Храм Рождества Пресвятой Богородицы в г.Раквере Эстонской Православной церкви Московского Патриархата был устроен в двухэтажном доме, приобретенном по распоряжению Российского Императора Николая I и Святейшего Синода в 1839 г. Прихожанами церкви были семьи православных купцов, городских чиновников, преподавателей учебных заведений г.Раквере, воинов пограничной стражи. С середины XIX века стал пополняться эстонскими крестьянами, принявшими православную веру. В 1898 — 1900 годах была завершена полная перестройка храма, в результате которой он принял современный вид. Освящение храма совершил 20 августа 1900 г. архиепископ Рижский и Мигавский Агафангел (Преображенский). В 2003 году в храме были размещены святые мощи священномученика Сергия Ракверского (Флоринского) — военного священника, расстрелянного по постановлению Эстляндской Трудовой коммуны в г.Раквере 30 декабря 1918 года.
Первое упоминание о православной церкви г. Раквере относятся к 1763 г., как походной церкви при Кексгольмском полке. С того времени православных жителей Раквере и его окрестностей духовно окормляли полковые священники воинских частей, квартировавших в Раквере, а в случае их отсутствия, священники из Таллинна и Нарвы. Для того чтобы преодолеть эти трудности, возникла необходимость организовать в городе православный приход со своим храмом и священником. В 1838 году складывается инициативная группа и образуется православный приход стараниями и усердием купеческих фамилий: Трелиных, Душкиных, Овсянниковых. В 1839 году по Высочайшему Императорскому повелению на средства казны был куплен двухэтажный дом у доктора Сиклера, который под руководством специального комитета был перестроен под церковь. В комитет входили: протоиерей Феодор Тигодский (Преображенский собор г.Нарвы), священник Василий Ужинский, ставший первым настоятелем церкви в г.Раквере и купцы города.
С тех пор началась активная приходская жизнь. Приход церкви не ограничивался только городом Раквере и его окрестностями, а простирался на весь уезд. Самые дальние прихожане были из местечка Йевве (ныне г. Йыхви), служащие таможни и пограничники, жившие по берегу моря на удалении от города до 70 километров. Священники преподавали Закон Божий в городских училищах для учеников православного исповедания. А в 1872 году при храме открылась церковно-приходская школа, которая располагалась в деревянном одноэтажном здании на церковном дворе. Просуществовала школа до 1919 года. В ней получали начальное образование не только дети православных, но и лютеране, при этом количество последних преобладало. Из учащихся был организован хор, который пел во время богослужений. В г. Раквере действовала учительская семинария, также имевшая тесные связи с приходом церкви. Церковь принимала многих высоких гостей, среди которых были: Донат, епископ Рижский и Митавский; князь Сергий Шаховской, губернатор Эстляндии; Их Императорские Величества великий князь Владимир Александрович с супругой великой княгиней Марией Павловной. В 1918 г. в Раквере волею судеб оказался полковой священник протоиерей Сергий Флоринский. Отца Сергия переводят священником в 29 полевой запасной госпиталь, который в это время располагался в г. Раквере и занимал здание городской гостиницы.
В феврале 1918 года ввиду окончательного распада русской армии и беспрепятственного продвижения германских войск вглубь России Эстляндия была занята немецкими войсками с установлением оккупационного режима. 22 марта госпиталь был расформирован, и отец Сергий остался в чужой стороне без средств к существованию. Положение усугублялось еще и тем, что новое правительство взяв под контроль все православное духовенство Прибалтийского края, не давало разрешение отцу Сергию на выезд из страны на родину, даже тогда когда надзор с него был снят. Когда же власть в Везенберге, как и на большой части Эстляндии взяла Эстляндская Трудовая Коммуна, то 19 декабря 1918 года протоиерей Сергий Флоринский был арестован как представитель старого реакционного режима, в числе многих других жителей Везенберга из самых разных слоев общества. По делу о. Сергия не было долгого разбирательства и суда, который определил бы его вину. В конце своего единственного и краткого допроса, протокол которого занял всего одну страницу рукописного текста, протоиерей Сергий Флоринский заявил: «Считаю одно: вина моя в том, что я священник, в чем и расписываюсь». 26 декабря комиссия вынесла постановление о расстреле. Расстрел был совершен в лесу Палермо, где ныне установлен памятный камень всем расстрелянным в то время. После ухода большевиков все расстрелянные были перезахоронены. Протоиерей Сергий Флоринский был похоронен на городском кладбище с восточной стороны православной часовни, вокруг которой хоронили священников служивших в храме Рождества Пресвятой Богородицы г. Раквере.
17 июля 2002 г. Священный Синод Русской Православной Церкви причислил протоиерея Сергия к лику новомучеников и исповедников Российских. 2 июля 2003 года состоялось обретение нетленных мощей священномученика на городском кладбище г. Раквере. Ныне святые мощи священномученика Сергия Раквереского почивают в раке с левой стороны от алтаря в Раквереском храме Рождества Пресвятой Богородицы.