История храма св. вмч. Георгия Победоносца, трижды менявшего место своего расположения, начиналась в 1868 году. Тогда, на территории цитадели, где расположился военный русский гарнизон, был воздвигнут самый первый православный храм в городе Самарканде. Первым настоятелем этого храма был военный священник Высоцкий Н.Г. Правда, эта церковь просуществовал недолго. Позже, на смену ей, в 1882 году в центре города, возле здания Офицерского Собрания был построен новый, красивый и более вместительный храм. Строился он по проекту инженера-архитектора В.А. Лемке для военных городского гарнизона. Между зданиями церкви и Офицерского собрания располагалась церковная площадь, бывшая тогда местом проведения парадов и праздников. Здание этой церкви было выложено из сырцового, необожженного кирпича и оштукатурено. Оно вмещало 600 человек, было богато утварью и ризницею. 21 июля 1896 года, после торжественного молебна, во временном помещении в церковном доме был основан первый музей истории города. Здание этого храма функционировало непрерывно в течение 43 лет. До 1903 года эта церковь была в ведении Туркестанского епархиального Начальства. До 1912 года она числилась уже при Управлении Самаркандского воинского Начальника, а с 1912 года она была учреждена как походная церковь при 5-ом Туркестанском стрелковом полку. Все эти годы настоятели Георгиевского храма были, как правило, ещё и благочинными военных церквей Самаркандской области.
В 1924 году Свято-Георгиевский храм закрывают сначала временно, и община вместе с настоятелем, отцом Евгением Марчевским, оказываются на улице. 20 мая 1925 года постановлением Малого Президиума ЦИК Уз ССР храм был закрыт окончательно и передан военному ведомству. В первых числах августа того же года общине передают в пользование маленькую, старую часовню на центральном городском кладбище. После этого община обращается с просьбой вернуть ей имущество Свято-Георгиевской церкви и уже с 14 августа они начинают совершать Богослужения на новом месте. В декабре 1926 года община обращается с ходатайством о реконструкции летнего молитвенного домика при часовне и уже к августу 1927 года она получает разрешение на постройку. Но, к сожалению, в ночь с 27 на 28 апреля 1928 года произошёл пожар часовни, после чего верующие не могли дальше совершать Богослужения на этом месте. 31 мая общине выдаётся разрешение служить в частном доме, принадлежащей Лисиной на улице Кладбищенской дом № 37. В 1929 году община переходит на новое место — Кладбищенский переулок дом № 19. Община вновь просит разрешения властей на постройку молитвенного дома возле часовни на территории кладбища, но получает отказ. В 1929 году 24 августа, при иерее Филиппе Кальченко, общине было выдано регистрационное удостоверение. В то время службы совершались по домам арендуемым, как правило, у прихожан.
С 1929 и вплоть до 1937 года община заключила договор и арендовала помещение у гражданина Кибиткина. По существующему закону приобрести помещение для богослужений на собственное имя община не имела права. Только в 1937 году верующие нашли выход из сложившейся ситуации. Тогда они решили приобрести жильё вблизи от городского кладбища по улице Бирлик, и оформить его на доверенное частное лицо. Община покупает часть жилья на имя монахини Иунии (Ульиной). 21 марта матушке Иунии были даны деньги в размере 300 рублей для задатка на покупку половины дома у Столяровой. Таким образом, общиной была куплена часть дома, а 4 декабря 1938 года был выкуплен весь дом. Документально всё выглядело так, будто бы община арендует этот дом у матушки Иунии. Это был небольшой, саманный домик с глиняной крышей, который и стал впоследствии основой ныне действующего Георгиевского храма. В 1943 году община Свято-Георгиевского молитвенного дома во главе с настоятелем Петром Княжинским возобновила просьбы о возврате отобранного здания храма, но безуспешно. Церковная площадь, где находился этот храм, уже давно называлась Красной площадью. И только через полгода после войны, 31 октября 1945 года, община смогла выкупить и оформить этот дом в свою собственность.
В 1945 году вступило в силу «Положение об управлении Российской Православной Церкви», что ставило в благоприятные условия церковно-приходскую жизнь. С этого времени начинаются работы по благоустройству Свято-Георгиевского молитвенного дома. До того молитвенный дом занимал половину жилого дома и в нём было тесно и убого. В 1946 году, по разрешению Уполномоченного по делам РПЦ, Свято-Георгиевская община выкупила для молитвенного помещения вторую часть дома со всеми жилыми и хозяйственными постройками.
Вот что писал журнал Московской Патриархии в марте 1947 года: « В Самарканде, отдаленном от православного центра на много тысяч километров, члены общины св. Георгия Победоносца, движимые горячей верой и преданностью Российской Матери-Церкви, сумели в короткий срок воздвигнуть прекрасный молитвенный дом-храм. До весны 1946 года община св. Георгия совершала богослужение в помещении, которое не могло удовлетворить потребностей местных христиан по своим небольшим размерам. План строительства и чертежи нового здания были составлены архитектором Адеркасом, а исполнителями этого проекта стали сами верующие. В день памяти св. Великомученика Георгия Победоносца, настоятель общины протоиерей Пётр Княжинский предложил расширить имеющееся помещение — пристроить алтарь, а так же построить несколько комнат-келий для штата. Предложение отца настоятеля было с одушевлением принято членами общины и после жаркого молебна, буквально вся масса верующих принялась за строительство. Строительный материал, краски, стекла — всё потребное для своего храма, верующие несли сами в храм. Строительные работы шли с самого утра и до поздней ночи и, наконец, в октябре 1946 года состоялось торжественное освящение нового здания. Для всех верующих это был самый настоящий праздник. Освящение совершал Преосвященный Гурий — епископ Ташкентский и Среднеазиатский, поздравивший от всего сердца всех строителей, а так же инициаторов строительства: протоиерея Петра Княжинского, инокиню Евдокию Тимашеву, инокиню Иунию, старосту храма В.И. Звереву, и многих других».
В 1948 году, по разрешению Уполномоченного Степанова и ГорКомХоза, община приобрела соседний дом, специально для проживания священников. Из этого дома были сделаны помещения для крещальни, комнаты, где проживали отец Пётр и отец Серафим, и ещё «Владычная» — предназначенная для размещения владыки и гостей. Над «святыми воротами» для входа богомольцев в 1948 году была устроена звонница в виде шатра. На ней висели три небольших колокольчика и чугунные била, призывающие православный люд на службу.
Указом Архиепископа Ташкентского и Средне-Азиатского Ермогена за № 79 от 6 ноября 1958 года Георгиевскому молитвенному дому было присвоено именование храма.
