В ноябре 1849 года архиепископ Херсонский и Таврический Иннокентий (Борисов) обращается с дозволением к императору Николаю I об учреждении иноческого братства по «форме пустынножительства Афона» на древней херсонесской земле, на которой бывали апостол Андрей Первозванный, ученик апостола Петра епископ Рима Климент и блаженная Флавия — племянница римских императоров Тита и Домициана, проповедовали в 860-х гг. евангельское слово просветители славян Кирилл и Мефодий, а в 988 году в херсонесской купели был крещён киевский князь Владимир.
15 апреля 1850 года архиепископ Иннокентий получает одобрение императора Николая I, и 4 мая согласно Синодального указа основывается Владимирская общежительная киновия. 19 марта 1852 года государь распорядился передать образованной обители 39,78 гектаров территории Херсонесского городища. В том же, 1852-м году здесь открывается херсонесский монастырь в ранге общежительной киновии.
Первая монастырская церковь была возведена в базиликальном стиле, типичном для Херсонеса: это была небольшая постройка, в плане представлявшая прямоугольник с полукруглой апсидой. По херсонесскому обычаю, заимствованному ещё в 6 веке из Малой Азии, её алтарь был обращён на северо-восток. По благословению Святейшего Синода 28 февраля 1853 года храм освятил архимандрит Поликарп (Радкевич), впоследствии епископ Орловский, в сослужении назначенного настоятеля обители игумена Василия (Юдина). В конце 1854 года, не простоявшая и двух лет Владимирская киновия была стёрта с лица земли. Архиепископ Иннокентий с горечью писал, что херсонесского скита «как не бывало», он «пошел на топливо для французов».
В ходе действий Крымской войны церковь превратилась в склад артиллерии, пушек, боеприпасов французских войск. Особо ценные реликвии обители французы экспроприировали. Одной из самых ценных был колокол, выплавленный в Таганроге в 1778 году. Как уже было сказано, все монастырские постройки были разобраны, а на их месте устроены батареи и пороховые склады французов. Весной 1857 года попечением севастопольского купца 1-й гильдии Павла Телятникова на скорую руку соорудили небольшой деревянный храм в честь Семи священников, в Херсонесе епископствовавших. 30 апреля 1857 года её освятил архимандрит балаклавского Георгиевского монастыря Геронтий.
29 июня 1859 года император Александр II передал из малой церкви Зимнего дворца в херсонесскую обитель частицу мощей равноапостольного князя Владимира. Государь также повел, чтобы 15 июля проводить крестный ход, который начинался от Адмиралтейского собора и заканчивался у церкви Семи епископов — священномучеников. До возведения Свято-Владимирского собора храм Семи Святомучеников Херсонесских являлся дебютным зданием архитектурного комплекса Владимирского мужского монастыря, в котором находился ковчег с частицей мощей князя Владимира Святославича — крестителя Руси.
Через двадцать с небольшим лет храм пришёл в аварийное состояние и его разобрали. 2 апреля 1881 года на месте деревянного храма освятили каменную церковь с тем же посвящением. Торжественное освящение произвёл епископ Таврический и Симферопольский Алексий. Храм в стиле эклектики выполнен по проекту архитектора К. Вяткина.
В 1924 году Владимирский монастырь закрыли, а церковное имущество передали Госфонду, складировав всё это во Владимирском соборе, опечатав печатью Севастопольского исполкома. Малый храм попал в список ветхих строений с неудовлетворительным внутренним состоянием и живописью, «не представляющих особой ценности». В 1926 году церковь бывшего монастыря приспособлена под нужды музея; с неё были сняты колокола, сбиты кресты и купола, смыты фрески, разобран иконостас. В помещениях бывшей церкви разместили античный лапидарий под названием «Отдел архитектурных обломков».
В 1927-28-х гг. при проведении «ремонтных» работ разобрали колокольню, так как она, по мнению экспертов, давит на само здание, вследствие чего фундамент оседает и даёт трещины». Во время обороны Севастополя (1941-1942) в храме располагался склад военной амуниции, в послевоенный период — часть экспозиции Херсонесского музея.
В 1990-е годы здание вернули Украинской Православной Церкви Московского Патриархата. Венчания восстановлены только в начале 2010-х годов. Весной 2011 года, во время реставрационных работ, в нём были обнаружены два старинных склепа. В одном из захоронений находились останки первого наместника Свято-Владимирского монастыря игумена Василия (Юдина), в другом — архимандрита Иннокентия (Жежеленко). В настоящее время храм полностью отреставрирован.
Из книги: «Православный Крым. Святыни, храмы, монастыри», — Санкт-Петербург. Издательство: ООО «Торговый Дом Медный Всадник», 2017 и с сайта: https://pravoslavie.ru/45372/Ольга Ковалик. Первый храм херсонесского Владимирского монастыря
