В 2011 году у руководства Межрегионального общественного учреждения «Институт инженерной физики» возникла идея строительства на территории Института часовни во славу Божию, в процветание науки, образования и воинского братства. Идею поддержал весь коллектив Института, Серпуховское Благочиние и городская общественность.
8 февраля 2012 года, в День российской науки, коллектив МОУ «ИИФ», жители микрорайона Владычная Слобода, духовенство во главе с благочинным Серпуховского округа Московской епархии протоиереем Владимиром Андреевым собрались на территории Института, чтобы по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия освятить строительство и заложить капсулу с посланием потомкам в фундамент часовни. Через несколько месяцев, 20 сентября 2012 года, благочинный Серпуховского округа Московской епархии протоиерей Владимир Андреев освятил здание и купол построенной часовни. Весной 2013 года, в дни празднования 20-летия со дня основания Института инженерной физики, состоялось торжественное открытие часовни.
Часовня имеет уникальный деревянный иконостас. Иконы для часовни преподобного Алексия, человека Божия, были написаны иконописцами Троице-Сергиевой Лавры в стиле Московской школы иконописи середины XV века. Авторы-иконописцы: Александр Деркачев, Димитрий Макрушин и Артем Еманов. Иконостас в часовне двухъярусный — состоит из двух чинов (рядов икон) — праздничного и местного, увенчан Распятием.
