально она именовалась Кладбищенской, поскольку примыкала с западной и северной стороны к кладбищу, закрытому в 1860 году. В 1878 году решением городской думы сюда была переведена конная и сенная ярмарочная торговля, и поэтому Кладбищенская площадь стала называться Конной. Затем архитектурным центром площади стала церковь Святого Александра Невского. В 1914 году по имени церкви Конная площадь получила название Александровской, в 1920 году была переименована в площадь имени М.С. Урицкого. В 1921 году на ней был воздвигнут первый памятник в Кургане – обелиск памяти десяти курганским комиссарам. В настоящее время территорию бывшей Александровской площади, кладбища и усадьбы Курганского отделения Московского сельскохозяйственного общества занимает городской сад.
