В 1882 году иеромонах Иосаф (Плеханов) купил участок земли в Иерихоне, где, по преданию, находится смоковница, у которой мытарь Закхей увидел Христа. Вскоре на этом участке были найдены еще и остатки древнего храма. В 1886 году иеромонах Иосаф передал эту землю Императорскому Православному палестинскому обществу, которое решило продолжить здесь археологические раскопки.
В 1914 году их остановила Первая Мировая война. В дальнейшем этот участок находился в ведении Британского мандата над Палестиной, Хашимитского королевства Иордания, Израиля и Палестинской национальной администрации. Только в 2008 году территория окончательно перешла в ведение Императорского Православного палестинского общества. В 2011 году здесь открылся музейно-парковый центр, где, помимо музея, работают детские кружки и курсы русского языка.
Российский музей в Иерихоне работает с начала 2011 года. Сам же Иерихонский оазис лежит на равнине реки Иордан. С археологической точки зрения, Иерихон — это большая агломерация разновременных и разнотипных памятников, которые складывались на этой территории с эпохи мезолита.
В 2010 году город Иерихон отпраздновал свое 10-тысячелетие. Название города происходит от древнего слова «яреах», что означает «лунный». А в Библии город Иерихон упоминается, как город пальм — обилие воды и жары давало все необходимые условия для выращивания здесь этого важного продукта древнейших цивилизаций. Наличие пресноводных источников воды и дождевых потоков превратило эту местность в цветущий оазис и обеспечило раннее заселение людьми.
История двухэтажного мраморного здания, в котором сейчас находится музей, уходит корнями ещё в ΧΙΧ век. Именно тогда, в 1882 году, в Иерихон прибыл иеромонах Иосаф, намереваясь создать на Святой земле русский монастырь для паломников. Этот участок земли был приобретён на деньги, подаренные русской благотворительницей и паломницей Еленой Резниченковой. Это место было выбрано не случайно. На участке располагалось библейское дерево — древняя смоковница Закхея. В 1884 году Иосафом были случайно обнаружены развалины древней обители. Об этом он сообщил одному из членов Совета Императорского Православного Палестинского Общества (ИППО). Впоследствии, уже в 1891 году, археологическая экспедиция определила, что эти руины принадлежат к ранневизантийскому периоду. Руководил экспедицией профессор археологии Кондаков, Никодим Павлович.
Но вскоре Иосаф покинул Палестину и отписал участок в Иерихоне вице-председателю Императорского Православного Палестинского Общества. Затем земля несколько раз переоформлялась с одного председателя на другого. Однако после смерти председателя князя С. А. Романова было затруднительно переоформить участок на ИППО или на правительство России. 9 июня 2008 года состоялась торжественная церемония передачи Иосафовского участка в собственность Российской Федерации.
Через несколько месяцев после оформления документов в Иерихон прибыла официальная делегация из России. Археологи осмотрели места раскопок и подтвердили, что археологические работы здесь являются вполне перспективным делом. Ещё через некоторое время началось строительство музейного комплекса, а вокруг него был разбит парк. 18 января 2011 года в торжественной обстановке музейно-парковый комплекс в Иерихоне был официально открыт.
