На месте, где сегодня стоит Свято-Никольская церковь, в начале века стояла небольшая часовня. Она была построена еще до закладки знаменитого Слюдянского вокзала. В начале 1906 г. на место часовни была перенесена церковь из пади «Половинка» Кругобайкальской железной дороги. Эту церковь через несколько лет пришлось разобрать в виду крайней тесноты. Новое здание было построено в 1914 году при строительстве второй колеи Кругобайкальской железной дороги. 29 декабря 1915 года церковь была освящена. В новой церкви так же, как и в первой, был один престол во имя святителей Николая Чудотворца и Иннокентия Иркутского и мученицы Татианы.
Церковь была построена «крыльцо в крыльцо» с вокзалом и представляла вместе с ним лицо станции – будущего города.В годы Советской власти его постигла участь многих православных храмов России. В 1922 году было произведено изъятие церковных ценностей, в 1929 году церковь была закрыта, сброшены ее девять крестов и колокола, а иконы разрешили унести по домам. Сначала здание было отдано под клуб, во время Великой Отечественной войны в церкви были расквартированы солдаты, охранявшие Слюдянский эвако-госпиталь.Здание храма было передано верующим в 1947 году. 27 апреля того же года в храме возобновились богослужения.
