Храм в честь преподобного Андрея, игумена Рафаиловского, построен на фундаменте единственного уцелевшего от монастырского комплекса здания.
В 1645 г. здесь был основан монастырь в честь Святой Живоначальной Троицы. По преданию, его основатель старец Рафаил в начале ноября 1645 г. возвращался с двумя послушниками в Тобольск после, как ему казалось, неудавшейся экспедиции по поиску места для строительства форпоста православной веры на южных рубежах обширной Сибирской епархии. Путь их лежал по реке Исеть. В месте впадения в Исеть небольшой речушки (впоследствии ее назовут Ялынка) лодка старца остановилась и, несмотря на усилия гребцов, не двигалась с места. Старец, воззрев на небо, стал возносить молитву и на высоком берегу увидел Царицу Небесную, Которая приказала остановиться здесь и основать обитель в честь Святой Живоначальной Троицы.
Основанный старцем Рафаилом монастырь так и стал называться Рафаиловский Троицкий. Он был хорошо известен не только в пределах Сибирской епархии, но и во всей России, и за ее пределами. Монастырь просуществовал до 1840 г., когда за неимением необходимого числа братии был упразднен, и монастырский комплекс стал сельским приходом.
В богоборческие времена, по распоряжению ВЦИК и за подписью Дзержинского, монастырь приказано было уничтожить, чтобы «камня на камне не осталось». На протяжении 29 лет монастырь и его святыни планомерно уничтожались советской властью, и, наконец, в 1950 г. было объявлено о полном исчезновении обители.
В 2007 г. на месте, где старцу Рафаилу явилась Божия Матерь, в память о поруганной и уничтоженной обители был установлен поклонный крест. 22 мая 2010 г. была создана православная религиозная группа, которая взялась за восстановление единственного чудом уцелевшего здания монастыря. Здесь сначала был организован молебный дом, а затем проведен капитальный ремонт с установкой куполов и строительством колокольни. Это здание построил в 1744 г. купец Василий Поздняков и отдал его в распоряжение монастыря для обучения детей грамоте. Он же возвел каменный четырехпрестольный монастырский храм и колокольню, не сохранившиеся до настоящего времени.
Исторически и духовно здание храма ценно еще и тем, что, по свидетельству архивных документов, в нем преподавал грамоту преподобный Андрей, игумен Рафаиловский, – святой, подвизавшийся здесь в конце XVIII – начале XIX веков, окончивший свой земной путь в 1820 г. в Симоновом монастыре в Москве. Память преподобного Андрея Рафаиловского – 27 марта (14 марта по ст. ст.).
http://www.tobolsk-eparhia.ru/p/blag/php/place.php?id=yal&id1=4&id2=2
