Софрониева Пустынь была основана в конце XIX века архимандритом Софронием, в бытность его настоятелем Арзамасской Высокогорской Пустыни: в одной из лесных дач, принадлежавших монастырю. В архивных данных Высокогорской Пустыни за 1891 год говорится, что у обители имелись 2 лесных дачи, Абрамовская в 6 верстах от Пустыни и Никольская в 35 верстах. В других документах они фигурируют под названием «ближний»и «дальний» лес. В «дальнем» лесу старец построил небольшой домик. Указом Духовной Консистории от 16 ноября 1907 года архимандрит Софроний уволился на покой от должности настоятеля Высокогорской Пустыни, и с начала 1908 года поселился в лесной глуши. Рядом со старцем поселились его 4 послушника, а немного поодаль был построен корпус с домовым храмом, где жили 12 девушек, в основном дочери его духовных чад, впоследствии принявшие иночество. 26 июля 1908 года в Пустыни состоялось освящение храма в честь Господа нашего Иисуса Христа.
К 2000 году женский скит Валаамского монастыря был преобразован в мужской. Создавшейся к этому времени женской общине было предложено найти другое подходящее место для его размещения. После некоторых поисков нового пристанища стало известно о существовании и возможности поселиться в Софрониевой Пустыни, где в то время проживало лишь несколько трудников-сторожей. Через год после новоселья общину постигло новое испытание: из-за неисправности печных труб случился пожар, в результате которого полностью сгорел молитвенный дом, использовавшийся как храм. Спасти удалось лишь Святые Дары, богослужебные сосуды из алтаря и местночтимую икону «Утоли моя печали» висевшую когда-то в храме в обители о. Софрония. Когда новым архиереем назначили владыку Георгия, община получила от него благословение в начале на временное, а после на постоянное проживание. Обители был выдан Антиминс для совершения Божественной Литургии. Служба началась в обустроенном в сестринском корпусе домовом храме. В неделю Торжества Православия, Великим Постом 2003 года обитель посетил владыка Георгий вместе с духовенством Нижегородской епархии, мэром и представителями городской Думы Арзамаса. Епископом Георгием была совершена Лития на могиле архимандрита Софрония. Вскоре состоялась закладка нового храма обители.
В настоящее время в пустыни возобновлена монашеская жизнь. Трудами сестер и молитвами старца Софрония обитель преобразилась, в сложных условиях бездорожья, отсутствия электричества и дефицита материальных средств построен новый храм Иверской иконы Божией Матери, xрам-усыпальница над могилой старца, домовый храм Казанской иконы Божией Матери в келейном корпусе, новый келейный корпус, различные хозяйственные постройки. В селе Ковакса создано подворье Софрониевой пустыни.
