Город Северск или, как его еще принято называть, ЗАТО — закрытое административно-территориальное образование, был основан в Томской области в 60-х годах прошлого века. Официально датой его «рождения» во всех информационных справочниках значится 1954 год — именно тогда поселению рядом с Сибирским химическим комбинатом системы Росатома был присвоен статус «города». Так деревня Белобородово «превратилась» в город Северск, а потом стала городом «Томск-7». Звали это место и «Пятым Почтовым», и еще как-то, но потом город стал снова Северском.
13 января 1991 года состоялась торжественная литургия в еще пока государственном учреждении – в городском музее – в честь закладки храма тогда еще в городе Томске-7. Провели эту литургию служители Томского Петро-Павловского собора для жителей города. Местом закладки послужило бывшее некогда Белобородовское кладбище.
14 мая 1991 года была произведена закладка и освящение камня патриархом Всея Руси Алексием II. Работы по возведению храма начались 7 августа 1994 года. В Рождество в храме был освящен крестильный зал, состоялась первая служба в нижнем зале храма. Первую литургию (молебен) отслужил в построенном храме 7 января 2000 года архиепископ Томский и Асиновский Ростислав. Эта дата является днём рождения Северского храма, а 6 июля – его престольный праздник.
Купола были изготовлены (1997-98 г.) и колокола 7 штук были отлиты в Москве на средства СХК (17.12.99 г.). 19.05.98 г. установлены купола и кресты. 26.01.2000г. отец Михаил отслужил еще один молебен в честь окончания строительства 1 очереди храма. 06.07.2000 г. состоялось открытие и освящение северского храма владыкой Ростиславом.
Строительство храма в городе Северске длилось 6 лет. 27 мая 2002 года храм был освящён Патриархом Всея Руси Алексием II в честь иконы Божией Матери Владимирской – это верхний храм, где служат литургии, проводят венчание и прочие требы. А нижний храм – в честь святого Владимира. Здесь проводится крещение, отпевание и другие требы.