Село Шебалино расположено у реки Семы, на склонах и в низине большой котловины, недалеко от границы с Алтайским краем. Заселение здешних мест началось в 1833 году. По описаниям русского ученого С. П. Швецова, на месте современного села Шебалино сначала была заимка купца Попова, а на окраине по логам жили алтайцы. Но в 1860 – 1870 годы, по мере увеличения числа русских крестьян, заимка расширилась, и образовалось небольшое село.
Первая церковь в селе была деревянная, однопрестольная, с двухрядным иконостасом, с железной крышей и железным куполом; семиглавая, высотой 33 аршина (около 24 м), устремленная ввысь – она одним своим видом призывала народ к благочестию. Храм был построен в 1899 году подрядчиком Носковым и освящен в честь Успения Божией Матери.
По архивным документам, в церкви служили четыре священника. Первым настоятелем храма был иерей Иннокентий Иванович Чевалков, алтаец по национальности, священник-миссионер, родственник родоначальника алтайской литературы протоиерея Михаила Чевалкова. Члены Шебалинской общины верующих отличались ревностью к Православной вере и сплоченностью. В 20-е годы около двух тысяч прихожан почти ежегодно возобновляли регистрацию общины, что, видимо, и послужило причиной разрушения храма.
Храм разрушен был в 1929 году, его бревна пустили на строительство районного дома культуры (с 1979 года в здании размещается детско-юношеская спортивная школа.