При отступлении французской армии из Смоленска в ноябре 1812 года по приказу Наполеона были подведены мины под все башни крепостной стены с целью уничтожения их. Французский император заявил, что не хочет, чтобы смоленские стены вновь задержали его при вторичном походе на Россию. Но взорвать успели лишь восемь башен, в том числе и Молоховские ворота; остальные были спасены солдатами 20-го егерского полка майора Горихвостова, занявшего город после оставления его неприятелем.
Возрождение города после сожжения его французами шло трудно. Значительные изменения начали происходить лишь после назначения гражданским губернатором Н.И. Хмельницкого в 1829 году, которому в том же году удалось привлечь внимание посетившего наш город императора Николая I и добиться ссуды в 1 миллион рублей.
Во время посещения города государь выразил пожелание, чтобы храм, возводимый на месте взорванных Молоховских ворот, как можно больше соответствовал крепостной стене. На его сооружение император пожертвовал 7 тысяч рублей и разрешил использовать камни с разрушенных участков крепости. К постройке церкви приступили в 1832 году. Из-за нехватки средств строительство продвигалось медленно, и было завершено лишь благодаря добровольным пожертвованиям жителей города; 25 июля (ст. ст.) 1840 года храм освятили в честь Благовещения Божией Матери, в память того, что находившаяся над Молоховскими воротами икона Богоматери после взрыва башни была найдена невредимой.
Высота ворот с церковью до креста составляла 19,5 сажени (почти 40 метров), основание квадратное. Внизу располагалась часовня. Фасад представлял собой четырёхугольную одноглавую башню с зубцами и проездными воротами. В день бракосочетания наследника цесаревича Александра II, 16 апреля 1841 года, жителям города был прощён долг, выделенный на восстановление. В 1936 (37) г. башня с церковью была разобрана при работах по перепланировке площади Смирнова.
«У молоховских ворот» Л. Степченков
Молоховские (Малаховские, Молохвинские) ворота. Год постройки: 1595. Архитектор: Федор Конь.
Одна из несохранившихся до наших дней башен и ворот Смоленской крепостной стены. Молоховские ворота находились в центре северной части нынешней площади Победы, между Моховой башней и безымянной четырёхугольной башней. Изначально представляла собой четырёхугольную башню с проезжими воротами. После уничтожения старой башни на её месте была построена новая постройка, окончательно разрушенная в 1930-е годы.
Старая башня состояла из четырёх ярусов. Она имела шатровую кровлю, над которой была надстройка с набатным колоколом. Сквозной сводчатый проезд закрывался створками, а также башня имела калитку для пешего прохода. Молоховские ворота, наряду с Днепровскими (Фроловскими), были одним из главных путей въезда в Смоленск. От них начинались дороги на запад (Краснинская), юг (Киевская) и юго-восток (Рославльская). Башню прикрывал земляной бастион со рвом, через который был перекинут деревянный мост. На бастионе для обороны были установлены пушки. Также пушки располагались у самих ворот. Земляной бастион был срыт при постройке новой башни. Название башни происходит от направления пути из ворот в Молохвинскую (Молоховскую) волость, в которой находились реки Молохва, Молоховка и Молофа (ныне — территория Краснинского и Мстиславльского районов).
5 ноября (н. ст. 17 ноября) 1812 года Молоховские ворота были взорваны оставляющими Смоленск войсками императора Наполеона I. По указанию императора Николая I в 1833 либо в 1840 году на пожертвования смолян на месте ворот была построена новая башня, в которой были устроены проезжие ворота и пешие проходы по сторонам. Над воротами была построена надвратная церковь в честь иконы Благовещения Пресвятой Богородицы, которая стояла над воротами старой башни и после взрыва была найдена невредимой в куче мусора.
На нижнем этаже башни с 1915 года располагался Историко-археологический музей, который был переведён туда из здания городской думы, в которой он находился с 1888 года. В 1921 году музей был размещён на Соборной горе. В 1929—1930 годах в башне размещался антирелигиозный музей, также впоследствии переведённый на Соборную гору. Позднее здесь находился Западный областной музей и архив истории партии. В 1936 либо в 1937 году при перепланировке площади Смирнова (ныне — площадь Победы) башня с прилегающими пряслами стены была снесена.
Весной 2011 года при постройке подземного перехода на площади Смирнова были обнаружены остатки фундамента Молоховских ворот.
В древности, по благочестивому обычаю предков, над городскими воротами и в крепостных башнях ставились иконы. В Смоленске над многими крепостными башнями и над воротами при въезде в город и выезде стояли также иконы: над Днепровскими воротами — икона Божией Матери Одигитрии, над Молоховскими – Благовещения Божией Матери.
В 1768 г., пользуясь набожностью мимо идущих, некто отставной канонер Луговский поставил над этим образом каплицу на деревянных брусьях, в виде теремка, и при ней ящик, куда проходящие, особенно во время крестных ходов, жертвовали, что могли. По справкам из консистории оказалось, что эта каплица была устроена без дозволения духовного начальства, и попечитель ее нанимал не раз священников служить молебны при собрании народа. Кроме того, самое устройство каплицы было так непрочно, что она при многолюдстве могла легко обрушиться. Вследствие этого резолюциею преосвященного определено было разобрать каплицу и некоторые иконы отослать в Авраамиевский монастырь.
Во время 1812 г. Молоховская башня с воротами была разрушена, но под грудами мусора старинная икона Благовещения Божией Матери уцелела невредимою. Через несколько лет после этого, в 1834 г., государь Николай I, бывши в Смоленске, изъявил особенную признательность дворянству за возобновление города. В память этого радостного случая дворянство предложило государю воздвигнуть на месте Молоховских ворот церковь во имя чудотворца Николая. Государь благосклонно принял просьбу, но с тем, чтобы храм посвящен был Благовещению в память того, что икона Благовещения, стоявшая здесь, сохранилась под неприятельским огнем.
Для сооружения храма пожертвовано было государем 7000 руб. серебром; план и фасад его, сообразно высочайшей воле, применен к характеру крепостных башен; они представляют форму башни с зубцами, с широкими проездными воротами под нею. Вышина церкви до креста 19,5 саженей, основание квадратное, восьмигранное. 1840 г. она была окончена, и в день рождения государя Николая I, 25 июня, освящена.
1 апреля 1841 г., в день бракосочетания цесаревича Александра Николаевича, император Николай I простил жителям всю розданную сумму на обстройку разоренных домов, остававшуюся до тех пор еще невыплаченною, всего 148 097 руб. 59 коп. серебром. В память этого случая, жители с высочайшего разрешения поставили на этой церкви мраморную доску с надписью на ней золотыми буквами: «Николаю I-му от верных жителей древнего города Смоленска, в знак вечной признательности за оказанные монаршие щедроты 16 апреля 1841 г.».
По просьбе жителей и с разрешения св. Синода эта церковь причислена к Авраамиевскому монастырю; братия этой обители по очереди, ежедневно, совершает в ней богослужение, при этом отправляется и лития за упокой высочайшего благодетеля.
«Историко-статистическое описание Смоленской епархии». Санкт-Петербург, 1864 г. В типографии духовного журнала «Странник».