Идея воздвижения над Пещерами ныне существующего в ските каменного храма в честь Черниговской иконы Пресвятой Богородицы принадлежит игумену Даниилу и была осуществлена по проекту, представленному архитектором Николаем Владимировичем Султановым (1850 — 1908 гг.). В деле принимали участие сам игумен Даниил, ризничий Троице-Сергивой Лавры архимандрит Афанасий, помощник лаврского эконома иеромонах Геннадий, заведующий пещерной обителью иеромонах Нектарий, а также многочисленная скитская и пещерная братия. Храм планировался просторным, в стиле русской архитектуры второй половины XVII века. Гефсиманский скит не имел средств на строительство столь роскошного храма и, поэтому, пришлось обратиться к благотворителям. Не остались равнодушными и откликнулись на просьбу потомственный почетный гражданин Сергей Павлович Патрикеев, купец Михаил Васильевич Моргунов, княгиня Елена Петровна Черкасская, крестьянин Владимирской губернии Даниил Васильевич Киселев и многие другие… 28-го сентября 1886-го года, над Пещерами состоялась торжественная закладка будущего храма, которую совершал митрополит Московский Иннокентий (Руднев, 1826 — 1900 гг.). Вскоре храм был отстроен. Его украшали два придела: во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба, сооруженный на средства княгини Черкасской и освященный в 1889-м году митрополитом Иоанникием, и во имя Пророка Божия Илии, построенный благодаря вкладам купца И.В. Патрикеева и освященный в 1890-м году. Кроме того, иждевением той же княгиги Черкасской, был устроен пещерный храм во имя Антония и Феодосия Киево-Печерских, где она,впоследствии, и была погребена. Наконец, 26-го августа 1893-го года, в праздник Владимирской иконы Божией Матери, был освящен главный придел скитского храма — в честь Черниговской иконы Пресвятой Богородицы. Чин освящения совершал епископ Дмитровский Александр (Светлаков), управлявший в те годы Московской епархией. Храм получился весьма красивым, и не только снаружи, но и внутри. Он оказался довольно вместительным, светлым, с роскошным металлическим иконостасом, выполненным на средства купчихи А.И. Осиповой; везде прекрасная настенная живопись в стиле XVI века — труд иконописца Н.М. Сафонова; пол выложен мозаикой с узором. По богатству украшений, своей красоте и художественному уровню отделки Черниговский храм принадлежал к числу самых знаменитых храмов России.
Композиционный центр ансамбля, Черниговская церковь, сооружена в 1886-1890 гг. по проекту Н.В.Султанова на средства скита и благотворителей, в том числе кн.Е.П.Черкасской и М.К.Нарышкиной. Внутренняя отделка и устройство иконостасов по авторским рисункам продолжалась под руководством А.М.Павлинова до 1893 г. Храм на 2000 человек поставлен над «пещерами», подземной церковью, заключенной в средней части его подвала. Яркий и своеобразный облик памятника создан на основе художественных принципов и форм московского зодчества XVII в. Сложный, ярусный, сильно расчлененный наружный объем не отвечает единому, целостному внутреннему пространству, структура которого принадлежит Новому времени. Двусветный крестчатый храм с хорами над западным притвором перекрыт куполом на низком барабане и долями парусных сводов. Восточные углы планового креста заполнены пониженными приделами во имя свв.кнн.Бориса и Глеба (северный) и Илии Пророка (южный). На западе име отвечают пристройки для лестниц, ведущих на хоры и в нижнюю, «пещерную » церковь. Снаружи композицию завершает массивный, поставленный над средокрестием глухой четверик с горкой кокошников и декоративным пятиглавием. Усложненность масс усиливают креповка фасадов пучками полуколонн, межъярусный и развитые венчающие карнизы, энергичная пластика деталей. Отделка интерьера новая.
Источник: каталог «Памятники архитектуры Московской области», т.2. М., Стройиздат, 1999 г.
Храм был закрыт в 1922 г. и внутри перестроен. Возвращен верующим в 1990 г. и полностью восстановлен.
Кирилл Аминов 08 апреля 2015 г.