Нелегкая судьба Эстонского Художественного музея началась сразу же после его основания. Созданный в 1919, свое постоянное место прописки музей получил только в 1921 году. Здание, конечно, было замечательным – памятник архитектуры 18 столетия, дворец Кадриорг. Но уже в 1929 году музей из дворца был выселен.
Национализированное здание дворца ожидали реконструкция и перестройка с тем, чтобы превратить его в резиденцию эстонского президента.
С 1929 года Эстонскому Художественному музею довелось сменить несколько временных площадей, пока в 1946 году дворец Кадриорг был неожиданно возвращен в пользование музею. Очевидно, пришедшее к власти, советское правительство посчитало, что рабоче-крестьянская власть не должна заседать во дворцах…
Начиная с 1950-х годов, Художественный музей вошел в период своей нормальной деятельности, помимо выставок и экспозиций сотрудники занимались пополнением фондов, так как у музея наконец-то появилась возможность иметь собственное хранилище и расширять выставочное пространство. В конце 1970-х годов открылись первые филиалы Художественного музея.
В 1991 году Верховным Советом Эстонской республики было принято решение начать строительство нового здания для Эстонского художественного музея, так как техническое состояние Кадриоргского дворца ухудшалось. Реставрационные работы длились почти 9 лет, и поддерживались Шведским правительством, которое даже выделило на благие цели 21 миллион шведских крон. С апреля 1993 года до октября 2005 года Художественный музей располагался в здании Рыцарства, которое располагалось в Таллинне на улице Тооомпеа.
Начиная с 1995 года филиалы музея стали активно заниматься кроме экспозиционной деятельности еще и образовательной. Здесь проводятся различные уроки и открыты художественные студии для школьников и студентов. В 1996 году открылся выставочный зал в историческом здании бывшего соляного склада Роттермана. В 2000 году закончились реставрационные работы в Кадриоргском дворце, но открыл свои двери для посетителей он уже в качестве филиала Эстонского Художественного музея. Теперь в Художественном музее Кадриорга посетители могут ознакомиться с собранием зарубежного искусства.
Сам же Художественный музей Эстонии в наше время являет собою учреждение, состоящее из нескольких музеев, каждый из которых занимает значительное место в культурной жизни страны. Это и Художественный музей Кадриорга, и музей Адамсона-Эрика, и музей Нигулисте, и музей Миккеля. В феврале 2006 года в Кадриорге состоялось торжественное открытие Художественного музея Kumu, который является не чем иным, как новым главным зданием Эстонского Художественного музея.
Наконец-то, почти за сто лет своего существования, Эстонский Художественный музей обрел собственное здание, которое к тому же оборудовано специально под нужды музея, соответственно самым современным требованиям. В Kumu эстонское искусство может быть достойно представлено самому требовательному посетителю, это современное и многофункциональное здание, которое объединило в себе экспозиционные залы, аудитории для различной научно-просветительской деятельности, а также образовательный центр для любителей и ценителей искусства любых возрастов.
На сегодняшний день коллекция Эстонского художественного музея и его филиалов насчитывает более 55 тысяч произведений искусства. Музей Нигулисте предлагает посетителям ознакомиться с собранием старинного искусства, здесь можно полюбоваться образцами церковного искусства периода средневековья и барокко, серебряными сокровищами ремесленных цехов и гильдий, братства Черноголовых, членами которого были молодые и неженатые купцы Таллинна.
Художественный музей Эстонии, объединяющий пять таллинских музеев, хранит порядка 60 тысяч произведений национального и зарубежного искусства. Один из музеев — Кадриоргский — расположен в одноименном дворце, построенном в 1718–1727 годах архитектором Николо Микетти в качестве летней резиденции Петра I. В нем хранится в том числе и представительная коллекция русского искусства XVIII — первой половины ХХ века.
Среди наиболее интересных экспонатов — «Рассказ солдата» Ильи Репина, «Мужичок с клюквой» Ивана Крамского, «Поэма» Константина Коровина, «Деревенский дворик» Валентина Серова. Советское искусство представлено «Майским новолунием» Константина Юона, «Портретом Горького» Веры Мухиной и др. Также в музее находится коллекция икон из частных собраний.