В 1864 году дочь генерал-майора Е. А. Копьева в память преподобного Серафима Саровского основала в своей усадьбе женскую общину. Через пять лет община была преобразована в монастырь.
В монастыре хранилась чудотворная икона Божией Матери «Знамение», написанная в 1879 году насельницей Клавдией Войлошниковой. Икона прославилась 14 мая 1885 года чудесным сиянием изображенного на ней лика Божией Матери и движением Её глаз, а также исцелением больных по молитве перед этим образом.
В 1925 году монастырь был закрыт.
По состоянию на 2009 год в части одного из корпусов расположен скит. Над ней установлена главка с крестом. В остальных корпусах находится интернат для душевнобольных, а в здании с колокольней — дирекция интерната. Школа находилась в здании бывшей гостиницы для паломников. С 2010 года школа закрыта.
30 января 2010 года в Понетаевском скиту состоялась первая со времени закрытия Серафимо-Понетаевской обители Божественная литургия совершённая архиерейским чином.
25 сентября митрополит Нижегородский и Арзамасский Георгий совершил чин Великого освящения храма в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость».
