Раифская пустынь была основана в XVII веке отшельником Филаретом в 27 км к северо-западу от города Казани. По смерти своих родителей, следуя совету евангельскому, он раздал всё имение нищим и постригся в монашество в московском Чудовом монастыре. Всё Смутное время до смерти патриарха Гермогена он прожил рядом с ним и удостоился получить сан иеромонаха. Желая вести строгую иноческую жизнь в уединении, которое нарушали в Москве его знакомые и родственники, он оставил столицу и направился в низовые губернии по Волге. В 1613 году он пришёл в Казань. В Казани Филарет жил сначала в Спасо-Преображенском монастыре Казанского кремля. В 1613 году этот монах поселился на берегу Сумского, Раифского, озера, построив уединённую келью. Сначала келья отшельника стояла одиноко, и лишь только в определённые дни местные черемисы приходили на берег озера для совершения своих языческих обрядов, эти леса с давних времён считались священными у коренных жителей-черемисов.
Встреча православия с язычеством привела к тому, что сами марийцы разнесли по округе весть о появлении на берегу хижины-кельи святого человека. Но вскоре это место стало известно казанским почитателям подвижника, которые стали его посещать. Некоторые из них решили вести отшельническую жизнь и поселились рядом с Филаретом, образовав монашеский скит. По указанию Филарета была построена часовня, по легенде, её возвели после видения одному из монахов.
Филарет умер в 1659 году, а в 1661 году казанский митрополит Лаврентий дал благословение на основание монастыря. Своё название обитель получила в честь знаменитого Раифского монастыря на берегу Красного моря, где по церковному преданию от рук язычников погибли христианские монахи; соборный же храм был освящён в честь Преподобных отцев, в Синае и Раифе избиенных.
В 1668 году в монастырь была привезена точная копия Грузинской иконы Божией Матери, список с оригинала из Черногорского, Красногорского, монастыря близ посёлка Пинеги, ныне Архангельской области. Со второй половины XVII века до настоящего времени икона является главной святыней Раифского монастыря, к которой ежегодно приезжают десятки тысяч паломников.
В 1918 году обитель была официально закрыта, хотя ещё несколько лет её храмы использовались для богослужений. В 1930 году арестованы по обвинению в «контрреволюционной, антисоветской деятельности» последние иеромонахи, Антоний Чирков, Варлаам Похилюк, Иов Протопопов, Иосиф Гаврилов, Сергий Гуськов и послушник Пётр Тупицин. В том же году все они были расстреляны, в 1997 году Русская православная церковь прославила их в лике преподобномучеников Раифских, а в 2020 году их имена включены в Собор новомучеников и исповедников Церкви Русской.
С 1930-х годов на территории монастыря размещалась тюрьма для политзаключённых, позже колония для малолетних преступников. В сохранившихся храмах были размещены ремонтные мастерские.
Монастырь был возвращён Русской православной церкви в 1991 году. Первый наместник возрождённой обители архимандрит Всеволод говорил, что возрождение разрушенной обители могло бы быть только чудом. 23 июня 1991 года в Раифский монастырь из Казани была возвращена икона Божьей Матери «Грузинская». В тот же день в обители было совершено первое соборное богослужение. В течение 1990-х годов был отреставрирован почти весь ансамбль обители и восстановлена полноценная монашеская жизнь. Братия насчитывает сегодня до 30 человек.
Широкую известность получил монастырский вокальный квартет «Притча», созданный в 1993 году. При монастыре с 1994 года действует приют для мальчиков.
1 сентября 1997 года Раифский монастырь посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II и освятил источник и водосвятную часовню в честь преподобного Сергия Радонежского. С 2001 года в обители выходит газета «Раифский Вестник» с приложением для детей «Светлячок», с 2011 года монастырь ежегодно издаёт сборник «Раифский Альманах». 1 июня 2005 года Банком России выпущена серебряная монета достоинством в 3 рубля в серии «Памятники архитектуры России», на которой запечатлён Раифский монастырь. С 2008 года действует монастырская гостиница «Дом паломника». 21 июля 2016 года в обители побывал Патриарх Московский и всея Руси Кирилл. В 2018 году наместником Раифского Богородицкого монастыря был назначен иеромонах Гавриил Рожнов. В 2019 году получено благословение митрополита Казанского и Татарстанского Феофана на строительство Никольского скита, и в том же году создан Музей истории обители.
Восстановленный архитектурный ансамбль монастыря, один из ярких и памятников древнерусской культуры в Среднем Поволжье. Особую живописность ему придаёт уникальное природное окружение, Раифское озеро и сосновый лес, в 1960 году объявлен заповедным.
