Строительство храма было начато 29 апреля 2003 года. Основные работы по возведению были завершены к февралю 2004 года. 11 июля 2005 года Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил чин великого освящения храма в честь святого великомученика и целителя Пантелеимона при Центральном клиническом госпитале ФСБ РФ. По словам председателя синодального отдела Московского Патриархата по взаимодействию с вооруженными силами и правоохранительными учреждениями протоиерея Димитрия Смирнова, храм при госпитале ФСБ является одним из лучших образцов современного церковного зодчества в Москве. Он построен по проекту архитектора А.Н. Оболенского. 6 декабря 2007 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил освящение росписи храма. Главный художник проекта Б.Алексеев рассказал, что работы по росписи храма проводились в течение года. «Использовались традиции русской иконописи XII-XIV веков Владимирской школы, есть отголоски Московской школы. Так как храм посвящен святому Пантелеимону, основная канва — идея воскресения, духовного исцеления», — отметил Б.Алексеев.
