Часовня установлена на месте кладбище №1 («Ширшима») — самое массовое захоронение Ягринлага — расположено вблизи города Северодвинска, на 7 км Кудемского шоссе. Здесь в 1940-х — 1950-х хоронили заключенных Ягринского ИТЛ. Общая численность захороненных здесь заключенных неизвестна; по оценкам разных исследователей, она составляет от 10 до 20 тысяч человек. С 1974 территория кладбища принадлежит северодвинскому лесхозу. В 1970-е — 1980-е при строительстве объектов лесхоза неоднократно обнаруживались человеческие останки, они свозились на городскую свалку. С мая 1989 активисты северодвинского общества «Совесть» (председатель Г.В. Шаверина) с помощью жителей города собирали останки с поверхности земли, в контейнерах складировали их на территории лесхоза. 20 октября 1990 состоялось перезахоронение обнаруженных останков и открытие мемориала на кладбище (памятник в виде камня с металлической табличкой с надписью: «Невинным жертвам Ягринлага»).
В 1991 поисковый отряд “Именем павших” (г. Вельск) во главе с Алексеем Сухановским проводил раскопки на одном из участков кладбища, были обнаружены индивидуальные захоронения в гробах. По металлическим табличкам в гробах были установлены имена захороненных и общий год захоронений — 1942. В августе 2007 к мемориалу с Кудемского шоссе подведены мостки протяженностью 163 метра. 30 октября 2011 на мемориальной площадке установлен памятник Леониду Харитоновичу Коппу, первому техническому директору Судостроя, умершему в 1950 в заключении в Ягринлаге. Ежегодно летом активисты общества «Совесть» занимаются сбором останков, которые в течение года выходят на поверхность земли. Найденные останки подхораниваются в общую мемориальную могилу; в 2010-2012 производились крупные перезахоронения в связи с тем, что на одном из участков кладбища был нарушен покров (неизвестными вывозился песок для продажи).
В 2013 при участии молодежного отдела администрации г. Северодвинска этот участок был засыпан песком, здесь же установлен деревянный памятный крест. Ежегодно на мемориале кладбища №1 Ягринлага проводятся памятные церемонии: 30 октября в День памяти жертв политических репрессий и 13 апреля в день организации Ягринского ИТЛ. (Информация на февраль 2014)
В 2016 году северодвинец Сергей Шергин, руководитель предприятия «Магистраль», предложил построить на памятном месте часовню. Митрополит Архангельский и Холмогорский Даниил благословил освятить ее в честь новомучеников и исповедников Церкви Русской.
Источники: https://www.gulagmuseum.org/showObject.do?object=112010&language=1 и http://www.arh-eparhia.ru/news/705/60373/