Свято-Никольский надвратный храм, в котором в настоящее время проходят богослужения, был построен в 1684 г. боярами Мещериновыми.
Парфенов А. Святыни Ростова Великого. — М., 2004
Кирпичная надвратная церковь, построенная в 1691 году на средства дворян Мещериновых над западными Святыми воротами монастыря. Бесстолпный четверик с трёхчастным алтарём, окружённый галереей, с парными башнями, примыкающими к западным углам здания. После пожара в 1826 года на средства А.П. Лотарева над церковью надстроен ярус звона колокольни в стиле классицизма. Закрыта в 1929 году, использовалась под жилье.
В 1929 году по распоряжению советских властей прекратились богослужения в монастырских храмах. Часть монастырской общины и служители присоединились к общине ростовского Успенского собора, многие из монастырской братии были в последствии арестованы. В 1930 году стали разрушаться стены монастыря. В Богоявленском соборе сделали зерносклад, в Введенском храме — последовательно детский сад, санаторий, медвытрезвитель. В Никольском храме размещались воинская часть, квартиры. И хотя храмы время от времени реставрировались, к нашему времени постройки обители оказались разорены и требуют значительного ремонта.
В 1991 году мощи прп. Авраамия были возвращены Церкви, и сейчас почивают в Никольском храме Авраамиева Богоявленского монастыря. В 1994 году в бывшем монастыре было учреждено подворье святейшего Патриарха Московского и всея Руси. 16 декабря 1994 года состоялось малое освящение Никольского надвратного храма, в котором начались регулярные богослужения.
В 2004 году по благословению Священного Синода РПЦ под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II Патриаршее подворье было преобразовано в Авраамиев Богоявленский женский монастырь Ярославской епархии.
https://monasterium.ru/monastyri/monastery/avraamiev-bogoyavlenskiy-zhenskiy-monastyr/
В 1691 году на месте деревянной Никольской церкви неизвестным зодчим была построена каменная надвратная церковь, получившая то же наименование. Эта бесстолпная церковь стоит на подклете, окружена галереей и снабжена двумя фланкирующими башнями. Она представляет собой оригинальный вариант надвратных ростовских церквей. Ее объем удачно замыкает перспективу улицы, проложенной в конце XVIII века.
За время своего существования церковь утратила первоначальный облик, получив архитектурную обработку классического характера. Первоначальные переделки, очевидно, можно отнести к первой половине XVIII века и связать с пожаром 1730 года. В 1826 году от молнии в церкви возник новый пожар, в связи с чем деревянную крышу заменили железной. Облик памятника особенно изменился в первой половине XIX века. В период с 1828 по 1837 год местным архитектором П.Я. Паньковым над западной частью церкви выстроена колокольня и переделан западный фасад, получивший облик провинциального классицизма. В 1830 году была значительно перестроена внутренняя часть церкви. Переделка производилась и в первой трети XX века; в то время разобрали купол, фронтон и главку. Росписей и предметов внутреннего убранства в здании не сохранилось.
Остальные сооружения монастыря – остатки ограды и кельи – относятся к XVIII веку. Настоятельский корпус келий переделан в 1837 году архитектором П.Я. Паньковым – его деревянный второй этаж тогда заменен каменным. В 1892 году к восточной стороне корпуса пристроена одноэтажная трапезная (столовая). В 1840 году деревянное покрытие ограды сменили на железное. На другой год П.Я. Паньков составил проект исправления ограды. Проект перестройки четырех башен и южного отрезка ограды составлялся в 1879 году архитектором Яровицким.
Из книги: Баниге В.С., Брюсова В.Г., Гнедовский Б.В., Щапов Н.Б. Ростов Ярославский. — Ярославль, 1957. С. 108–119.