В 1935 году митрополит Елевферий (Богоявленский) вручил Президенту, премьер-министру, министрам внутренних дел и просвещения меморандум с просьбой об восставлении церкви или возможности построить новую. В конце 1936 года новый храм в честь апостолов Петра и Павла был воздвигнут на кладбище (Министерство Просвещения для этого выделило 30 000 литов).
По данным Епархиального Совета, в 1937 году постоянных прихожан Перто-Павловского храма было 1832 человека. Советскими властями приход был официально зарегистрирован в 1947 году. По епархиальным данным, в 1957 году храм посещали около 600 прихожан.
По материалам официального сайта Виленско-Литовской епархии
Православный храм, освященный в честь апостолов Петра и Павла в литовском городе Шяуляй, пережил два рождения. Заложен и построен он был в центральной части города в 1867 году на месте, где торговая площадь примыкала к главному городскому бульвару. Строительство шло на средства собранные от налогов на поместья и на пожертвования жителей города. Инициатором был генерал-губернатор г. Вильно Муравьев Н.М. Здание строилось по проекту известного архитектора Чагина Н.М., автора многих храмов епархии.
Церковь имела вид креста и была украшена пятью куполами и колокольней. Крыша была покрыта белым железом из Сибири. Снаружи стены были украшены лепниной, фасадная сторона покрыта цоколем из тесаного гранита. Церковная паперть была так же выложена гранитом. В храме стоял двухъярусный деревянный иконостас с иконами византийского письма в вызолоченных рамах. В начале 20 века Петропавловская церковь уже не вмещала прихожан. И ее задумали расширять, даже составили смету. Но последовали события 1905 года, вызвавшие волнения во всей России.
В Первую Мировую войну город был оккупирован немцами, которые использовали храм как военный госпиталь. После войны храм был возвращен, и в нем возобновилась православная жизнь. Переломными в судьбе храма были 30-е годы XX века. Место, на котором располагался храм, приглянулось городским властям для постройки магистрата. Состоялось судебное разбирательство, длившееся с 1929 по 1933 гг., в ходе которого было принято решение в пользу городской власти. Ни одна просьба о предоставлении льготы на аренду земли, которая уже не принадлежала храму, не была услышана ни городскими властями, ни министром просвещения, ни президентом. Было вынесено решение, обязывающее епархию освободить участок в срок не более чем за месяц без какого либо материального возмещения.
Митрополитом Елевферием (Богоявленским) были поданы прошения Президенту и его премьер-министрам с обращениями верующих о строительстве новой церкви. Прошения были рассмотрены и в 1936 году в районе городского кладбища, построили храм, сохранивший прежнее наименование. Власти выделили средства в размере 30 000 литов. Церковь была уменьшенной копией прежнего, в ее строительстве использовались кирпичи от старого разобранного храма. С западной стороны, на гранитном камне фундамента, есть отметки об освящениях храма — 1864 год и 1938 год. Возрожденная церковь освящена была в 1938 году 17 сентября митрополитом Елевферием. Храм стал неотъемлемой частью православного кладбища.
В Великую Отечественную войну в Петропавловской церкви немцами был устроен склад, а на кладбище вырыт котлован, куда сбрасывали расстрелянных и умерших от эпидемий. По архивным данным, здесь захоронено около 22 тысяч военнопленных. В 1947 году, когда настоятелем был протоиерей Николая Савицкий, община была зарегистрирована советскими властями. Сохранились данные о количестве прихожан Петропавловского храма в разные годы: в 1914 г. — 1284 человека состояло в общине, в 1937 году — 1832 человека, в 1942-1943 гг. насчитывалось — 630 человек, в 1957 году — около 600 прихожан.
